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lanying

新虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】autodock计算的结果重复性不好已有6人参与

用autodock做对接,相同配体和受体多次重复的结果相差很大,不知道是什么原因,有高手可以给说一下是什么原因吗?所有的条件都没有变,只是简单地重复,相差2-3个数量级。当然不是每次都是相差这么大,有几次相近,另几次差距较大。谢谢
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-10-13 10:17:26
引用回帖:
Originally posted by ferlich at 2010-10-12 17:57:20:
autodock每次对接时都会使用随机数,因而每次对接的结果都不会完全相同
但是总体上来讲只要对接的次数足够多,每次对接结果的数量级水平应该差不多,lz多次重复的结果相差很大的话是不是你每次对接的轮数不够多?

楼上的看法有理,我一般每个对接做100次~重复性还是不错的~楼主每次不能只做一次对接吧?

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3楼2010-10-12 18:55:34
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ferlich

禁虫 (小有名气)

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+2):谢谢 2010-10-12 18:54:56
本帖内容被屏蔽

2楼2010-10-12 17:57:20
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gaoqunqunl

金虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
请问一下各位,怎样将autodock做出来的结果图保存成pdb格式呢?谢谢了
4楼2010-10-13 10:49:35
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lanying

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
Originally posted by ferlich at 2010-10-12 17:57:20:
autodock每次对接时都会使用随机数,因而每次对接的结果都不会完全相同
但是总体上来讲只要对接的次数足够多,每次对接结果的数量级水平应该差不多,lz多次重复的结果相差很大的话是不是你每次对接的轮数不够多?

对接的次数是100次,其他的条件都是默认的,应该不是次数不够的原因。我问过一些人,大家都没有遇到过这种情况。我的配体中间部分是刚性的,外围有4-8个取代基链条,会不会是因为分子刚性太大的原因,谢谢!
5楼2010-10-14 10:41:00
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