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科妍

新虫 (初入文坛)


[交流] 求高手帮忙:autodock:对接不了哈!!

在最后一步进行AutoDock对接时,屏幕闪图一下就结束了,然后在输出的命令行里总出现“AutoDock needs the extension of the docking parameter file to be ".dpf D:/cygwin/bin/autodock4.exe:Unsuccessful Completion”  实在费解哈!求高手相助!!
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longytu

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科妍: 金币+1 2013-08-16 10:18:46
建议换用Mgtools 1.5.6,或者直接换用linux系统
2楼2013-08-15 11:56:34
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科妍

新虫 (初入文坛)


引用回帖:
2楼: Originally posted by longytu at 2013-08-15 11:56:34
建议换用Mgtools 1.5.6,或者直接换用linux系统

嗯,我用的就是Mgtools 1.5.6 ,现在问题解决了,谢谢 ,因为对linux系统完全不熟悉,不是太想学哈,呵呵,有点懒。。。。。。
3楼2013-08-16 10:20:08
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科妍

新虫 (初入文坛)


内容已删除
4楼2013-08-22 14:38:08
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heyun1990

新虫 (初入文坛)


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小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
3楼: Originally posted by 科妍 at 2013-08-16 10:20:08
嗯,我用的就是Mgtools 1.5.6 ,现在问题解决了,谢谢 ,因为对linux系统完全不熟悉,不是太想学哈,呵呵,有点懒。。。。。。...

你好,我也遇到这个问题,请问你是怎么解决的。
5楼2013-09-24 16:57:46
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longytu

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没有生成dpf文件把
6楼2013-09-24 20:05:46
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科妍

新虫 (初入文坛)


引用回帖:
5楼: Originally posted by heyun1990 at 2013-09-24 16:57:46
你好,我也遇到这个问题,请问你是怎么解决的。...

我当初是文件保存途径出了问题,文件途径里不能包含任何汉语,文件名也要符合autodock的标准
7楼2013-09-30 15:38:11
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科妍

新虫 (初入文坛)


引用回帖:
6楼: Originally posted by longytu at 2013-09-24 20:05:46
没有生成dpf文件把

生成了,可能就是因为前面的问题吧!现在又有新的问题了,呵呵,想设置一些柔性残基的对接,但是总跑不成功啊!

“记得这个文件中一定要有以下一行:
map hsg1_rigid.A.map                 # atom-specific affinity map

否则后面会报错的说没有A.map生成(这跟CA-CB间的键没有关系的)”

看见有PPT教程里写了上面这段话,可是没有map hsg1_rigid.A.map                 # atom-specific affinity map ,且确实报错说“sorry,I  can't  find or open  hsg1_rigid.A ”怎么添加啊?Edit GPF里面虽然可以修改(通过read 和write 键)但是修改后又会有新的错误,譬如 not enough map keywords found 等等,
不知阁下有否高招啊!
8楼2013-09-30 15:40:58
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ericzhu94515

新虫 (初入文坛)


你怎么解决的啊
9楼2016-02-05 00:37:03
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