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gaoqunqunl

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】求助：怎样将Autodock做出来的对接图保存成pdb格式？谢谢

求助：有哪位大侠知道怎样将Autodock做出来的对接图保存成pdb格式吗？跪谢
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1楼 2010-10-13 10:35:11
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

thunderay

铁杆木虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
zh1987hs(金币+4):谢谢 2010-10-23 08:46:06
gaoqunqunl(金币+3):谢谢 我试试 2010-10-24 09:31:26
打开对接记录文件（dlg文件） Analyze-Docking-Open
观察构象 Analyze-Conformations-Load，双击编号，可显示构象
将构象文件存为pdb格式
将该PDB文件以写字板打开，复制其内容至处理好的受体蛋白的pdb文件中（在蛋白的pdb文件末端输入TER，然后粘贴配体pdb文件中的信息），将文件另存为一个新的pdb。
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9楼2010-10-22 18:46:51
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普通回帖

gaoqunqunl

金虫 (小有名气)
2楼2010-10-15 08:31:23
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yelverxm

金虫 (小有名气)
★ ★
gaoqunqunl(金币+2): 2010-10-16 12:24:55
zh1987hs(金币+2):谢谢！ 2010-10-16 13:17:43
Autodock官网有pdbqt2pdb的代码可以用啊
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In God we trust
3楼2010-10-16 04:25:51
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gaoqunqunl

金虫 (小有名气)
看不懂代码啊
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4楼2010-10-16 12:25:19
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
zh1987hs(金币+2):谢谢 2010-10-19 16:50:55
gaoqunqunl(金币+1): 2010-10-20 10:23:39
很简单，就用打印命令，直接打印成PDF即可。
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除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
5楼2010-10-19 15:57:00
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gaoqunqunl

金虫 (小有名气)
我是想保存后，再做进一步改进的，打印出来后还怎么改呀
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6楼2010-10-20 10:24:53
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zxl102623

银虫 (正式写手)
★
gaoqunqunl(金币+1): 2010-10-22 10:32:25
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-10-22 14:07:37
即使是存成PDBQT的格式，我用DS一样的可以打开，
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7楼2010-10-21 10:15:21
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gaoqunqunl

金虫 (小有名气)
楼上 ，我现在就是不能把小分子和蛋白质同时保存成pdbqt或者是pdb格式。你可以说的清楚点吗 ？谢谢赐教！非常感激
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8楼2010-10-22 10:34:50
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tanxijuan

铁杆木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
可以用analysis下conformation中play打开，然后再保存成pdbqt形式，再用openbabel转成pdb形式
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10楼2013-04-03 20:45:39
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