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s1g2k3

铁虫 (小有名气)

[求助] 用autodock对接,用什么软件定点突变蛋白质 已有2人参与

我用sybyl定点突变然后做了分子动力学,但是转到autodock上做对接准备时设置柔性残基就出现错误,由于sybyl用的不是太熟练,如果有新的定点突变的方法或者解决sybyl的问题都可以~谢谢各位。
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知识总是多的学不完,但是真的艺不压身。
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1054950560

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


月只蓝: 金币+1, 感谢指导! 2013-12-05 20:59:24
其实pymol和VMD都可以做,定点突变以后只需要优化周围的氨基酸残基即可,不需要都优化,或者如果只突变一个残基,可以不用结构优化。使用pymol突变步骤:打开pdb文件---选中要突变的氨基酸----wizard---mutugenesis---在pymol viewer出现mutugenesis,点击NO mutution ,选择想要突变成的氨基酸,保存,动力学优化
努力就会有回报,不管是好的还是坏的
8楼2013-10-21 15:37:59
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普通回帖

longytu

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【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
s1g2k3: 金币+1, 有帮助, 没有做分子动力学只改这个也没用 2013-10-20 16:18:31
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2013-12-05 20:59:06
用pymol可以实现点突变
2楼2013-10-11 19:21:36
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rantingjing

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2013-12-09 18:22:01
discovery studio
ll
3楼2013-10-13 08:59:57
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rantingjing

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2013-12-05 20:58:54
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2013-12-09 18:22:08
amber tleap tool can repair the protein residue automatically according to several force field parameters.
ll
4楼2013-10-13 09:02:43
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wl507586

禁虫 (小有名气)

本帖内容被屏蔽

5楼2013-10-13 12:42:08
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紫漠残星

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2013-12-05 20:58:43
用编辑器改下残基名字,只留下骨架,然后用xleap或者tleap读一下保存,就可以了
努力,不放弃
6楼2013-10-18 22:21:39
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longytu

捐助贵宾 (正式写手)


【答案】应助回帖


月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2013-12-05 20:58:47
引用回帖:
5楼: Originally posted by wl507586 at 2013-10-13 12:42:08
这个怎么搞呢......

如果是晶体结构,而且点残基突变而不是很多残基的突变,不会影响太大的变化,故感觉不做动力学优化也可
7楼2013-10-21 08:26:03
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monsoncupid

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2013-12-05 20:59:28
DS 3.5 有个mutation模块可以做点突变,DS 2.5.0 版本就没找到过,顺便也请教高手2.5.0到底有没有那个功能
宅若久时天然呆,呆到深处自然萌
9楼2013-10-23 19:30:15
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mammoth_elep

铜虫 (初入文坛)


月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2013-12-09 18:22:19
用Swiss-PdbViewer可以做。非常方便
10楼2013-10-31 11:50:38
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