| 查看: 2204 | 回复: 8 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
[交流]
【求助】ligplot 怎么确定残基范围？
|
|||
|
最近试了下ligplot，安装使用都挺简单的，就是不太明白怎么确定跟配体作用的残基？哪位大虾指导下？不胜感谢！ 我用的命令是 ligplot 2o2f.pdb 17 199 A 可以生成.ps文件，瞅了半天没看到配体。。。估计是残基范围搞错了。。。。求助~~~ |
回复此楼» 猜你喜欢
转长聘了
已经有7人回复
-
085400电子信息类（川大控制工程）求调剂可跨专业 求老师联系
已经有4人回复
-
求调剂
已经有13人回复
-
药学求调剂
已经有6人回复
-
327求调剂
已经有24人回复
-
284求调剂
已经有17人回复
-
考研调剂
已经有14人回复
-
RY：中国产出的科学垃圾论文，绝对数量和比例都世界第一
已经有17人回复
-
085404 22408 309分求调剂
已经有4人回复
-
求调剂
已经有16人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 如何在diamond中添加氢键
已经有8人回复
- 用autodock对接，用什么软件定点突变蛋白质
已经有14人回复
- 小分子的pdb文件怎么获得？
已经有6人回复
- 官方ligplot+（ligplus）是ligplot的升级版（附有installation和manual链接）
已经有151人回复
- 柔性残基怎么设定啊？在线急等啊
已经有5人回复
- 环氧树脂基复合材料喷漆用表面活性剂
已经有18人回复
- 两相流模拟，残差图一段时间后一直跌宕着，没有收敛的倾向。。。
已经有11人回复
- 定点突变最多能够突变多少相连的核苷酸残基?
已经有6人回复
- ligplot确定残基范围
已经有3人回复
- PDB数据库怎么样？？急！！！！！
已经有7人回复
- 【求助】ligplot的使用
已经有4人回复
- 【求助】用于ligplot的pdb文件究竟应如何准备?
已经有3人回复
» 抢金币啦！回帖就可以得到:
-
青岛大学/康复大学导师课题组2026年博士研究生
+3/389
-
东北石油大学化学化工学院还有少量调剂名额（化工学硕、专硕，化学可跨转）
+1/87
-
武汉纺织大学材料学院士兵计划调剂信息
+1/87
-
湖北大学材料学院 矿物与固废资源化利用环境能源新材料研究团队 第二轮调剂 少量名额
+1/86
-
平顶山学院 化工材料专业研究生报考调剂名额充足
+1/40
-
26申博自荐（新能源电池方向）
+1/34
-
佛山大学动物科技学院2026年硕士研究生招生调剂公告（第三批）
+1/24
-
沈阳工业大学石油化工学院传质强化研究团队招收硕士研究生调剂
+1/17
-
22408 302分求调剂
+1/14
-
湖南理工大学调剂系统已开。 化学、化工、材料化工 调剂指标充足，录取率高，欢迎调剂
+1/10
-
湖南理工大学 化学、化工调剂指标充足，录取率高，欢迎第二批调剂的学生调剂
+1/9
-
中山大学邵晓剑课题组招收博士后（化学生物学、蛋白质组学、表观转录组学）
+1/7
-
江西水利电力大学土木水利第二轮调剂系统已开
+1/6
-
最后调剂名额，丽水学院材料与能源工程学院
+1/5
-
长江师范学院化学化工学院化学工程方向有大量调剂名额
+1/2
-
福建理工大学材料学院学硕专业代码08开头还有调剂名额
+1/2
-
招收0703和08开头的学硕专硕均可，线上复试
+2/2
-
九江学院2026年硕士研究生调剂（086002制药工程）
+1/2
-
多重细胞因子检测及其技术综述
+1/2
-
丽水学院材能学院-先进能源存储与器件课题组-26届研究生招生-（新能源电池方向）
+1/1
7楼2010-12-29 19:43:34
3楼2010-12-28 12:07:37
Ligplot 安装 & 使用方法总结
★
houxuben(金币+2):非常感谢，安装使用我已经学会，就是不清楚如何确定配体周围残基的范围？ 2010-12-28 16:40:47
zh1987hs(金币+1):从MDBBS转来的~ 2010-12-28 22:49:31
houxuben(金币+2):非常感谢，安装使用我已经学会，就是不清楚如何确定配体周围残基的范围？ 2010-12-28 16:40:47
zh1987hs(金币+1):从MDBBS转来的~ 2010-12-28 22:49:31
|
ligplot是免费、开源的分子显示软件，可以显示分子间氢键、疏水作用。 安装－－Linux 解压至/usr/local/ 形成目录/usr/local/ligplot 定义环境变量及路径： export ligdir=/usr/local/ligplot export hbdir=/usr/local/ligplot PATH=$PATH:$ligdir:$hbdir 安装－－ Windows ligplot解压后，形成ligplot文件夹，包含4个cmd文件以及一个exe文件夹，其中的cmd文件中定义了exe文件夹的位置，默认在C:\ligplot\exe 如下： set ligdir=c:\ligplot\exe ligplot可以安装在C盘根目录（默认），也可以安装在其他目录。由于ligplot解压后仅5MB，建议安装在C：（下面方法1－2－2）） 方法1： 1、解压在C:盘：C:\ligplot 2、根据下面任一方法安装： 1）添加系统环境变量和路径： win+r -> cmd -> path=%path%;C:\ligplot 2）将C:\ligplot文件夹中的4个cmd文件转移至c:\WINNT\system32\ 3）使用cygwin程序，在配置文件（/etc/bash.bashrc）中添加环境变量及路径： export ligplot=/cygdrive/c/ligplot export ligdir=$ligplot/exe PATH=$PATH:$ligplot 方法2： 1、解压在D:盘：D:\ligplot 2、依次修改4个cmd文件中的ligdir变量路径： set ligdir=D:\ligplot\exe 3、根据下面任一方法安装： 1）添加系统环境变量和路径： win+r -> cmd -> path=%path%;D:\ligplot 2）将D:\ligplot文件夹中的4个cmd文件转移至C:\WINNT\system32\ 3）使用cygwin程序，在配置文件（/etc/bash.bashrc）中添加环境变量及路径： export ligplot=/cygdrive/d/ligplot export ligdir=$ligplot/exe PATH=$PATH:$ligplot 运行： 在字符界面终端输入ligplot，会给出操作提示。（Windows终端可用cmd或者cygwin） e.g. $ligplot.cmd 2cdz.pdb [-n23D] 1591 [-n23D] 1591 A OR $ligplot.cmd 2cdz.pdb [-n23D] 1591 [-n23D] 1591 A 注： 1）输入文件必须是pdb格式，并且是受体－配体复合物 2）首先确定pdb文件文件中配体的名称及残基编号、链编号。比如2cdz.pdb文件中，配体名称23D，残基编号1591，位于A链。 如果配体名称前有空格，可以用双引号表示，如"-n G" 输入文件准备： 如果是PDB站点直接下载的结构，可以直接使用。不需要准备。 如果是对接完毕的结构，需要和受体保存在一个文件中，文件格式为pdb。 结果： 输出文件为ps格式，可以使用Linux/Cygwin自带的ps2pdf工具或免费开源软件DFCreater（http://sourceforge.net/projects/pdfcreator）将之转化为pdf格式。 |
4楼2010-12-28 14:16:48
Ligplot 安装 & 使用方法
|
ligplot是免费、开源的分子显示软件，可以显示分子间氢键、疏水作用。 安装－－Linux 解压至/usr/local/ 形成目录/usr/local/ligplot 定义环境变量及路径： export ligdir=/usr/local/ligplot export hbdir=/usr/local/ligplot PATH=$PATH:$ligdir:$hbdir 安装－－ Windows ligplot解压后，形成ligplot文件夹，包含4个cmd文件以及一个exe文件夹，其中的cmd文件中定义了exe文件夹的位置，默认在C:\ligplot\exe 如下： set ligdir=c:\ligplot\exe ligplot可以安装在C盘根目录（默认），也可以安装在其他目录。由于ligplot解压后仅5MB，建议安装在C：（下面方法1－2－2）） 方法1： 1、解压在C:盘：C:\ligplot 2、根据下面任一方法安装： 1）添加系统环境变量和路径： win+r -> cmd -> path=%path%;C:\ligplot 2）将C:\ligplot文件夹中的4个cmd文件转移至c:\WINNT\system32\ 3）使用cygwin程序，在配置文件（/etc/bash.bashrc）中添加环境变量及路径： export ligplot=/cygdrive/c/ligplot export ligdir=$ligplot/exe PATH=$PATH:$ligplot 方法2： 1、解压在D:盘：D:\ligplot 2、依次修改4个cmd文件中的ligdir变量路径： set ligdir=D:\ligplot\exe 3、根据下面任一方法安装： 1）添加系统环境变量和路径： win+r -> cmd -> path=%path%;D:\ligplot 2）将D:\ligplot文件夹中的4个cmd文件转移至C:\WINNT\system32\ 3）使用cygwin程序，在配置文件（/etc/bash.bashrc）中添加环境变量及路径： export ligplot=/cygdrive/d/ligplot export ligdir=$ligplot/exe PATH=$PATH:$ligplot 运行： 在字符界面终端输入ligplot，会给出操作提示。（Windows终端可用cmd或者cygwin） e.g. $ligplot.cmd 2cdz.pdb [-n23D] 1591 [-n23D] 1591 A OR $ligplot.cmd 2cdz.pdb [-n23D] 1591 [-n23D] 1591 A 注： 1）输入文件必须是pdb格式，并且是受体－配体复合物 2）首先确定pdb文件文件中配体的名称及残基编号、链编号。比如2cdz.pdb文件中，配体名称23D，残基编号1591，位于A链。 如果配体名称前有空格，可以用双引号表示，如"-n G" 输入文件准备： 如果是PDB站点直接下载的结构，可以直接使用。不需要准备。 如果是对接完毕的结构，需要和受体保存在一个文件中，文件格式为pdb。 结果： 输出文件为ps格式，可以使用Linux/Cygwin自带的ps2pdf工具或免费开源软件DFCreater（http://sourceforge.net/projects/pdfcreator）将之转化为pdf格式。 |
5楼2010-12-28 14:17:07
