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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » autodock对接中，通道窄，腔体大，会对接进去么
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s1g2k3

铁虫 (小有名气)

[求助] autodock对接中，通道窄，腔体大，会对接进去么

如题~
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知识总是多的学不完，但是真的艺不压身。
1楼 2013-09-26 16:22:27
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longytu

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
s1g2k3: 金币+5 2013-09-28 09:34:15
构建盒子的时候把gridbox中心放在腔体位置即可，通道大小不需纠结
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2楼2013-09-26 20:42:16
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s1g2k3

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by longytu at 2013-09-26 20:42:16
构建盒子的时候把gridbox中心放在腔体位置即可，通道大小不需纠结

但是如果通道窄化合物进不去，实际反应没有结果，对接也没有意义呀
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知识总是多的学不完，但是真的艺不压身。
3楼2013-09-28 09:22:43
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longytu

捐助贵宾 (正式写手)
最好不要通过模拟来指导实验！！有了结合力实验，如Elisa、ITC、SPR等实验验证确实有亲和力了，然后通过模拟来展现小分子以什么构象构型与蛋白相互作用
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4楼2013-09-29 08:28:38
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xpyp

木虫 (小有名气)
具体情况具体分析:"通道窄，腔体大", Autodock可能会对接进去的.
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5楼2013-09-29 09:48:40
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