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【求助】ligplot 怎么确定残基范围?
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最近试了下ligplot,安装使用都挺简单的,就是不太明白怎么确定跟配体作用的残基?哪位大虾指导下?不胜感谢! 我用的命令是 ligplot 2o2f.pdb 17 199 A 可以生成.ps文件,瞅了半天没看到配体。。。估计是残基范围搞错了。。。。求助~~~ |
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2楼2010-12-28 00:35:02
3楼2010-12-28 12:07:37
Ligplot 安装 & 使用方法总结
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houxuben(金币+2):非常感谢,安装使用我已经学会,就是不清楚如何确定配体周围残基的范围? 2010-12-28 16:40:47
zh1987hs(金币+1):从MDBBS转来的~ 2010-12-28 22:49:31
houxuben(金币+2):非常感谢,安装使用我已经学会,就是不清楚如何确定配体周围残基的范围? 2010-12-28 16:40:47
zh1987hs(金币+1):从MDBBS转来的~ 2010-12-28 22:49:31
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ligplot是免费、开源的分子显示软件,可以显示分子间氢键、疏水作用。 安装--Linux 解压至/usr/local/ 形成目录/usr/local/ligplot 定义环境变量及路径: export ligdir=/usr/local/ligplot export hbdir=/usr/local/ligplot PATH=$PATH:$ligdir:$hbdir 安装-- Windows ligplot解压后,形成ligplot文件夹,包含4个cmd文件以及一个exe文件夹,其中的cmd文件中定义了exe文件夹的位置,默认在C:\ligplot\exe 如下: set ligdir=c:\ligplot\exe ligplot可以安装在C盘根目录(默认),也可以安装在其他目录。由于ligplot解压后仅5MB,建议安装在C:(下面方法1-2-2)) 方法1: 1、解压在C:盘:C:\ligplot 2、根据下面任一方法安装: 1)添加系统环境变量和路径: win+r -> cmd -> path=%path%;C:\ligplot 2)将C:\ligplot文件夹中的4个cmd文件转移至c:\WINNT\system32\ 3)使用cygwin程序,在配置文件(/etc/bash.bashrc)中添加环境变量及路径: export ligplot=/cygdrive/c/ligplot export ligdir=$ligplot/exe PATH=$PATH:$ligplot 方法2: 1、解压在D:盘:D:\ligplot 2、依次修改4个cmd文件中的ligdir变量路径: set ligdir=D:\ligplot\exe 3、根据下面任一方法安装: 1)添加系统环境变量和路径: win+r -> cmd -> path=%path%;D:\ligplot 2)将D:\ligplot文件夹中的4个cmd文件转移至C:\WINNT\system32\ 3)使用cygwin程序,在配置文件(/etc/bash.bashrc)中添加环境变量及路径: export ligplot=/cygdrive/d/ligplot export ligdir=$ligplot/exe PATH=$PATH:$ligplot 运行: 在字符界面终端输入ligplot,会给出操作提示。(Windows终端可用cmd或者cygwin) e.g. $ligplot.cmd 2cdz.pdb [-n23D] 1591 [-n23D] 1591 A OR $ligplot.cmd 2cdz.pdb [-n23D] 1591 [-n23D] 1591 A 注: 1)输入文件必须是pdb格式,并且是受体-配体复合物 2)首先确定pdb文件文件中配体的名称及残基编号、链编号。比如2cdz.pdb文件中,配体名称23D,残基编号1591,位于A链。 如果配体名称前有空格,可以用双引号表示,如"-n G" 输入文件准备: 如果是PDB站点直接下载的结构,可以直接使用。不需要准备。 如果是对接完毕的结构,需要和受体保存在一个文件中,文件格式为pdb。 结果: 输出文件为ps格式,可以使用Linux/Cygwin自带的ps2pdf工具或免费开源软件DFCreater(http://sourceforge.net/projects/pdfcreator)将之转化为pdf格式。 |
4楼2010-12-28 14:16:48
Ligplot 安装 & 使用方法
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ligplot是免费、开源的分子显示软件,可以显示分子间氢键、疏水作用。 安装--Linux 解压至/usr/local/ 形成目录/usr/local/ligplot 定义环境变量及路径: export ligdir=/usr/local/ligplot export hbdir=/usr/local/ligplot PATH=$PATH:$ligdir:$hbdir 安装-- Windows ligplot解压后,形成ligplot文件夹,包含4个cmd文件以及一个exe文件夹,其中的cmd文件中定义了exe文件夹的位置,默认在C:\ligplot\exe 如下: set ligdir=c:\ligplot\exe ligplot可以安装在C盘根目录(默认),也可以安装在其他目录。由于ligplot解压后仅5MB,建议安装在C:(下面方法1-2-2)) 方法1: 1、解压在C:盘:C:\ligplot 2、根据下面任一方法安装: 1)添加系统环境变量和路径: win+r -> cmd -> path=%path%;C:\ligplot 2)将C:\ligplot文件夹中的4个cmd文件转移至c:\WINNT\system32\ 3)使用cygwin程序,在配置文件(/etc/bash.bashrc)中添加环境变量及路径: export ligplot=/cygdrive/c/ligplot export ligdir=$ligplot/exe PATH=$PATH:$ligplot 方法2: 1、解压在D:盘:D:\ligplot 2、依次修改4个cmd文件中的ligdir变量路径: set ligdir=D:\ligplot\exe 3、根据下面任一方法安装: 1)添加系统环境变量和路径: win+r -> cmd -> path=%path%;D:\ligplot 2)将D:\ligplot文件夹中的4个cmd文件转移至C:\WINNT\system32\ 3)使用cygwin程序,在配置文件(/etc/bash.bashrc)中添加环境变量及路径: export ligplot=/cygdrive/d/ligplot export ligdir=$ligplot/exe PATH=$PATH:$ligplot 运行: 在字符界面终端输入ligplot,会给出操作提示。(Windows终端可用cmd或者cygwin) e.g. $ligplot.cmd 2cdz.pdb [-n23D] 1591 [-n23D] 1591 A OR $ligplot.cmd 2cdz.pdb [-n23D] 1591 [-n23D] 1591 A 注: 1)输入文件必须是pdb格式,并且是受体-配体复合物 2)首先确定pdb文件文件中配体的名称及残基编号、链编号。比如2cdz.pdb文件中,配体名称23D,残基编号1591,位于A链。 如果配体名称前有空格,可以用双引号表示,如"-n G" 输入文件准备: 如果是PDB站点直接下载的结构,可以直接使用。不需要准备。 如果是对接完毕的结构,需要和受体保存在一个文件中,文件格式为pdb。 结果: 输出文件为ps格式,可以使用Linux/Cygwin自带的ps2pdf工具或免费开源软件DFCreater(http://sourceforge.net/projects/pdfcreator)将之转化为pdf格式。 |
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