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绿茶QJM

银虫 (小有名气)


[交流] 【求助】AUTODOCK 产生的氢键原理~

在AUTODOCK 4.0做对接,对接完成后看蛋白与配体相互作用的时候,有一个氢键形成,是蛋白中的一个蛋氨酸上的-S-与配体中的-O-形成氢键 该O 上没有氢,两边连的是C

查看TXT文本,该S原子的类型为 SD ,也就是S是氢键给体

AUTODOCK里定义的是S是氢键给体,O是氢键受体。对于这个H键,显而易见,O是氢键受体,但是S是如何成为氢键给体的呢?它的两个键也是接的是C

    求助解释下,S与O是如何形成氢键的?

[ Last edited by 绿茶QJM on 2011-3-30 at 13:38 ]
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hhwinhuanghe

木虫 (小有名气)



ghcacj(金币+1): 谢谢 2011-04-01 12:28:53
绿茶QJM(金币+1): 2011-04-02 19:27:51
另外建议你用Sybyl看氢键会好一些
5楼2011-03-31 00:47:41
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hhwinhuanghe

木虫 (小有名气)



ghcacj(金币+1): 谢谢 2011-03-30 12:48:54
绿茶QJM(金币+1): 2011-03-30 13:38:38
引用回帖:
Originally posted by 绿茶QJM at 2011-03-29 18:11:43:
在AUTODOCK 4.0做对接,对接完成后看蛋白与配体相互作用的时候,有一个氢键形成,是蛋白中的一个蛋氨酸上的-S-与配体中的-O-形成氢键

查看TXT文本,该S原子的类型为 SD

    求助解释下,S与O是如何形成氢键 ...

如果氧上有氢就可以
2楼2011-03-30 06:24:02
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绿茶QJM

银虫 (小有名气)


引用回帖:
Originally posted by hhwinhuanghe at 2011-03-30 06:24:02:
如果氧上有氢就可以

这两个原子所接的两个键都是C,没有H
3楼2011-03-30 13:39:13
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hhwinhuanghe

木虫 (小有名气)


★ ★ ★
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-04-01 12:28:42
绿茶QJM(金币+2): 2011-04-02 19:27:46
引用回帖:
Originally posted by 绿茶QJM at 2011-03-30 13:39:13:
这两个原子所接的两个键都是C,没有H

如果两个杂原子间距(小于两个氢键键长)和角度在一定范围内,很多软件会认为它们能通过H原子介导形成氢键相互作用,即共用一个氢原子,各软件定义的范围不同,此氢原子亦可来自于水分子,当然你对接过程中可能没有添加水分子,实际上分子间空隙是会填充水的。
4楼2011-03-31 00:46:48
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