应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【求助】ligplot 怎么确定残基范围？
51/1返回列表
查看: 2624  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

houxuben

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】ligplot 怎么确定残基范围？

最近试了下ligplot，安装使用都挺简单的，就是不太明白怎么确定跟配体作用的残基？哪位大虾指导下？不胜感谢！

我用的命令是 ligplot 2o2f.pdb 17 199 A

可以生成.ps文件，瞅了半天没看到配体。。。估计是残基范围搞错了。。。。求助~~~
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2010-12-28 00:34:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

houxuben

木虫 (正式写手)
自己再顶一下。。。。
回复此楼
3楼2010-12-28 12:07:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 9 个回答

wlg1968

金虫 (小有名气)

Ligplot 安装 & 使用方法总结

★
houxuben(金币+2):非常感谢，安装使用我已经学会，就是不清楚如何确定配体周围残基的范围？ 2010-12-28 16:40:47
zh1987hs(金币+1):从MDBBS转来的~ 2010-12-28 22:49:31
ligplot是免费、开源的分子显示软件，可以显示分子间氢键、疏水作用。

安装－－Linux
解压至/usr/local/
形成目录/usr/local/ligplot
定义环境变量及路径：
    export ligdir=/usr/local/ligplot
    export hbdir=/usr/local/ligplot
    PATH=$PATH:$ligdir:$hbdir


安装－－ Windows
ligplot解压后，形成ligplot文件夹，包含4个cmd文件以及一个exe文件夹，其中的cmd文件中定义了exe文件夹的位置，默认在C:\ligplot\exe
如下：   

    set ligdir=c:\ligplot\exe
   
ligplot可以安装在C盘根目录（默认），也可以安装在其他目录。由于ligplot解压后仅5MB，建议安装在C：（下面方法1－2－2））
   
方法1：
    1、解压在C:盘：C:\ligplot
    2、根据下面任一方法安装：
        1）添加系统环境变量和路径：
            win+r -> cmd ->
            path=%path%;C:\ligplot
        2）将C:\ligplot文件夹中的4个cmd文件转移至c:\WINNT\system32\
        3）使用cygwin程序，在配置文件（/etc/bash.bashrc）中添加环境变量及路径：
            export ligplot=/cygdrive/c/ligplot
            export ligdir=$ligplot/exe
            PATH=$PATH:$ligplot

方法2：
    1、解压在D:盘：D:\ligplot
    2、依次修改4个cmd文件中的ligdir变量路径：
        set ligdir=D:\ligplot\exe
    3、根据下面任一方法安装：
        1）添加系统环境变量和路径：
            win+r -> cmd ->
            path=%path%;D:\ligplot
        2）将D:\ligplot文件夹中的4个cmd文件转移至C:\WINNT\system32\
        3）使用cygwin程序，在配置文件（/etc/bash.bashrc）中添加环境变量及路径：
            export ligplot=/cygdrive/d/ligplot
            export ligdir=$ligplot/exe
            PATH=$PATH:$ligplot

运行：
在字符界面终端输入ligplot，会给出操作提示。（Windows终端可用cmd或者cygwin）


e.g.
        $ligplot.cmd 2cdz.pdb [-n23D] 1591 [-n23D] 1591 A
    OR
        $ligplot.cmd 2cdz.pdb [-n23D] 1591 [-n23D] 1591 A

        注：
   
    1）输入文件必须是pdb格式，并且是受体－配体复合物
    2）首先确定pdb文件文件中配体的名称及残基编号、链编号。比如2cdz.pdb文件中，配体名称23D，残基编号1591，位于A链。

    如果配体名称前有空格，可以用双引号表示，如"-n  G"
   



输入文件准备：
如果是PDB站点直接下载的结构，可以直接使用。不需要准备。
如果是对接完毕的结构，需要和受体保存在一个文件中，文件格式为pdb。
   


结果：
输出文件为ps格式，可以使用Linux/Cygwin自带的ps2pdf工具或免费开源软件DFCreater（http://sourceforge.net/projects/pdfcreator）将之转化为pdf格式。
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2010-12-28 14:16:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wlg1968

金虫 (小有名气)

Ligplot 安装 & 使用方法

ligplot是免费、开源的分子显示软件，可以显示分子间氢键、疏水作用。

安装－－Linux
解压至/usr/local/
形成目录/usr/local/ligplot
定义环境变量及路径：
    export ligdir=/usr/local/ligplot
    export hbdir=/usr/local/ligplot
    PATH=$PATH:$ligdir:$hbdir


安装－－ Windows
ligplot解压后，形成ligplot文件夹，包含4个cmd文件以及一个exe文件夹，其中的cmd文件中定义了exe文件夹的位置，默认在C:\ligplot\exe
如下：   

    set ligdir=c:\ligplot\exe
   
ligplot可以安装在C盘根目录（默认），也可以安装在其他目录。由于ligplot解压后仅5MB，建议安装在C：（下面方法1－2－2））
   
方法1：
    1、解压在C:盘：C:\ligplot
    2、根据下面任一方法安装：
        1）添加系统环境变量和路径：
            win+r -> cmd ->
            path=%path%;C:\ligplot
        2）将C:\ligplot文件夹中的4个cmd文件转移至c:\WINNT\system32\
        3）使用cygwin程序，在配置文件（/etc/bash.bashrc）中添加环境变量及路径：
            export ligplot=/cygdrive/c/ligplot
            export ligdir=$ligplot/exe
            PATH=$PATH:$ligplot

方法2：
    1、解压在D:盘：D:\ligplot
    2、依次修改4个cmd文件中的ligdir变量路径：
        set ligdir=D:\ligplot\exe
    3、根据下面任一方法安装：
        1）添加系统环境变量和路径：
            win+r -> cmd ->
            path=%path%;D:\ligplot
        2）将D:\ligplot文件夹中的4个cmd文件转移至C:\WINNT\system32\
        3）使用cygwin程序，在配置文件（/etc/bash.bashrc）中添加环境变量及路径：
            export ligplot=/cygdrive/d/ligplot
            export ligdir=$ligplot/exe
            PATH=$PATH:$ligplot

运行：
在字符界面终端输入ligplot，会给出操作提示。（Windows终端可用cmd或者cygwin）


e.g.
        $ligplot.cmd 2cdz.pdb [-n23D] 1591 [-n23D] 1591 A
    OR
        $ligplot.cmd 2cdz.pdb [-n23D] 1591 [-n23D] 1591 A

        注：
   
    1）输入文件必须是pdb格式，并且是受体－配体复合物
    2）首先确定pdb文件文件中配体的名称及残基编号、链编号。比如2cdz.pdb文件中，配体名称23D，残基编号1591，位于A链。

    如果配体名称前有空格，可以用双引号表示，如"-n  G"
   



输入文件准备：
如果是PDB站点直接下载的结构，可以直接使用。不需要准备。
如果是对接完毕的结构，需要和受体保存在一个文件中，文件格式为pdb。
   


结果：
输出文件为ps格式，可以使用Linux/Cygwin自带的ps2pdf工具或免费开源软件DFCreater（http://sourceforge.net/projects/pdfcreator）将之转化为pdf格式。
赞一下 回复此楼
5楼2010-12-28 14:17:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

houxuben

木虫 (正式写手)
太冷清了，不问了，版主可否退回金币？谢谢
赞一下 回复此楼
6楼2010-12-29 18:58:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 9 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[硕博家园] 极限拉扯，如何抉择 +7 Isak0320 2026-10-12 10/500 2026-10-12 22:38 by 大飞鱼鱼鱼
[基金申请] 入职后第一次管课题组的专利缴费，对账才发现官费比别人多掏了一倍 +6 13108017953 2026-10-08 6/300 2026-10-12 20:07 by w3w3y3
[有机交流] OpenAI又攻克数学难题了，离AI做有机合成还有多远？ +4 wangyl_123 2026-10-10 8/400 2026-10-12 18:09 by wangyl_123
[教师之家] 课题组会帮你通过考核么？ +3 好运来～9527 2026-10-10 6/300 2026-10-12 14:55 by 简单化xn
[公派出国] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 9/450 2026-10-11 22:34 by XQNyDCa1Tk5n
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 10/500 2026-10-11 22:26 by XQNyDCa1Tk5n
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 8/400 2026-10-11 22:26 by XQNyDCa1Tk5n
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 9/450 2026-10-11 22:15 by XQNyDCa1Tk5n
[考博] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 22:11 by XQNyDCa1Tk5n
[教师之家] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 (EPI+-1)(金币-50) +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 10/500 2026-10-11 22:06 by XQNyDCa1Tk5n
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 (EPI+-1)(金币-50) +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 10/500 2026-10-11 14:25 by VOMexwnDzOFZ
[教师之家] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 (EPI+-1)(金币-50) +4 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 14:05 by VOMexwnDzOFZ
[考研] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 8/400 2026-10-11 13:51 by VOMexwnDzOFZ
[硕博家园] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 8/400 2026-10-11 13:45 by VOMexwnDzOFZ
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 10:54 by VOMexwnDzOFZ
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +4 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 10:34 by VOMexwnDzOFZ
[考博] 招收博士生一名 +3 mandolin 2026-10-10 3/150 2026-10-11 10:21 by 不是山谷！
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 4/200 2026-10-11 03:14 by M0zrYVSAnxpE
[有机交流] 各位大佬，路线设计求助 +6 zapen 2026-10-08 8/400 2026-10-10 15:59 by zapen
[有机交流] 我应该选哪条合成路线让实验成功率高一些？ +5 jing816y 2026-10-08 9/450 2026-10-10 09:05 by zapen
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭