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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 求高手帮忙：autodock:对接不了哈！！
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科妍

新虫 (初入文坛)

[交流] 求高手帮忙：autodock:对接不了哈！！

在最后一步进行AutoDock对接时，屏幕闪图一下就结束了，然后在输出的命令行里总出现“AutoDock needs the extension of the docking parameter file to be ".dpf D:/cygwin/bin/autodock4.exe:Unsuccessful Completion”  实在费解哈！求高手相助！！
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1楼 2013-08-13 16:45:28
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longytu

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科妍: 金币+1 2013-08-16 10:18:46
建议换用Mgtools 1.5.6，或者直接换用linux系统
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2楼2013-08-15 11:56:34
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科妍

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by longytu at 2013-08-15 11:56:34
建议换用Mgtools 1.5.6，或者直接换用linux系统

嗯，我用的就是Mgtools 1.5.6 ，现在问题解决了，谢谢 ，因为对linux系统完全不熟悉，不是太想学哈，呵呵，有点懒。。。。。。
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3楼2013-08-16 10:20:08
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科妍

新虫 (初入文坛)
内容已删除
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4楼2013-08-22 14:38:08
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heyun1990

新虫 (初入文坛)
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3楼: Originally posted by 科妍 at 2013-08-16 10:20:08
嗯，我用的就是Mgtools 1.5.6 ，现在问题解决了，谢谢 ，因为对linux系统完全不熟悉，不是太想学哈，呵呵，有点懒。。。。。。...

你好，我也遇到这个问题，请问你是怎么解决的。
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5楼2013-09-24 16:57:46
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longytu

捐助贵宾 (正式写手)
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
没有生成dpf文件把
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6楼2013-09-24 20:05:46
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科妍

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by heyun1990 at 2013-09-24 16:57:46
你好，我也遇到这个问题，请问你是怎么解决的。...

我当初是文件保存途径出了问题，文件途径里不能包含任何汉语，文件名也要符合autodock的标准
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7楼2013-09-30 15:38:11
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科妍

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by longytu at 2013-09-24 20:05:46
没有生成dpf文件把

生成了，可能就是因为前面的问题吧！现在又有新的问题了，呵呵，想设置一些柔性残基的对接，但是总跑不成功啊！

“记得这个文件中一定要有以下一行：
map hsg1_rigid.A.map                 # atom-specific affinity map

否则后面会报错的说没有A.map生成（这跟CA－CB间的键没有关系的）”

看见有PPT教程里写了上面这段话，可是没有map hsg1_rigid.A.map                 # atom-specific affinity map ，且确实报错说“sorry，I  can't  find or open  hsg1_rigid.A ”怎么添加啊？Edit GPF里面虽然可以修改（通过read 和write 键）但是修改后又会有新的错误，譬如 not enough map keywords found 等等，
不知阁下有否高招啊！
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8楼2013-09-30 15:40:58
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ericzhu94515

新虫 (初入文坛)
你怎么解决的啊
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9楼2016-02-05 00:37:03
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