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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 用autodock对接，用什么软件定点突变蛋白质
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s1g2k3

铁虫 (小有名气)

[求助] 用autodock对接，用什么软件定点突变蛋白质 已有2人参与

我用sybyl定点突变然后做了分子动力学，但是转到autodock上做对接准备时设置柔性残基就出现错误，由于sybyl用的不是太熟练，如果有新的定点突变的方法或者解决sybyl的问题都可以～谢谢各位。
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知识总是多的学不完，但是真的艺不压身。
1楼 2013-10-10 16:35:17
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

1054950560

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
月只蓝: 金币+1, 感谢指导！ 2013-12-05 20:59:24
其实pymol和VMD都可以做，定点突变以后只需要优化周围的氨基酸残基即可，不需要都优化，或者如果只突变一个残基，可以不用结构优化。使用pymol突变步骤：打开pdb文件---选中要突变的氨基酸----wizard---mutugenesis---在pymol viewer出现mutugenesis，点击NO mutution ，选择想要突变成的氨基酸，保存，动力学优化
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努力就会有回报，不管是好的还是坏的
8楼2013-10-21 15:37:59
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普通回帖

longytu

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
s1g2k3: 金币+1, ★有帮助, 没有做分子动力学只改这个也没用 2013-10-20 16:18:31
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-12-05 20:59:06
用pymol可以实现点突变
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2楼2013-10-11 19:21:36
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rantingjing

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-12-09 18:22:01
discovery studio
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ll
3楼2013-10-13 08:59:57
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rantingjing

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-12-05 20:58:54
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-12-09 18:22:08
amber tleap tool can repair the protein residue automatically according to several force field parameters.
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ll
4楼2013-10-13 09:02:43
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wl507586

禁虫 (小有名气)
本帖内容被屏蔽
5楼2013-10-13 12:42:08
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紫漠残星

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-12-05 20:58:43
用编辑器改下残基名字，只留下骨架，然后用xleap或者tleap读一下保存，就可以了
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努力，不放弃
6楼2013-10-18 22:21:39
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longytu

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-12-05 20:58:47
引用回帖:
5楼: Originally posted by wl507586 at 2013-10-13 12:42:08
这个怎么搞呢......

如果是晶体结构，而且点残基突变而不是很多残基的突变，不会影响太大的变化，故感觉不做动力学优化也可
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7楼2013-10-21 08:26:03
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monsoncupid

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-12-05 20:59:28
DS 3.5 有个mutation模块可以做点突变，DS 2.5.0 版本就没找到过，顺便也请教高手2.5.0到底有没有那个功能
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宅若久时天然呆，呆到深处自然萌
9楼2013-10-23 19:30:15
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mammoth_elep

铜虫 (初入文坛)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-12-09 18:22:19
用Swiss-PdbViewer可以做。非常方便
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10楼2013-10-31 11:50:38
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