| 查看: 4168 | 回复: 12 | |||||
ljyang320木虫 (正式写手)
小书虫爱吃糖
|
[交流]
【求助】discover 里面怎么分析氢键的键角和键长分布 已有7人参与
|
| 请问MS里面的模块中怎么对氢键键长个键角分布函数进行分析啊？ |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 xuexijisuan | methylation |
» 猜你喜欢
材料科学与工程320求调剂，080500
已经有4人回复
-
0703调剂，一志愿天津大学319分
已经有17人回复
-
一志愿211，0703化学305分求调剂
已经有5人回复
-
0703化学调剂 348分
已经有6人回复
-
273求调剂
已经有11人回复
-
308求调剂
已经有5人回复
-
材料与化工363求推荐
已经有11人回复
-
材料调剂
已经有12人回复
-
生物学调剂 可调剂到生物与医药
已经有3人回复
-
304求调剂
已经有11人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 键角是怎么保持的？
已经有6人回复
- 纯度角怎么看的
已经有7人回复
- 怎样用forcite画径向分布函数
已经有14人回复
- 求大牛指导求键角分布
已经有8人回复
- 氨基和醚氧键键形成氢键吗
已经有9人回复
- MS Discover 动力学求助
已经有10人回复
- 报道键长和键角时该怎样写精确度？
已经有6人回复
- 水分子在外场下键角、键长的变化？
已经有4人回复
- 用Shelxtl 弄出键长、键角数据
已经有8人回复
- 布局分析 键布局 系统分析
已经有10人回复
- 水上加氢精修后，氢键的键长总有变化，如何解决？
已经有9人回复
- 怎么从解析的文件判断氢键？
已经有13人回复
- 酯键之间是否有氢键存在
已经有6人回复
- 求解Cd-N键的键长范围
已经有6人回复
- 【求助】AUTODOCK 产生的氢键原理~
已经有5人回复
- 【求助】键长键角等固定后的优化..悬赏30...【已经解决～感谢～】
已经有22人回复
- 【求助】怎么从结果中提取径向分布函数、键长、键角
已经有17人回复
- 【讨论】大家讨论下计算弱键的方法-氢键，卤键
已经有9人回复
- 【求助】怎么判断氢键强弱对共价键的影响
已经有5人回复
- 【求助】MS下怎么看键角大小
已经有4人回复
yjmaxpayne
木虫 (正式写手)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 贵宾: 2.711
- 金币: 2178.5
- 红花: 3
- 沙发: 2
- 帖子: 521
- 在线: 79.8小时
- 虫号: 137998
- 注册: 2005-12-18
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
★ ★
ljyang320(金币+5):多谢，我试过这样的弄发，结果不成功 2010-03-09 11:51
zxzj05(金币+2):谢谢回帖交流 2010-03-09 21:21
ljyang320(金币+5):多谢，我试过这样的弄发，结果不成功 2010-03-09 11:51
zxzj05(金币+2):谢谢回帖交流 2010-03-09 21:21
|
对于氢键键长，你这个情况的话，可能需要结合Scripting （具体可以在help中输入hydrogen bond来获取需要的信息）来进行分析， 或者是你在进行动力学演化之前， 把所有氢键键长给测量出来，然后建立一个set。 动力学演化之后， 就可以直接使用Discover或者Forcite中Analysis---> structural (discover) / length distribution (forcite) 来进行分析了。 如果只是静态结构的话， forcite中的length distribution可能更好些。 同理， 键角也是类似的做法，最好是测量出来后进行分析， forcite中同样也有Angle distribution的工具。 希望能够对你有所帮助。 [ Last edited by yjmaxpayne on 2010-3-9 at 11:46 ] |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
猫头鹰love2楼2010-03-09 11:45:30
yjmaxpayne
木虫 (正式写手)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 贵宾: 2.711
- 金币: 2178.5
- 红花: 3
- 沙发: 2
- 帖子: 521
- 在线: 79.8小时
- 虫号: 137998
- 注册: 2005-12-18
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
3楼2010-03-09 12:37:30
yjmaxpayne
木虫 (正式写手)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 贵宾: 2.711
- 金币: 2178.5
- 红花: 3
- 沙发: 2
- 帖子: 521
- 在线: 79.8小时
- 虫号: 137998
- 注册: 2005-12-18
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
aylayl08(金币+8):非常感谢专家指点 2010-03-11 10:34
ljyang320(金币+15):嗯，这是个好办法，你说的很对，对于少量的很方便但是对于很多酒麻烦的。materials scripting来进行测量该怎么操作呢？ 2010-03-11 19:24
aylayl08(金币+8):非常感谢专家指点 2010-03-11 10:34
ljyang320(金币+15):嗯，这是个好办法，你说的很对，对于少量的很方便但是对于很多酒麻烦的。materials scripting来进行测量该怎么操作呢？ 2010-03-11 19:24
|
键角的关键在于你如何定义了， 据我估计，你想要研究的氢键键角是不是可以认为是有一个高电负性中心原子然后临近两个极性分子上各贡献一个H原子而形成的？ 例如：import -> structures -> molecular crystals -> drugs -> histidine_resolved.xsd 这个结构中就有H...Cl...H这样的氢键存在， 所以可以通过常用的键角测量方法得到这类型氢键的键角。 测量方法就不多说了， 关键是测量好以后， 需要按住alt键然后鼠标双击某个键角数值， 这样就可以全选键角， 之后在edit -> edit sets 中 对这些键角新建一个set， 然后就可以使用Forcite -> Analysis -> Angle distribution 对其进行分析了。 我这个方法可能在键角数量较小的时候还比较方便，如果体系很大， 可能就需要考虑结合materials scripting来进行测量和分析了。 希望能对你有所帮助。 [ Last edited by yjmaxpayne on 2010-3-11 at 10:15 ] |
4楼2010-03-11 10:13:32
xk6891
至尊木虫 (著名写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 13735.8
- 散金: 379
- 红花: 9
- 帖子: 1514
- 在线: 546小时
- 虫号: 890342
- 注册: 2009-11-01
- 专业: 理论和计算化学
5楼2011-04-01 21:27:04
6楼2011-10-02 17:45:15
倚天舰
木虫 (小有名气)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 1487.1
- 散金: 4
- 红花: 3
- 帖子: 82
- 在线: 106小时
- 虫号: 858328
- 注册: 2009-09-27
- 专业: 生物化工与食品化工
7楼2011-10-08 09:39:57
猫头鹰love
新虫 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 558.3
- 散金: 44
- 帖子: 382
- 在线: 70.9小时
- 虫号: 1250820
- 注册: 2011-03-31
- 专业: 橡胶及弹性体
8楼2013-04-08 15:56:42
王小福吼吼
新虫 (小有名气)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 1484.6
- 红花: 2
- 帖子: 121
- 在线: 74.7小时
- 虫号: 1711929
- 注册: 2012-03-23
- 性别: MM
- 专业: 理论和计算化学
9楼2015-01-08 20:53:44
ljyang320
木虫 (正式写手)
小书虫爱吃糖
- 应助: 62 (初中生)
- 金币: 4402.5
- 散金: 17
- 红花: 4
- 帖子: 754
- 在线: 649.4小时
- 虫号: 497050
- 注册: 2008-01-25
- 性别: GG
- 专业: 电磁场与波
10楼2015-01-09 09:20:25
