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gaoqunqunl

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】求助:怎样将Autodock做出来的对接图保存成pdb格式?谢谢

求助:有哪位大侠知道怎样将Autodock做出来的对接图保存成pdb格式吗?跪谢
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thunderay

铁杆木虫 (小有名气)

★ ★ ★ ★
zh1987hs(金币+4):谢谢 2010-10-23 08:46:06
gaoqunqunl(金币+3):谢谢 我试试 2010-10-24 09:31:26
打开对接记录文件(dlg文件) Analyze-Docking-Open
观察构象 Analyze-Conformations-Load,双击编号,可显示构象
将构象文件存为pdb格式
将该PDB文件以写字板打开,复制其内容至处理好的受体蛋白的pdb文件中(在蛋白的pdb文件末端输入TER,然后粘贴配体pdb文件中的信息),将文件另存为一个新的pdb。
9楼2010-10-22 18:46:51
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普通回帖

gaoqunqunl

金虫 (小有名气)

2楼2010-10-15 08:31:23
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yelverxm

金虫 (小有名气)

★ ★
gaoqunqunl(金币+2): 2010-10-16 12:24:55
zh1987hs(金币+2):谢谢! 2010-10-16 13:17:43
Autodock官网有pdbqt2pdb的代码可以用啊
In God we trust
3楼2010-10-16 04:25:51
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gaoqunqunl

金虫 (小有名气)

看不懂代码啊
4楼2010-10-16 12:25:19
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)

★ ★
zh1987hs(金币+2):谢谢 2010-10-19 16:50:55
gaoqunqunl(金币+1): 2010-10-20 10:23:39
很简单,就用打印命令,直接打印成PDF即可。
除了你的亲人,没有人应该对你好,对你好的人,一定要珍惜。
5楼2010-10-19 15:57:00
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gaoqunqunl

金虫 (小有名气)

我是想保存后,再做进一步改进的,打印出来后还怎么改呀
6楼2010-10-20 10:24:53
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zxl102623

银虫 (正式写手)


gaoqunqunl(金币+1): 2010-10-22 10:32:25
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-10-22 14:07:37
即使是存成PDBQT的格式,我用DS一样的可以打开,
7楼2010-10-21 10:15:21
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gaoqunqunl

金虫 (小有名气)

楼上 ,我现在就是不能把小分子和蛋白质同时保存成pdbqt或者是pdb格式。你可以说的清楚点吗 ?谢谢赐教!非常感激
8楼2010-10-22 10:34:50
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tanxijuan

铁杆木虫 (著名写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
可以用analysis下conformation中play打开,然后再保存成pdbqt形式,再用openbabel转成pdb形式
10楼2013-04-03 20:45:39
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