应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » Autodock可以分析氢键吗
71/1返回列表
查看: 2006  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

lid5251

新虫 (小有名气)

[交流] Autodock可以分析氢键吗

Autodock可以分析氢键吗，怎么自动分析？？
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2012-05-23 11:02:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

药物设计

捐助贵宾 (小有名气)
★ ★
lid5251(金币+1): 谢谢参与
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-05-23 16:23:01
分析氢键？ 是显示可能形成的氢键？还是氢键形成的概率？
赞一下 回复此楼
2楼2012-05-23 15:34:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lid5251

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 药物设计 at 2012-05-23 15:34:00:
分析氢键？ 是显示可能形成的氢键？还是氢键形成的概率？

显示可能形成的氢键，请高手指点
赞一下 回复此楼
3楼2012-05-23 16:31:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

药物设计

捐助贵宾 (小有名气)
★ ★ ★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-05-24 10:09:33
lid5251: 金币+2 2012-05-24 10:48:59
在结果分析里面，导入大分子和对接的结果后，show interaction （显示相互作用）就会出现了，详情请阅读autodock说明书（百度也有中文教程）。
赞一下 回复此楼
4楼2012-05-24 09:43:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lid5251

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 药物设计 at 2012-05-24 09:43:38:
在结果分析里面，导入大分子和对接的结果后，show interaction （显示相互作用）就会出现了，详情请阅读autodock说明书（百度也有中文教程）。

那如果预计形成氢键，结果autodock结果没有，怎么得到形成氢键的概率呢？谢谢
赞一下 回复此楼
5楼2012-05-24 10:50:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

药物设计

捐助贵宾 (小有名气)
★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-05-25 08:54:17
首先应考虑是否一定会形成氢键，可以通过限制性对接，强制形成必要的氢键。其次，可以采用分子动力学研究蛋白和配体在水溶液中形成的稳态形式，可以计算相互作用的能量和PBSA或者GBSA计算氢键形成的概率。
赞一下 回复此楼
6楼2012-05-25 08:36:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lid5251

新虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 药物设计 at 2012-05-25 08:36:58:
首先应考虑是否一定会形成氢键，可以通过限制性对接，强制形成必要的氢键。其次，可以采用分子动力学研究蛋白和配体在水溶液中形成的稳态形式，可以计算相互作用的能量和PBSA或者GBSA计算氢键形成的概率。

噢，再请问一下噢，我做的是希望能够形成氢键，按理论来说也应该会形成氢键，可是对接的结果总是不满意，形成氢键的位点总是不能完全对上，对于这种情况，你上面提到的通过限制性对，是怎么实现的，可以具体说一下如何操作吗，非常感谢，我是新手，请指点，谢谢！
赞一下 回复此楼
7楼2012-05-25 09:22:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 lid5251 的主题更新
71/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭