24小时热门版块排行榜    

查看: 789  |  回复: 5

huantao12

金虫 (小有名气)

[求助] autodock 模拟结果不对

本人刚涉入分子模拟领域,首先模拟了一个有药效的小分子,发现结果差不多正好相反,怎么回事?也就是构型,差不多180°相反。。。。。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tsingtaobeer

新虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

这很正常啊,你之前没有用晶体结构确定结合构像吧?对接也只是给出一种可能,真实与否难讲。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
2楼2013-10-13 10:36:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

longytu

捐助贵宾 (正式写手)


【答案】应助回帖

继续对接,直到得到你比较理想的构象!
3楼2013-10-13 12:30:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wl507586

禁虫 (小有名气)

本帖内容被屏蔽

4楼2013-10-13 12:40:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

huantao12

金虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by wl507586 at 2013-10-13 12:40:20
和谁相比相反呢,如果被对接的是晶体结构中的分子,建议用晶体结构中的配体和构型

我现在模拟的配体与大分子之间的作用机理已经知道,但是模拟的结果却与这个机理不符,甚至构型相反
5楼2013-10-14 18:13:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

药物设计

捐助贵宾 (小有名气)

BioMS.org


【答案】应助回帖

这个结果很是正常,比如你的配体分子两头的性质非常接近,那么出现对接结果与晶体构象反着的,也是合理的!

但关键是,你要找出晶体结构中配体与蛋白的结合的特异性!这样你就可以使用限制性对接,得到你想要的结果,从而获得结合自由能。
6楼2013-10-18 16:10:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 huantao12 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[硕博家园] 深圳大学硕士招生(2026秋,传感器方向,仅录取第一志愿) +4 xujiaoszu 2026-03-11 8/400 2026-03-16 09:45 by xujiaoszu
[考研] 0856专硕279求调剂 +5 加油加油!? 2026-03-15 5/250 2026-03-15 11:58 by 2020015
[考研] 22408总分284求调剂 +3 InAspic 2026-03-13 3/150 2026-03-15 11:10 by zhq0425
[考研] 311求调剂 +3 26研0 2026-03-15 3/150 2026-03-15 09:12 by JourneyLucky
[考研] 288求调剂 +4 奇点0314 2026-03-14 4/200 2026-03-14 23:04 by JourneyLucky
[基金申请] 面上和青基一样限30页不合理 +5 wowsunflower 2026-03-10 7/350 2026-03-14 17:21 by kingkocxr
[考研] 333求调剂 +3 球球古力 2026-03-09 3/150 2026-03-14 01:57 by JourneyLucky
[考研] 考研材料与化工,求调剂 +8 戏精丹丹丹 2026-03-09 8/400 2026-03-14 01:14 by JourneyLucky
[考研] 材料与化工(0856)304求B区调剂 +6 邱gl 2026-03-12 7/350 2026-03-13 23:24 by 邱gl
[考研] 材料与化工304求B区调剂 +5 邱gl 2026-03-11 6/300 2026-03-13 22:37 by JourneyLucky
[考研] 一志愿中科院,化学方向,295求调剂 +4 一氧二氮 2026-03-11 4/200 2026-03-13 22:35 by JourneyLucky
[考研] [0860]321分求调剂,ab区皆可 +4 宝贵热 2026-03-13 4/200 2026-03-13 22:01 by 星空星月
[考研] 304求调剂 +7 7712b 2026-03-13 7/350 2026-03-13 21:42 by peike
[考研] 26调剂/材料科学与工程/总分295/求收留 +9 2026调剂侠 2026-03-12 9/450 2026-03-13 20:46 by 18595523086
[考研] 【0856】化学工程(085602)313 分,本科学科评估A类院校化学工程与工艺,诚求调剂 +7 小刘快快上岸 2026-03-11 7/350 2026-03-13 16:06 by ruiyingmiao
[考研] 工科调剂 +4 Jiang191123! 2026-03-11 4/200 2026-03-13 15:15 by Miko19
[考研] 0703一志愿211 285分求调剂 +4 ly3471z 2026-03-13 4/200 2026-03-13 13:00 by JourneyLucky
[考研] 工科0856专硕化学工程269能调剂吗 +10 我想读研11 2026-03-10 10/500 2026-03-13 10:14 by Yuyi.
[基金申请] 提交后的基金本子,已让学校撤回了,可否换口子提交 +3 dut_pfx 2026-03-10 3/150 2026-03-11 08:38 by kudofaye
[考研] 294 英二数二物化 求调剂 +6 米饭团不好吃 2026-03-09 6/300 2026-03-09 23:55 by barlinike
信息提示
请填处理意见