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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】discover 里面怎么分析氢键的键角和键长分布
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ljyang320

木虫 (正式写手)

小书虫爱吃糖

[交流] 【求助】discover 里面怎么分析氢键的键角和键长分布 已有7人参与

请问MS里面的模块中怎么对氢键键长个键角分布函数进行分析啊？
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但使岁月静好，现世安稳！
1楼 2010-03-09 11:17:32
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yjmaxpayne

木虫 (正式写手)
★ ★
ljyang320(金币+5):多谢，我试过这样的弄发，结果不成功 2010-03-09 11:51
zxzj05(金币+2):谢谢回帖交流 2010-03-09 21:21
对于氢键键长，你这个情况的话，可能需要结合Scripting （具体可以在help中输入hydrogen bond来获取需要的信息）来进行分析， 或者是你在进行动力学演化之前， 把所有氢键键长给测量出来，然后建立一个set。 动力学演化之后， 就可以直接使用Discover或者Forcite中Analysis---> structural (discover) / length distribution (forcite) 来进行分析了。 如果只是静态结构的话， forcite中的length distribution可能更好些。

同理， 键角也是类似的做法，最好是测量出来后进行分析， forcite中同样也有Angle distribution的工具。

希望能够对你有所帮助。

[ Last edited by yjmaxpayne on 2010-3-9 at 11:46 ]
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猫头鹰love
2楼2010-03-09 11:45:30
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yjmaxpayne

木虫 (正式写手)
★
zxzj05(金币+1):谢谢回帖交流 2010-03-09 21:21
ljyang320(金币+5):还是不正确的，不知道是不是我的操作有问题，兄台能能做个关于氢键键角分布的详细说明啊？多谢 2010-03-09 21:59
ljyang320(金币+25):bingo,不过氢键键角分布还是不明白，键长搞定了，你说的方法很有用 2010-03-10 10:07
我刚试过先测量，然后建立set，之后再通过Forcite中的Length Distribution来进行计算，可以得到相应的图的啊。
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3楼2010-03-09 12:37:30
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yjmaxpayne

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
aylayl08(金币+8):非常感谢专家指点 2010-03-11 10:34
ljyang320(金币+15):嗯，这是个好办法，你说的很对，对于少量的很方便但是对于很多酒麻烦的。materials scripting来进行测量该怎么操作呢？ 2010-03-11 19:24
键角的关键在于你如何定义了， 据我估计，你想要研究的氢键键角是不是可以认为是有一个高电负性中心原子然后临近两个极性分子上各贡献一个H原子而形成的？

例如：import -> structures -> molecular crystals -> drugs -> histidine_resolved.xsd

这个结构中就有H...Cl...H这样的氢键存在， 所以可以通过常用的键角测量方法得到这类型氢键的键角。

测量方法就不多说了， 关键是测量好以后， 需要按住alt键然后鼠标双击某个键角数值， 这样就可以全选键角， 之后在edit -> edit sets 中 对这些键角新建一个set， 然后就可以使用Forcite -> Analysis -> Angle distribution 对其进行分析了。

我这个方法可能在键角数量较小的时候还比较方便，如果体系很大， 可能就需要考虑结合materials scripting来进行测量和分析了。

希望能对你有所帮助。

[ Last edited by yjmaxpayne on 2010-3-11 at 10:15 ]
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4楼2010-03-11 10:13:32
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xk6891

至尊木虫 (著名写手)
学习了
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人生自古多险阻，勤者自得天酬助。试问否泰何所依，枯藤老枝待新抽。临渊踌躇终迈步，振翅鹏起云霄冲。似是前程甚堪忧，他日振臂揽苍穹。
5楼2011-04-01 21:27:04
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量化新手

新虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
4楼: Originally posted by yjmaxpayne at 2010-03-11 10:13:32:
键角的关键在于你如何定义了， 据我估计，你想要研究的氢键键角是不是可以认为是有一个高电负性中心原子然后临近两个极性分子上各贡献一个H原子而形成的？

例如：import -> structures -> molecular cr ...

我选中某一个水分子，然后按照你所说的进行set好，然后在discover中对其进行键长分析，不得行呢，analysis键是灰色的，但是可以对其进行径向分布分析，虽然出错，但只是analysis是可以按的，求帮助哈
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新手上路，请多关照
6楼2011-10-02 17:45:15
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倚天舰

木虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
zzy870720z(金币+1): 谢谢提示 2011-10-09 11:16:18
引用回帖:
6楼: Originally posted by 量化新手 at 2011-10-02 17:45:15:
我选中某一个水分子，然后按照你所说的进行set好，然后在discover中对其进行键长分析，不得行呢，analysis键是灰色的，但是可以对其进行径向分布分析，虽然出错，但只是analysis是可以按的，求帮助哈

键长分布应该选中的是键而不是水分子
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7楼2011-10-08 09:39:57
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猫头鹰love

新虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by yjmaxpayne at 2010-03-09 11:45:30
对于氢键键长，你这个情况的话，可能需要结合Scripting （具体可以在help中输入hydrogen bond来获取需要的信息）来进行分析， 或者是你在进行动力学演化之前， 把所有氢键键长给测量出来，然后建立一个set。 动力学 ...

麻烦问下楼主，感觉楼主对于MS计算键长键角等很精通，想问下楼主知不知道用MS检测氢键的时候，最大键长键角的设置是不是固定的？有没有啥条例？氢键形成的键长键角在哪个范围啊？请楼主不吝赐教啊。
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8楼2013-04-08 15:56:42
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王小福吼吼

新虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
3楼: Originally posted by yjmaxpayne at 2010-03-09 12:37:30
我刚试过先测量，然后建立set，之后再通过Forcite中的Length Distribution来进行计算，可以得到相应的图的啊。

你好，想得到键长的统计分布，怎样定义好多分子中的某一类键为set呢？具体操作是怎样的？谢谢。我会送你小红花的，希望你能帮帮我。万分感激~
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9楼2015-01-08 20:53:44
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ljyang320

木虫 (正式写手)

小书虫爱吃糖
引用回帖:
9楼: Originally posted by 王小福吼吼 at 2015-01-08 20:53:44
你好，想得到键长的统计分布，怎样定义好多分子中的某一类键为set呢？具体操作是怎样的？谢谢。我会送你小红花的，希望你能帮帮我。万分感激~...

3楼和4楼的朋友介绍的很完善，我以前也是这样处理的。不过这办法仅适合数量少的，大量的处理方式我也不知道。
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但使岁月静好，现世安稳！
10楼2015-01-09 09:20:25
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