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【求助】ligplot 怎么确定残基范围？
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最近试了下ligplot，安装使用都挺简单的，就是不太明白怎么确定跟配体作用的残基？哪位大虾指导下？不胜感谢！ 我用的命令是 ligplot 2o2f.pdb 17 199 A 可以生成.ps文件，瞅了半天没看到配体。。。估计是残基范围搞错了。。。。求助~~~ |
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2楼2010-12-28 00:35:02
3楼2010-12-28 12:07:37
Ligplot 安装 & 使用方法总结
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houxuben(金币+2):非常感谢，安装使用我已经学会，就是不清楚如何确定配体周围残基的范围？ 2010-12-28 16:40:47
zh1987hs(金币+1):从MDBBS转来的~ 2010-12-28 22:49:31
houxuben(金币+2):非常感谢，安装使用我已经学会，就是不清楚如何确定配体周围残基的范围？ 2010-12-28 16:40:47
zh1987hs(金币+1):从MDBBS转来的~ 2010-12-28 22:49:31
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ligplot是免费、开源的分子显示软件，可以显示分子间氢键、疏水作用。 安装－－Linux 解压至/usr/local/ 形成目录/usr/local/ligplot 定义环境变量及路径： export ligdir=/usr/local/ligplot export hbdir=/usr/local/ligplot PATH=$PATH:$ligdir:$hbdir 安装－－ Windows ligplot解压后，形成ligplot文件夹，包含4个cmd文件以及一个exe文件夹，其中的cmd文件中定义了exe文件夹的位置，默认在C:\ligplot\exe 如下： set ligdir=c:\ligplot\exe ligplot可以安装在C盘根目录（默认），也可以安装在其他目录。由于ligplot解压后仅5MB，建议安装在C：（下面方法1－2－2）） 方法1： 1、解压在C:盘：C:\ligplot 2、根据下面任一方法安装： 1）添加系统环境变量和路径： win+r -> cmd -> path=%path%;C:\ligplot 2）将C:\ligplot文件夹中的4个cmd文件转移至c:\WINNT\system32\ 3）使用cygwin程序，在配置文件（/etc/bash.bashrc）中添加环境变量及路径： export ligplot=/cygdrive/c/ligplot export ligdir=$ligplot/exe PATH=$PATH:$ligplot 方法2： 1、解压在D:盘：D:\ligplot 2、依次修改4个cmd文件中的ligdir变量路径： set ligdir=D:\ligplot\exe 3、根据下面任一方法安装： 1）添加系统环境变量和路径： win+r -> cmd -> path=%path%;D:\ligplot 2）将D:\ligplot文件夹中的4个cmd文件转移至C:\WINNT\system32\ 3）使用cygwin程序，在配置文件（/etc/bash.bashrc）中添加环境变量及路径： export ligplot=/cygdrive/d/ligplot export ligdir=$ligplot/exe PATH=$PATH:$ligplot 运行： 在字符界面终端输入ligplot，会给出操作提示。（Windows终端可用cmd或者cygwin） e.g. $ligplot.cmd 2cdz.pdb [-n23D] 1591 [-n23D] 1591 A OR $ligplot.cmd 2cdz.pdb [-n23D] 1591 [-n23D] 1591 A 注： 1）输入文件必须是pdb格式，并且是受体－配体复合物 2）首先确定pdb文件文件中配体的名称及残基编号、链编号。比如2cdz.pdb文件中，配体名称23D，残基编号1591，位于A链。 如果配体名称前有空格，可以用双引号表示，如"-n G" 输入文件准备： 如果是PDB站点直接下载的结构，可以直接使用。不需要准备。 如果是对接完毕的结构，需要和受体保存在一个文件中，文件格式为pdb。 结果： 输出文件为ps格式，可以使用Linux/Cygwin自带的ps2pdf工具或免费开源软件DFCreater（http://sourceforge.net/projects/pdfcreator）将之转化为pdf格式。 |
4楼2010-12-28 14:16:48
Ligplot 安装 & 使用方法
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ligplot是免费、开源的分子显示软件，可以显示分子间氢键、疏水作用。 安装－－Linux 解压至/usr/local/ 形成目录/usr/local/ligplot 定义环境变量及路径： export ligdir=/usr/local/ligplot export hbdir=/usr/local/ligplot PATH=$PATH:$ligdir:$hbdir 安装－－ Windows ligplot解压后，形成ligplot文件夹，包含4个cmd文件以及一个exe文件夹，其中的cmd文件中定义了exe文件夹的位置，默认在C:\ligplot\exe 如下： set ligdir=c:\ligplot\exe ligplot可以安装在C盘根目录（默认），也可以安装在其他目录。由于ligplot解压后仅5MB，建议安装在C：（下面方法1－2－2）） 方法1： 1、解压在C:盘：C:\ligplot 2、根据下面任一方法安装： 1）添加系统环境变量和路径： win+r -> cmd -> path=%path%;C:\ligplot 2）将C:\ligplot文件夹中的4个cmd文件转移至c:\WINNT\system32\ 3）使用cygwin程序，在配置文件（/etc/bash.bashrc）中添加环境变量及路径： export ligplot=/cygdrive/c/ligplot export ligdir=$ligplot/exe PATH=$PATH:$ligplot 方法2： 1、解压在D:盘：D:\ligplot 2、依次修改4个cmd文件中的ligdir变量路径： set ligdir=D:\ligplot\exe 3、根据下面任一方法安装： 1）添加系统环境变量和路径： win+r -> cmd -> path=%path%;D:\ligplot 2）将D:\ligplot文件夹中的4个cmd文件转移至C:\WINNT\system32\ 3）使用cygwin程序，在配置文件（/etc/bash.bashrc）中添加环境变量及路径： export ligplot=/cygdrive/d/ligplot export ligdir=$ligplot/exe PATH=$PATH:$ligplot 运行： 在字符界面终端输入ligplot，会给出操作提示。（Windows终端可用cmd或者cygwin） e.g. $ligplot.cmd 2cdz.pdb [-n23D] 1591 [-n23D] 1591 A OR $ligplot.cmd 2cdz.pdb [-n23D] 1591 [-n23D] 1591 A 注： 1）输入文件必须是pdb格式，并且是受体－配体复合物 2）首先确定pdb文件文件中配体的名称及残基编号、链编号。比如2cdz.pdb文件中，配体名称23D，残基编号1591，位于A链。 如果配体名称前有空格，可以用双引号表示，如"-n G" 输入文件准备： 如果是PDB站点直接下载的结构，可以直接使用。不需要准备。 如果是对接完毕的结构，需要和受体保存在一个文件中，文件格式为pdb。 结果： 输出文件为ps格式，可以使用Linux/Cygwin自带的ps2pdf工具或免费开源软件DFCreater（http://sourceforge.net/projects/pdfcreator）将之转化为pdf格式。 |
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