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lid5251

新虫 (小有名气)


[交流] Autodock可以分析氢键吗

Autodock可以分析氢键吗,怎么自动分析??
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lid5251

新虫 (小有名气)


引用回帖:
6楼: Originally posted by 药物设计 at 2012-05-25 08:36:58:
首先应考虑是否一定会形成氢键,可以通过限制性对接,强制形成必要的氢键。其次,可以采用分子动力学研究蛋白和配体在水溶液中形成的稳态形式,可以计算相互作用的能量和PBSA或者GBSA计算氢键形成的概率。

噢,再请问一下噢,我做的是希望能够形成氢键,按理论来说也应该会形成氢键,可是对接的结果总是不满意,形成氢键的位点总是不能完全对上,对于这种情况,你上面提到的通过限制性对,是怎么实现的,可以具体说一下如何操作吗,非常感谢,我是新手,请指点,谢谢!
7楼2012-05-25 09:22:08
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药物设计

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★ ★
lid5251(金币+1): 谢谢参与
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-05-23 16:23:01
分析氢键? 是显示可能形成的氢键?还是氢键形成的概率?
2楼2012-05-23 15:34:00
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lid5251

新虫 (小有名气)


引用回帖:
2楼: Originally posted by 药物设计 at 2012-05-23 15:34:00:
分析氢键? 是显示可能形成的氢键?还是氢键形成的概率?

显示可能形成的氢键,请高手指点
3楼2012-05-23 16:31:35
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药物设计

捐助贵宾 (小有名气)


★ ★ ★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-05-24 10:09:33
lid5251: 金币+2 2012-05-24 10:48:59
在结果分析里面,导入大分子和对接的结果后,show interaction (显示相互作用)就会出现了,详情请阅读autodock说明书(百度也有中文教程)。
4楼2012-05-24 09:43:38
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