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huantao12

金虫 (小有名气)

[求助] autodock 模拟结果不对

本人刚涉入分子模拟领域,首先模拟了一个有药效的小分子,发现结果差不多正好相反,怎么回事?也就是构型,差不多180°相反。。。。。
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tsingtaobeer

新虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

这很正常啊,你之前没有用晶体结构确定结合构像吧?对接也只是给出一种可能,真实与否难讲。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
2楼2013-10-13 10:36:13
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longytu

捐助贵宾 (正式写手)


【答案】应助回帖

继续对接,直到得到你比较理想的构象!
3楼2013-10-13 12:30:33
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wl507586

禁虫 (小有名气)

本帖内容被屏蔽

4楼2013-10-13 12:40:20
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huantao12

金虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by wl507586 at 2013-10-13 12:40:20
和谁相比相反呢,如果被对接的是晶体结构中的分子,建议用晶体结构中的配体和构型

我现在模拟的配体与大分子之间的作用机理已经知道,但是模拟的结果却与这个机理不符,甚至构型相反
5楼2013-10-14 18:13:17
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药物设计

捐助贵宾 (小有名气)

BioMS.org


【答案】应助回帖

这个结果很是正常,比如你的配体分子两头的性质非常接近,那么出现对接结果与晶体构象反着的,也是合理的!

但关键是,你要找出晶体结构中配体与蛋白的结合的特异性!这样你就可以使用限制性对接,得到你想要的结果,从而获得结合自由能。
6楼2013-10-18 16:10:01
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