[交流] Autodock可以分析氢键吗

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1楼2012-05-23 11:02:48

药物设计

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lid5251(金币+1): 谢谢参与
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-05-23 16:23:01

分析氢键？是显示可能形成的氢键？还是氢键形成的概率？

2楼2012-05-23 15:34:00

lid5251

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2楼: Originally posted by 药物设计 at 2012-05-23 15:34:00:
分析氢键？是显示可能形成的氢键？还是氢键形成的概率？

显示可能形成的氢键，请高手指点

3楼2012-05-23 16:31:35

药物设计

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chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-05-24 10:09:33
lid5251: 金币+2 2012-05-24 10:48:59

在结果分析里面，导入大分子和对接的结果后，show interaction （显示相互作用）就会出现了，详情请阅读autodock说明书（百度也有中文教程）。

4楼2012-05-24 09:43:38

lid5251

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4楼: Originally posted by 药物设计 at 2012-05-24 09:43:38:
在结果分析里面，导入大分子和对接的结果后，show interaction （显示相互作用）就会出现了，详情请阅读autodock说明书（百度也有中文教程）。

那如果预计形成氢键，结果autodock结果没有，怎么得到形成氢键的概率呢？谢谢

5楼2012-05-24 10:50:13

药物设计

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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-05-25 08:54:17

首先应考虑是否一定会形成氢键，可以通过限制性对接，强制形成必要的氢键。其次，可以采用分子动力学研究蛋白和配体在水溶液中形成的稳态形式，可以计算相互作用的能量和PBSA或者GBSA计算氢键形成的概率。

6楼2012-05-25 08:36:58

lid5251

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6楼: Originally posted by 药物设计 at 2012-05-25 08:36:58:
首先应考虑是否一定会形成氢键，可以通过限制性对接，强制形成必要的氢键。其次，可以采用分子动力学研究蛋白和配体在水溶液中形成的稳态形式，可以计算相互作用的能量和PBSA或者GBSA计算氢键形成的概率。

噢，再请问一下噢，我做的是希望能够形成氢键，按理论来说也应该会形成氢键，可是对接的结果总是不满意，形成氢键的位点总是不能完全对上，对于这种情况，你上面提到的通过限制性对，是怎么实现的，可以具体说一下如何操作吗，非常感谢，我是新手，请指点，谢谢！

7楼2012-05-25 09:22:08