24小时热门版块排行榜

返回列表

s1g2k3

铁虫 (小有名气)

应助: 13 (小学生)
金币: 336
散金: 31
红花: 3
帖子: 204
在线: 89.5小时
虫号: 2034769
注册: 2012-09-28
性别: GG
专业: 微生物生理与生物化学

[求助] 用autodock对接，用什么软件定点突变蛋白质已有2人参与

我用sybyl定点突变然后做了分子动力学，但是转到autodock上做对接准备时设置柔性残基就出现错误，由于sybyl用的不是太熟练，如果有新的定点突变的方法或者解决sybyl的问题都可以～谢谢各位。

回复此楼

» 猜你喜欢

A期刊撤稿已经有3人回复
职称评审没过，求安慰已经有34人回复
垃圾破二本职称评审标准已经有17人回复
回收溶剂求助已经有6人回复
投稿Elsevier的Neoplasia杂志，到最后选publishing options时页面空白，不能完成投稿已经有22人回复
申请26博士已经有5人回复
EST投稿状态问题已经有7人回复
毕业后当辅导员了，天天各种学生超烦已经有4人回复
求助文献已经有3人回复
投稿返修后收到这样的回复，还有希望吗已经有8人回复

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

autodock对接中，通道窄，腔体大，会对接进去么已经有4人回复
如何用chimera给小分子周围的氨基酸编号已经有4人回复
swiss-model 模建已经有4人回复
新手求助有关RMSD,RMSF等计算已经有12人回复
【软件】最新Win版的Autodock/Vina plugin for PyMOL ！！已经有132人回复
用autodock做对接，box设置无法包括受体活性区域和配体已经有6人回复
用什么技术突变蛋白质的某个氨基酸。已经有20人回复
使用autodock4.2处理分子对接问题，在run autogrid时总是出错，请各位高人指点啊？？已经有10人回复
如何做一个小分子化合物与蛋白结构的Binding 已经有11人回复
用AutoDock作分子对接前的小分子能量最小化问题已经有6人回复
【求助】ligplot 怎么确定残基范围？已经有8人回复
【求助】高手求助,Autodock4 最后一步无法对接,弄了几天! 已经有7人回复
【求助】求助：怎样将Autodock做出来的对接图保存成pdb格式？谢谢已经有12人回复
【资源】PyRx-基于autodock的虚拟筛选软件已经有31人回复

知识总是多的学不完，但是真的艺不压身。

1楼 2013-10-10 16:35:17

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

1054950560

金虫 (正式写手)

应助: 1 (幼儿园)
金币: 1338.7
散金: 25
红花: 7
帖子: 327
在线: 138.2小时
虫号: 1658658
注册: 2012-03-02
性别: GG
专业: 药物化学

【答案】应助回帖

★
月只蓝: 金币+1, 感谢指导！ 2013-12-05 20:59:24

其实pymol和VMD都可以做，定点突变以后只需要优化周围的氨基酸残基即可，不需要都优化，或者如果只突变一个残基，可以不用结构优化。使用pymol突变步骤：打开pdb文件---选中要突变的氨基酸----wizard---mutugenesis---在pymol viewer出现mutugenesis，点击NO mutution ，选择想要突变成的氨基酸，保存，动力学优化