应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】autodock计算的结果重复性不好
51/1返回列表
查看: 3730  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

lanying

新虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】autodock计算的结果重复性不好 已有6人参与

用autodock做对接，相同配体和受体多次重复的结果相差很大，不知道是什么原因，有高手可以给说一下是什么原因吗？所有的条件都没有变，只是简单地重复，相差2-3个数量级。当然不是每次都是相差这么大，有几次相近，另几次差距较大。谢谢
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

分子对接问题锦集

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2010-10-12 15:46:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gaoqunqunl

金虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
请问一下各位，怎样将autodock做出来的结果图保存成pdb格式呢？谢谢了
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2010-10-13 10:49:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 10 个回答

ferlich

禁虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+2):谢谢 2010-10-12 18:54:56
本帖内容被屏蔽
2楼2010-10-12 17:57:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-10-13 10:17:26
引用回帖:
Originally posted by ferlich at 2010-10-12 17:57:20:
autodock每次对接时都会使用随机数，因而每次对接的结果都不会完全相同
但是总体上来讲只要对接的次数足够多，每次对接结果的数量级水平应该差不多，lz多次重复的结果相差很大的话是不是你每次对接的轮数不够多？

楼上的看法有理，我一般每个对接做100次~重复性还是不错的~楼主每次不能只做一次对接吧？
赞一下(2人) 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

天不负者
3楼2010-10-12 18:55:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lanying

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by ferlich at 2010-10-12 17:57:20:
autodock每次对接时都会使用随机数，因而每次对接的结果都不会完全相同
但是总体上来讲只要对接的次数足够多，每次对接结果的数量级水平应该差不多，lz多次重复的结果相差很大的话是不是你每次对接的轮数不够多？

对接的次数是100次，其他的条件都是默认的，应该不是次数不够的原因。我问过一些人，大家都没有遇到过这种情况。我的配体中间部分是刚性的，外围有4-8个取代基链条，会不会是因为分子刚性太大的原因，谢谢！
赞一下 回复此楼
5楼2010-10-14 10:41:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 10 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 范进中举一文的中心思想 +4 炎黄贵胄 2026-08-22 5/250 2026-08-24 02:09 by 流流伤
[基金申请] 2026国自然函评费到账 +16 羊腰板 2026-08-21 17/850 2026-08-23 23:02 by tianxiaochun
[基金申请] 让我中一个面上吧！ +12 大萍1987 2026-08-20 15/750 2026-08-23 20:44 by 大萍1987
[基金申请] 什么时候开奖？ +9 CrisMessi 2026-08-18 10/500 2026-08-23 12:03 by 丶昵称占用
[基金申请] 今天放榜吗？ +15 布布和一二 2026-08-19 16/800 2026-08-23 09:55 by 张春生
[基金申请] 只有每年这种时候来逛逛小木虫 +24 yaoyewhu2008 2026-08-20 26/1300 2026-08-22 17:43 by kammury
[基金申请] 人气不行了 +8 fansofjerry 2026-08-21 8/400 2026-08-22 16:30 by zyqchem
[基金申请] 放榜前的不淡定 40+4 snowwithsea 2026-08-19 14/700 2026-08-21 23:51 by cratir
[基金申请] 今日不放榜？网传国自然预计 8 月 27 日可查结果 +16 医学老男孩 2026-08-20 20/1000 2026-08-21 21:13 by Ldrop2023
[基金申请] 科研孤儿太难了 +17 我4大白菜 2026-08-20 18/900 2026-08-21 20:57 by zhangev
[基金申请] 时间戳又变了 +13 wuchongjun 2026-08-20 19/950 2026-08-21 17:21 by 紫杉醇
[基金申请] 我面上完蛋了 +7 且听虎啸 2026-08-20 8/400 2026-08-21 12:31 by 酷酷墨镜
[基金申请] 应该是下周三26日公布了吧？ +4 哈哈蛤？ 2026-08-21 4/200 2026-08-21 10:58 by Vivilian
[论文投稿] 投稿咨询 +5 wwm09 2026-08-17 7/350 2026-08-21 10:11 by 期刊论文帮手
[基金申请] 基金啊基金 +4 longfie172 2026-08-20 4/200 2026-08-21 08:58 by mark mao
[基金申请] 估计是周四 +3 archvillain 2026-08-18 3/150 2026-08-21 01:48 by jnhyjjm
[基金申请] 时间戳变了，能看出什么问题？ +18 基诺咪客 2026-08-17 23/1150 2026-08-20 17:19 by Godzela
[基金申请] 重要消息，中午系统在维护 +11 yuleib84 2026-08-18 12/600 2026-08-20 11:09 by xskun
[基金申请] 朋友圈看到的 +6 wangzilk 2026-08-18 8/400 2026-08-19 10:55 by Haru815
[基金申请] 明天放榜？ +5 Shxjjxjkx 2026-08-18 5/250 2026-08-18 18:14 by -大大大大大-
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭