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houxuben

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】ligplot 怎么确定残基范围？

最近试了下ligplot，安装使用都挺简单的，就是不太明白怎么确定跟配体作用的残基？哪位大虾指导下？不胜感谢！

我用的命令是 ligplot 2o2f.pdb 17 199 A

可以生成.ps文件，瞅了半天没看到配体。。。估计是残基范围搞错了。。。。求助~~~
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1楼 2010-12-28 00:34:42
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
这就是传说中的：来得早，不如来得巧。照单收下，不客气。
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8楼2010-12-29 20:01:24
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houxuben

木虫 (正式写手)
自己再顶一下。。。。
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3楼2010-12-28 12:07:37
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wlg1968

金虫 (小有名气)

Ligplot 安装 & 使用方法总结

★
houxuben(金币+2):非常感谢，安装使用我已经学会，就是不清楚如何确定配体周围残基的范围？ 2010-12-28 16:40:47
zh1987hs(金币+1):从MDBBS转来的~ 2010-12-28 22:49:31
ligplot是免费、开源的分子显示软件，可以显示分子间氢键、疏水作用。

安装－－Linux
解压至/usr/local/
形成目录/usr/local/ligplot
定义环境变量及路径：
    export ligdir=/usr/local/ligplot
    export hbdir=/usr/local/ligplot
    PATH=$PATH:$ligdir:$hbdir


安装－－ Windows
ligplot解压后，形成ligplot文件夹，包含4个cmd文件以及一个exe文件夹，其中的cmd文件中定义了exe文件夹的位置，默认在C:\ligplot\exe
如下：   

    set ligdir=c:\ligplot\exe
   
ligplot可以安装在C盘根目录（默认），也可以安装在其他目录。由于ligplot解压后仅5MB，建议安装在C：（下面方法1－2－2））
   
方法1：
    1、解压在C:盘：C:\ligplot
    2、根据下面任一方法安装：
        1）添加系统环境变量和路径：
            win+r -> cmd ->
            path=%path%;C:\ligplot
        2）将C:\ligplot文件夹中的4个cmd文件转移至c:\WINNT\system32\
        3）使用cygwin程序，在配置文件（/etc/bash.bashrc）中添加环境变量及路径：
            export ligplot=/cygdrive/c/ligplot
            export ligdir=$ligplot/exe
            PATH=$PATH:$ligplot

方法2：
    1、解压在D:盘：D:\ligplot
    2、依次修改4个cmd文件中的ligdir变量路径：
        set ligdir=D:\ligplot\exe
    3、根据下面任一方法安装：
        1）添加系统环境变量和路径：
            win+r -> cmd ->
            path=%path%;D:\ligplot
        2）将D:\ligplot文件夹中的4个cmd文件转移至C:\WINNT\system32\
        3）使用cygwin程序，在配置文件（/etc/bash.bashrc）中添加环境变量及路径：
            export ligplot=/cygdrive/d/ligplot
            export ligdir=$ligplot/exe
            PATH=$PATH:$ligplot

运行：
在字符界面终端输入ligplot，会给出操作提示。（Windows终端可用cmd或者cygwin）


e.g.
        $ligplot.cmd 2cdz.pdb [-n23D] 1591 [-n23D] 1591 A
    OR
        $ligplot.cmd 2cdz.pdb [-n23D] 1591 [-n23D] 1591 A

        注：
   
    1）输入文件必须是pdb格式，并且是受体－配体复合物
    2）首先确定pdb文件文件中配体的名称及残基编号、链编号。比如2cdz.pdb文件中，配体名称23D，残基编号1591，位于A链。

    如果配体名称前有空格，可以用双引号表示，如"-n  G"
   



输入文件准备：
如果是PDB站点直接下载的结构，可以直接使用。不需要准备。
如果是对接完毕的结构，需要和受体保存在一个文件中，文件格式为pdb。
   


结果：
输出文件为ps格式，可以使用Linux/Cygwin自带的ps2pdf工具或免费开源软件DFCreater（http://sourceforge.net/projects/pdfcreator）将之转化为pdf格式。
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4楼2010-12-28 14:16:48
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wlg1968

金虫 (小有名气)

Ligplot 安装 & 使用方法

ligplot是免费、开源的分子显示软件，可以显示分子间氢键、疏水作用。

安装－－Linux
解压至/usr/local/
形成目录/usr/local/ligplot
定义环境变量及路径：
    export ligdir=/usr/local/ligplot
    export hbdir=/usr/local/ligplot
    PATH=$PATH:$ligdir:$hbdir


安装－－ Windows
ligplot解压后，形成ligplot文件夹，包含4个cmd文件以及一个exe文件夹，其中的cmd文件中定义了exe文件夹的位置，默认在C:\ligplot\exe
如下：   

    set ligdir=c:\ligplot\exe
   
ligplot可以安装在C盘根目录（默认），也可以安装在其他目录。由于ligplot解压后仅5MB，建议安装在C：（下面方法1－2－2））
   
方法1：
    1、解压在C:盘：C:\ligplot
    2、根据下面任一方法安装：
        1）添加系统环境变量和路径：
            win+r -> cmd ->
            path=%path%;C:\ligplot
        2）将C:\ligplot文件夹中的4个cmd文件转移至c:\WINNT\system32\
        3）使用cygwin程序，在配置文件（/etc/bash.bashrc）中添加环境变量及路径：
            export ligplot=/cygdrive/c/ligplot
            export ligdir=$ligplot/exe
            PATH=$PATH:$ligplot

方法2：
    1、解压在D:盘：D:\ligplot
    2、依次修改4个cmd文件中的ligdir变量路径：
        set ligdir=D:\ligplot\exe
    3、根据下面任一方法安装：
        1）添加系统环境变量和路径：
            win+r -> cmd ->
            path=%path%;D:\ligplot
        2）将D:\ligplot文件夹中的4个cmd文件转移至C:\WINNT\system32\
        3）使用cygwin程序，在配置文件（/etc/bash.bashrc）中添加环境变量及路径：
            export ligplot=/cygdrive/d/ligplot
            export ligdir=$ligplot/exe
            PATH=$PATH:$ligplot

运行：
在字符界面终端输入ligplot，会给出操作提示。（Windows终端可用cmd或者cygwin）


e.g.
        $ligplot.cmd 2cdz.pdb [-n23D] 1591 [-n23D] 1591 A
    OR
        $ligplot.cmd 2cdz.pdb [-n23D] 1591 [-n23D] 1591 A

        注：
   
    1）输入文件必须是pdb格式，并且是受体－配体复合物
    2）首先确定pdb文件文件中配体的名称及残基编号、链编号。比如2cdz.pdb文件中，配体名称23D，残基编号1591，位于A链。

    如果配体名称前有空格，可以用双引号表示，如"-n  G"
   



输入文件准备：
如果是PDB站点直接下载的结构，可以直接使用。不需要准备。
如果是对接完毕的结构，需要和受体保存在一个文件中，文件格式为pdb。
   


结果：
输出文件为ps格式，可以使用Linux/Cygwin自带的ps2pdf工具或免费开源软件DFCreater（http://sourceforge.net/projects/pdfcreator）将之转化为pdf格式。
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5楼2010-12-28 14:17:07
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