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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】AUTODOCK 产生的氢键原理~
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绿茶QJM

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】AUTODOCK 产生的氢键原理~

在AUTODOCK 4.0做对接，对接完成后看蛋白与配体相互作用的时候，有一个氢键形成，是蛋白中的一个蛋氨酸上的-S-与配体中的-O-形成氢键 该O 上没有氢，两边连的是C

查看TXT文本，该S原子的类型为 SD ，也就是S是氢键给体

AUTODOCK里定义的是S是氢键给体，O是氢键受体。对于这个H键，显而易见，O是氢键受体，但是S是如何成为氢键给体的呢？它的两个键也是接的是C

    求助解释下，S与O是如何形成氢键的？

[ Last edited by 绿茶QJM on 2011-3-30 at 13:38 ]
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1楼2011-03-29 18:11:43
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hhwinhuanghe

木虫 (小有名气)
★
ghcacj(金币+1): 谢谢 2011-03-30 12:48:54
绿茶QJM(金币+1): 2011-03-30 13:38:38
引用回帖:
Originally posted by 绿茶QJM at 2011-03-29 18:11:43:
在AUTODOCK 4.0做对接，对接完成后看蛋白与配体相互作用的时候，有一个氢键形成，是蛋白中的一个蛋氨酸上的-S-与配体中的-O-形成氢键

查看TXT文本，该S原子的类型为 SD

    求助解释下，S与O是如何形成氢键 ...

如果氧上有氢就可以
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2楼2011-03-30 06:24:02
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绿茶QJM

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by hhwinhuanghe at 2011-03-30 06:24:02:
如果氧上有氢就可以

这两个原子所接的两个键都是C，没有H
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3楼2011-03-30 13:39:13
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hhwinhuanghe

木虫 (小有名气)
★ ★ ★
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-04-01 12:28:42
绿茶QJM(金币+2): 2011-04-02 19:27:46
引用回帖:
Originally posted by 绿茶QJM at 2011-03-30 13:39:13:
这两个原子所接的两个键都是C，没有H

如果两个杂原子间距（小于两个氢键键长）和角度在一定范围内，很多软件会认为它们能通过H原子介导形成氢键相互作用，即共用一个氢原子，各软件定义的范围不同，此氢原子亦可来自于水分子，当然你对接过程中可能没有添加水分子，实际上分子间空隙是会填充水的。
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4楼2011-03-31 00:46:48
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hhwinhuanghe

木虫 (小有名气)
★
ghcacj(金币+1): 谢谢 2011-04-01 12:28:53
绿茶QJM(金币+1): 2011-04-02 19:27:51
另外建议你用Sybyl看氢键会好一些
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5楼2011-03-31 00:47:41
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chemozhang

木虫 (正式写手)
帖子真精彩!
已经收录到淘贴专辑《分子对接问题锦集》
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6楼2011-09-05 19:36:36
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