应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 用autodock对接，用什么软件定点突变蛋白质
151/2返回列表12下一页
查看: 5475  |  回复: 14
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

s1g2k3

铁虫 (小有名气)

[求助] 用autodock对接，用什么软件定点突变蛋白质 已有2人参与

我用sybyl定点突变然后做了分子动力学，但是转到autodock上做对接准备时设置柔性残基就出现错误，由于sybyl用的不是太熟练，如果有新的定点突变的方法或者解决sybyl的问题都可以～谢谢各位。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
知识总是多的学不完，但是真的艺不压身。
1楼 2013-10-10 16:35:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

1054950560

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
月只蓝: 金币+1, 感谢指导！ 2013-12-05 20:59:24
其实pymol和VMD都可以做，定点突变以后只需要优化周围的氨基酸残基即可，不需要都优化，或者如果只突变一个残基，可以不用结构优化。使用pymol突变步骤：打开pdb文件---选中要突变的氨基酸----wizard---mutugenesis---在pymol viewer出现mutugenesis，点击NO mutution ，选择想要突变成的氨基酸，保存，动力学优化
赞一下(4人) 回复此楼
努力就会有回报，不管是好的还是坏的
8楼2013-10-21 15:37:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

longytu

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
s1g2k3: 金币+1, ★有帮助, 没有做分子动力学只改这个也没用 2013-10-20 16:18:31
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-12-05 20:59:06
用pymol可以实现点突变
赞一下 回复此楼
2楼2013-10-11 19:21:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

rantingjing

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-12-09 18:22:01
discovery studio
赞一下 回复此楼
ll
3楼2013-10-13 08:59:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

rantingjing

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-12-05 20:58:54
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-12-09 18:22:08
amber tleap tool can repair the protein residue automatically according to several force field parameters.
赞一下 回复此楼
ll
4楼2013-10-13 09:02:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wl507586

禁虫 (小有名气)
本帖内容被屏蔽
5楼2013-10-13 12:42:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

紫漠残星

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-12-05 20:58:43
用编辑器改下残基名字，只留下骨架，然后用xleap或者tleap读一下保存，就可以了
赞一下 回复此楼
努力，不放弃
6楼2013-10-18 22:21:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

longytu

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-12-05 20:58:47
引用回帖:
5楼: Originally posted by wl507586 at 2013-10-13 12:42:08
这个怎么搞呢......

如果是晶体结构，而且点残基突变而不是很多残基的突变，不会影响太大的变化，故感觉不做动力学优化也可
赞一下 回复此楼
7楼2013-10-21 08:26:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

monsoncupid

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-12-05 20:59:28
DS 3.5 有个mutation模块可以做点突变，DS 2.5.0 版本就没找到过，顺便也请教高手2.5.0到底有没有那个功能
赞一下 回复此楼
宅若久时天然呆，呆到深处自然萌
9楼2013-10-23 19:30:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mammoth_elep

铜虫 (初入文坛)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-12-09 18:22:19
用Swiss-PdbViewer可以做。非常方便
赞一下 回复此楼
10楼2013-10-31 11:50:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 s1g2k3 的主题更新
151/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[硕博家园] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 BMTdnp4OJO9f 2026-11-06 5/250 2026-11-07 17:45 by Xc2FxHsHkBNc
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 6/300 2026-11-07 15:44 by Xc2FxHsHkBNc
[教师之家] 延安大学回应“副教授留绝笔信”：确已离世，正核实举报内容 +3 yexuqing 2026-11-04 5/250 2026-11-07 13:22 by 苏东坡二世
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 ELBZ6WwEaRj6 2026-11-05 7/350 2026-11-06 16:43 by 5sJFDKp2kwuI
[考博] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +6 ELBZ6WwEaRj6 2026-11-05 8/400 2026-11-06 16:34 by 5sJFDKp2kwuI
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 10/500 2026-11-06 16:12 by 5sJFDKp2kwuI
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +6 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 12/600 2026-11-06 16:10 by 5sJFDKp2kwuI
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +7 ncTVBM6AOJHF 2026-11-04 17/850 2026-11-06 13:47 by BkA9Bi5cMhkD
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +6 ncTVBM6AOJHF 2026-11-04 11/550 2026-11-06 13:47 by BkA9Bi5cMhkD
[考研] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +8 ncTVBM6AOJHF 2026-11-04 18/900 2026-11-06 13:36 by BkA9Bi5cMhkD
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +8 ncTVBM6AOJHF 2026-11-04 14/700 2026-11-06 13:36 by BkA9Bi5cMhkD
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 ELBZ6WwEaRj6 2026-11-05 10/500 2026-11-06 12:32 by BkA9Bi5cMhkD
[硕博家园] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 ELBZ6WwEaRj6 2026-11-05 5/250 2026-11-06 09:01 by 2lRNluKrJpwL
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 ELBZ6WwEaRj6 2026-11-04 12/600 2026-11-06 05:32 by qL1cU46YIdK0
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +4 ncTVBM6AOJHF 2026-11-04 12/600 2026-11-06 04:47 by qL1cU46YIdK0
[硕博家园] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4 ELBZ6WwEaRj6 2026-11-04 8/400 2026-11-06 02:24 by qL1cU46YIdK0
[公派出国] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 ELBZ6WwEaRj6 2026-11-04 9/450 2026-11-06 02:15 by qL1cU46YIdK0
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +6 ncTVBM6AOJHF 2026-11-04 10/500 2026-11-06 01:51 by qL1cU46YIdK0
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 ncTVBM6AOJHF 2026-11-04 12/600 2026-11-05 11:10 by PYZmcHr5kSaq
[基金申请] 各位基础老师们，看完中央《从严治党》的决定后，对学术界更加有信心了吧 +5 iaeyuan 2026-11-01 5/250 2026-11-04 14:43 by jinchengzi
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭