24小时热门版块排行榜    

查看: 2143  |  回复: 7
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

junjun0711

新虫 (小有名气)

[求助] 请教关于AUTODOCK做虚i拟筛选的问题

我是做药理的,由于课题需要我想用AUTODOCK虚拟筛选下中药的活性,是中药的小分子物质和蛋白靶点的对接,因为实验条件太有限,我才选了免费的AUTODOCK,自学了一个月吧,之前也没什么了解,现在有同学和我说用AUTODOCK会不准,建议不用,哪位高手能给我解答一下,小妹感激不尽。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

junjun0711

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 药物设计 at 2013-10-18 15:36:14
小妹,“会不准”这个是必然的:)不能因为会不准,你就不去做了!因为科学研究本来就“会不准”,是允许失败和错误产生的。
在做对接的时候,为了提高准确率应该提前做一些工作:
1、了解蛋白结构,选择合适的蛋 ...

是这样的,我也知道无论用什么软件肯定是有误差的,可能我没说清楚吧,我是想问AUTODOCK相对DS和Sybyl相比,是不是关于我课题的那种方法会相对没那两个软件准确。
3楼2013-10-18 15:52:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 8 个回答

药物设计

捐助贵宾 (小有名气)

BioMS.org


【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
junjun0711: 金币+8 2013-10-18 16:15:59
小妹,“会不准”这个是必然的:)不能因为会不准,你就不去做了!因为科学研究本来就“会不准”,是允许失败和错误产生的。
在做对接的时候,为了提高准确率应该提前做一些工作:
1、了解蛋白结构,选择合适的蛋白pdb。
2、把已知的蛋白抑制剂用来做对接,研究其可能的构效关系。
................

当然,对于对接结果的分析也是很重要的,具体的可以看这个帖子:
《关于对接结果评估的问题》http://bioms.org/thread-841-1-1.html
2楼2013-10-18 15:36:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

药物设计

捐助贵宾 (小有名气)

BioMS.org


【答案】应助回帖

1、首先,你有个误区:学术免费软件不如商业软件准确。

对于这点,我想说:这是完全错误的!很多商业软件都是由学术软件转变过来的,它们只是做得更简单,让用户更容易使用!比如DS中的蛋白同源模建,使用的是学术免费软件Modeller,Schrodinger中的分子动力学,则是使用的学术免费软件Desmond。

想反,对于Autodock的精度来说,从众多的文章可以看出,好于DS和sybyl的分子对接软件!

2、当然,你可以使用不同的对接软件和打分函数来评价下你的分子,“兼听则明”。
4楼2013-10-18 16:00:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

junjun0711

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 药物设计 at 2013-10-18 15:36:14
小妹,“会不准”这个是必然的:)不能因为会不准,你就不去做了!因为科学研究本来就“会不准”,是允许失败和错误产生的。
在做对接的时候,为了提高准确率应该提前做一些工作:
1、了解蛋白结构,选择合适的蛋 ...

我考虑是换软件的问题,当然不会像你说的就不做了,也没那么自由
5楼2013-10-18 16:01:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 311求调剂 +7 冬十三 2026-03-15 7/350 2026-03-17 15:26 by 雾散后相遇lc
[考研] 268求调剂 +7 一定有学上- 2026-03-14 8/400 2026-03-17 13:10 by zz820
[考研] 考研调剂 +3 淇ya_~ 2026-03-17 5/250 2026-03-17 09:25 by Winj1e
[考研] 东南大学364求调剂 +5 JasonYuiui 2026-03-15 5/250 2026-03-16 21:28 by 木瓜膏
[考研] 085600材料与化工 求调剂 +13 enenenhui 2026-03-13 14/700 2026-03-16 15:19 by 了了了了。。
[考研] 326求调剂 +4 上岸的小葡 2026-03-15 5/250 2026-03-16 08:39 by Linda Hu
[基金申请] NSFC申报书里申请人简历中代表性论著还需要在申报书最后的附件里面再上传一遍吗 20+5 NSFC2026我来了 2026-03-10 14/700 2026-03-15 23:53 by 不负韶华的虎
[考研] 085601材料工程315分求调剂 +3 yang_0104 2026-03-15 3/150 2026-03-15 10:58 by peike
[考研] 材料与化工 323 英一+数二+物化,一志愿:哈工大 本人本科双一流 +4 自由的_飞翔 2026-03-13 5/250 2026-03-14 19:39 by hmn_wj
[考研] 297一志愿上交085600求调剂 +5 指尖八千里 2026-03-14 5/250 2026-03-14 17:26 by a不易
[考研] 330求调剂 +3 ?酱给调剂跪了 2026-03-13 3/150 2026-03-14 10:13 by JourneyLucky
[考研] 266求调剂 +4 学员97LZgn 2026-03-13 4/200 2026-03-14 08:37 by zhukairuo
[考研] 求材料调剂 +5 隔壁陈先生 2026-03-12 5/250 2026-03-13 22:03 by 星空星月
[考研] 一志愿西南交大,材料专硕317求调剂 +5 lx8568 2026-03-11 5/250 2026-03-13 21:43 by peike
[考研] 材料工程调剂 +4 咪咪空空 2026-03-11 4/200 2026-03-13 19:57 by JourneyLucky
[考研] 求b区学校调剂 +3 周56 2026-03-11 3/150 2026-03-13 16:20 by JourneyLucky
[考研] 考研调剂 +4 芬达46 2026-03-12 4/200 2026-03-13 16:04 by ruiyingmiao
[论文投稿] 投稿问题 5+4 星光灿烂xt 2026-03-12 6/300 2026-03-13 14:17 by god_tian
[考研] 420求调剂 +4 莫向外求11 2026-03-10 6/300 2026-03-12 14:41 by ruiyingmiao
[考研] 290求调剂 +3 柯淮然 2026-03-10 8/400 2026-03-11 13:48 by 柯淮然
信息提示
请填处理意见