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houxuben

木虫 (正式写手)

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[交流] 【求助】ligplot 怎么确定残基范围？

最近试了下ligplot，安装使用都挺简单的，就是不太明白怎么确定跟配体作用的残基？哪位大虾指导下？不胜感谢！

我用的命令是 ligplot 2o2f.pdb 17 199 A

可以生成.ps文件，瞅了半天没看到配体。。。估计是残基范围搞错了。。。。求助~~~

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1楼 2010-12-28 00:34:42

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wlg1968

金虫 (小有名气)

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Ligplot 安装 & 使用方法

ligplot是免费、开源的分子显示软件，可以显示分子间氢键、疏水作用。

安装－－Linux
解压至/usr/local/
形成目录/usr/local/ligplot
定义环境变量及路径：
export ligdir=/usr/local/ligplot
export hbdir=/usr/local/ligplot
PATH=$PATH:$ligdir:$hbdir

安装－－ Windows
ligplot解压后，形成ligplot文件夹，包含4个cmd文件以及一个exe文件夹，其中的cmd文件中定义了exe文件夹的位置，默认在C:\ligplot\exe
如下：

set ligdir=c:\ligplot\exe

ligplot可以安装在C盘根目录（默认），也可以安装在其他目录。由于ligplot解压后仅5MB，建议安装在C：（下面方法1－2－2））

方法1：
1、解压在C:盘：C:\ligplot
2、根据下面任一方法安装：
      1）添加系统环境变量和路径：
         win+r -> cmd ->
         path=%path%;C:\ligplot
      2）将C:\ligplot文件夹中的4个cmd文件转移至c:\WINNT\system32\
      3）使用cygwin程序，在配置文件（/etc/bash.bashrc）中添加环境变量及路径：
         export ligplot=/cygdrive/c/ligplot
         export ligdir=$ligplot/exe
         PATH=$PATH:$ligplot

方法2：
1、解压在D:盘：D:\ligplot
2、依次修改4个cmd文件中的ligdir变量路径：
      set ligdir=D:\ligplot\exe
3、根据下面任一方法安装：
      1）添加系统环境变量和路径：
         win+r -> cmd ->
         path=%path%;D:\ligplot
      2）将D:\ligplot文件夹中的4个cmd文件转移至C:\WINNT\system32\
      3）使用cygwin程序，在配置文件（/etc/bash.bashrc）中添加环境变量及路径：
         export ligplot=/cygdrive/d/ligplot
         export ligdir=$ligplot/exe
         PATH=$PATH:$ligplot

运行：
在字符界面终端输入ligplot，会给出操作提示。（Windows终端可用cmd或者cygwin）

e.g.
      $ligplot.cmd 2cdz.pdb [-n23D] 1591 [-n23D] 1591 A
OR
      $ligplot.cmd 2cdz.pdb [-n23D] 1591 [-n23D] 1591 A

      注：

1）输入文件必须是pdb格式，并且是受体－配体复合物
2）首先确定pdb文件文件中配体的名称及残基编号、链编号。比如2cdz.pdb文件中，配体名称23D，残基编号1591，位于A链。

如果配体名称前有空格，可以用双引号表示，如"-n  G"

输入文件准备：
如果是PDB站点直接下载的结构，可以直接使用。不需要准备。
如果是对接完毕的结构，需要和受体保存在一个文件中，文件格式为pdb。

结果：
输出文件为ps格式，可以使用Linux/Cygwin自带的ps2pdf工具或免费开源软件DFCreater（http://sourceforge.net/projects/pdfcreator）将之转化为pdf格式。