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M1ngq

金虫 (初入文坛)

[求助] AutoDock怎么分析大分子与小分子之间的结合能

新人,金币就几个,请大家帮帮忙,求解啊!!如题,希望能给个稍微详细一点的步骤方法啊!!谢谢!

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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longytu

捐助贵宾 (正式写手)


【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2013-11-05 19:51:16
对接100次,按照能量打分,看cluster即可
2楼2013-11-05 19:30:15
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M1ngq

金虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by longytu at 2013-11-05 19:30:15
对接100次,按照能量打分,看cluster即可

对接100次的意思是?怎么操作?需要设置还是一次又一次的设置不同的盒子,然后一次又一次的对接啊?真的是新手得渣渣啊…能说具体点吗,谢谢谢谢!

[ 发自小木虫客户端 ]
3楼2013-11-05 22:10:06
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M1ngq

金虫 (初入文坛)

求关注求解决啊…
4楼2013-11-06 10:05:33
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yaozhq

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
M1ngq: 金币+5, 有帮助 2013-11-06 17:40:43
autodock的打分算法就是算结合能 所以你做完对接 看结果里面 给的能量就好了 多做几次是为了避免局部最优解
5楼2013-11-06 10:24:58
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M1ngq

金虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by yaozhq at 2013-11-06 10:24:58
autodock的打分算法就是算结合能 所以你做完对接 看结果里面 给的能量就好了 多做几次是为了避免局部最优解

噢噢。那通过“Docking——>Search Parameters…——>"选择一种算法之后,弹出来一个对话框(已附图)。分别有一个"Runs"和"Cycle"的输入框,这两个各自代表什么?。
另外我在用Vina的时候,有一个“log.txt”的文件,里面的这些
mode |   affinity | dist from best mode
     | (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b.
-----+------------+----------+----------

分别代表什么啊。
AutoDock怎么分析大分子与小分子之间的结合能
6(G$KKY1O[IK1AB5~_}$R@8.jpg

6楼2013-11-06 12:24:08
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M1ngq

金虫 (初入文坛)

顶一下!!!!!!
7楼2013-11-06 17:42:00
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悠然南子

铁虫 (初入文坛)

同问这下面几项是什么意思?我菜鸟一个。顶一下!
mode |   affinity | dist from best mode
         | (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b.
8楼2016-01-06 15:29:08
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