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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » Autodock可以分析氢键吗
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lid5251

新虫 (小有名气)

[交流] Autodock可以分析氢键吗

Autodock可以分析氢键吗，怎么自动分析？？
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1楼 2012-05-23 11:02:48
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药物设计

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★ ★
lid5251(金币+1): 谢谢参与
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-05-23 16:23:01
分析氢键？ 是显示可能形成的氢键？还是氢键形成的概率？
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2楼2012-05-23 15:34:00
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lid5251

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 药物设计 at 2012-05-23 15:34:00:
分析氢键？ 是显示可能形成的氢键？还是氢键形成的概率？

显示可能形成的氢键，请高手指点
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3楼2012-05-23 16:31:35
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药物设计

捐助贵宾 (小有名气)
★ ★ ★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-05-24 10:09:33
lid5251: 金币+2 2012-05-24 10:48:59
在结果分析里面，导入大分子和对接的结果后，show interaction （显示相互作用）就会出现了，详情请阅读autodock说明书（百度也有中文教程）。
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4楼2012-05-24 09:43:38
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lid5251

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 药物设计 at 2012-05-24 09:43:38:
在结果分析里面，导入大分子和对接的结果后，show interaction （显示相互作用）就会出现了，详情请阅读autodock说明书（百度也有中文教程）。

那如果预计形成氢键，结果autodock结果没有，怎么得到形成氢键的概率呢？谢谢
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5楼2012-05-24 10:50:13
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药物设计

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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-05-25 08:54:17
首先应考虑是否一定会形成氢键，可以通过限制性对接，强制形成必要的氢键。其次，可以采用分子动力学研究蛋白和配体在水溶液中形成的稳态形式，可以计算相互作用的能量和PBSA或者GBSA计算氢键形成的概率。
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6楼2012-05-25 08:36:58
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lid5251

新虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 药物设计 at 2012-05-25 08:36:58:
首先应考虑是否一定会形成氢键，可以通过限制性对接，强制形成必要的氢键。其次，可以采用分子动力学研究蛋白和配体在水溶液中形成的稳态形式，可以计算相互作用的能量和PBSA或者GBSA计算氢键形成的概率。

噢，再请问一下噢，我做的是希望能够形成氢键，按理论来说也应该会形成氢键，可是对接的结果总是不满意，形成氢键的位点总是不能完全对上，对于这种情况，你上面提到的通过限制性对，是怎么实现的，可以具体说一下如何操作吗，非常感谢，我是新手，请指点，谢谢！
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7楼2012-05-25 09:22:08
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