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s1g2k3

铁虫 (小有名气)

[求助] autodock对接中,通道窄,腔体大,会对接进去么

如题~
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知识总是多的学不完,但是真的艺不压身。
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longytu

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【答案】应助回帖

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s1g2k3: 金币+5 2013-09-28 09:34:15
构建盒子的时候把gridbox中心放在腔体位置即可,通道大小不需纠结
2楼2013-09-26 20:42:16
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s1g2k3

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by longytu at 2013-09-26 20:42:16
构建盒子的时候把gridbox中心放在腔体位置即可,通道大小不需纠结

但是如果通道窄化合物进不去,实际反应没有结果,对接也没有意义呀
知识总是多的学不完,但是真的艺不压身。
3楼2013-09-28 09:22:43
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longytu

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最好不要通过模拟来指导实验!!有了结合力实验,如Elisa、ITC、SPR等实验验证确实有亲和力了,然后通过模拟来展现小分子以什么构象构型与蛋白相互作用
4楼2013-09-29 08:28:38
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xpyp

木虫 (小有名气)

具体情况具体分析:"通道窄,腔体大", Autodock可能会对接进去的.
5楼2013-09-29 09:48:40
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