| 查看: 2200 | 回复: 8 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
[交流]
【求助】ligplot 怎么确定残基范围？
|
|||
|
最近试了下ligplot，安装使用都挺简单的，就是不太明白怎么确定跟配体作用的残基？哪位大虾指导下？不胜感谢！ 我用的命令是 ligplot 2o2f.pdb 17 199 A 可以生成.ps文件，瞅了半天没看到配体。。。估计是残基范围搞错了。。。。求助~~~ |
回复此楼» 猜你喜欢
085600材料与化工349分求调剂
已经有16人回复
-
085801电气专硕272求调剂
已经有14人回复
-
271求调剂
已经有27人回复
-
调剂求收留
已经有33人回复
-
300分求调剂 （085501机械专硕，本科扬大）
已经有10人回复
-
求调剂
已经有15人回复
-
材料085601调剂
已经有34人回复
-
机械还有还有名额吗？太难了
已经有8人回复
-
288求调剂，一志愿华南理工大学071005
已经有24人回复
-
085600材料与化工329分求调剂
已经有23人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 如何在diamond中添加氢键
已经有8人回复
- 用autodock对接，用什么软件定点突变蛋白质
已经有14人回复
- 小分子的pdb文件怎么获得？
已经有6人回复
- 官方ligplot+（ligplus）是ligplot的升级版（附有installation和manual链接）
已经有151人回复
- 柔性残基怎么设定啊？在线急等啊
已经有5人回复
- 环氧树脂基复合材料喷漆用表面活性剂
已经有18人回复
- 两相流模拟，残差图一段时间后一直跌宕着，没有收敛的倾向。。。
已经有11人回复
- 定点突变最多能够突变多少相连的核苷酸残基?
已经有6人回复
- ligplot确定残基范围
已经有3人回复
- PDB数据库怎么样？？急！！！！！
已经有7人回复
- 【求助】ligplot的使用
已经有4人回复
- 【求助】用于ligplot的pdb文件究竟应如何准备?
已经有3人回复
» 抢金币啦！回帖就可以得到:
-
生物种的研究
+2/2477
-
国家“千人计划”青年项目获得者团队最后2人07、08等学科研究生调剂
+1/284
-
陕科大环境学院招收0857和0830调剂考生【可跨门类，最后2两小时】
+1/200
-
江苏海洋大学接受生物学相关背景的研究生调剂
+2/128
-
湖北文理学院，材料，化学，环境，机械，电子，工程等专业均可报名调剂！
+3/107
-
江西师大化学工程学院调剂今晚0点开放！ 缺额100个，速冲！
+1/84
-
广东石油化工学院，材料与化工、能源动力专硕，招收调剂生，线上面试
+2/52
-
上海海事大学博导招26级全日制管理学博士
+1/41
-
安徽医科大学细胞生物学专业接收二轮调剂学硕研究生多名
+1/38
-
2026年招化学、材料、化工等专业调剂硕士生！初试可不考数学！
+1/21
-
华南理工大学 基础医学学硕和临床医学学硕调剂
+1/20
-
辽宁工业大学土木工程（081400）专业调剂有名额
+1/10
-
北京化工大学材料学院高分子微针实验室招收调剂
+1/9
-
燕山大学环化学院胡老师招收硕士研究生
+1/9
-
重庆三峡科技大学物理电子学、场波专业接收调剂，考数二可调，系统开至4月10日
+1/9
-
浙江农林大学 林业与生物技术学院 生物学(生物化学与分子生物学) 第二轮调剂生招生
+1/8
-
最后调剂名额，丽水学院材料与能源工程学院
+1/5
-
西安工程大学环境与化学工程学院学硕调剂（专硕可调学硕）
+1/4
-
青岛农业大学化学与药学院招收调剂，欢迎报名！
+1/2
-
浙江海洋大学石油化工学院接收工科调剂（学硕、专硕均可，近期线上面试）
+1/2
3楼2010-12-28 12:07:37
Ligplot 安装 & 使用方法总结
★
houxuben(金币+2):非常感谢，安装使用我已经学会，就是不清楚如何确定配体周围残基的范围？ 2010-12-28 16:40:47
zh1987hs(金币+1):从MDBBS转来的~ 2010-12-28 22:49:31
houxuben(金币+2):非常感谢，安装使用我已经学会，就是不清楚如何确定配体周围残基的范围？ 2010-12-28 16:40:47
zh1987hs(金币+1):从MDBBS转来的~ 2010-12-28 22:49:31
|
ligplot是免费、开源的分子显示软件，可以显示分子间氢键、疏水作用。 安装－－Linux 解压至/usr/local/ 形成目录/usr/local/ligplot 定义环境变量及路径： export ligdir=/usr/local/ligplot export hbdir=/usr/local/ligplot PATH=$PATH:$ligdir:$hbdir 安装－－ Windows ligplot解压后，形成ligplot文件夹，包含4个cmd文件以及一个exe文件夹，其中的cmd文件中定义了exe文件夹的位置，默认在C:\ligplot\exe 如下： set ligdir=c:\ligplot\exe ligplot可以安装在C盘根目录（默认），也可以安装在其他目录。由于ligplot解压后仅5MB，建议安装在C：（下面方法1－2－2）） 方法1： 1、解压在C:盘：C:\ligplot 2、根据下面任一方法安装： 1）添加系统环境变量和路径： win+r -> cmd -> path=%path%;C:\ligplot 2）将C:\ligplot文件夹中的4个cmd文件转移至c:\WINNT\system32\ 3）使用cygwin程序，在配置文件（/etc/bash.bashrc）中添加环境变量及路径： export ligplot=/cygdrive/c/ligplot export ligdir=$ligplot/exe PATH=$PATH:$ligplot 方法2： 1、解压在D:盘：D:\ligplot 2、依次修改4个cmd文件中的ligdir变量路径： set ligdir=D:\ligplot\exe 3、根据下面任一方法安装： 1）添加系统环境变量和路径： win+r -> cmd -> path=%path%;D:\ligplot 2）将D:\ligplot文件夹中的4个cmd文件转移至C:\WINNT\system32\ 3）使用cygwin程序，在配置文件（/etc/bash.bashrc）中添加环境变量及路径： export ligplot=/cygdrive/d/ligplot export ligdir=$ligplot/exe PATH=$PATH:$ligplot 运行： 在字符界面终端输入ligplot，会给出操作提示。（Windows终端可用cmd或者cygwin） e.g. $ligplot.cmd 2cdz.pdb [-n23D] 1591 [-n23D] 1591 A OR $ligplot.cmd 2cdz.pdb [-n23D] 1591 [-n23D] 1591 A 注： 1）输入文件必须是pdb格式，并且是受体－配体复合物 2）首先确定pdb文件文件中配体的名称及残基编号、链编号。比如2cdz.pdb文件中，配体名称23D，残基编号1591，位于A链。 如果配体名称前有空格，可以用双引号表示，如"-n G" 输入文件准备： 如果是PDB站点直接下载的结构，可以直接使用。不需要准备。 如果是对接完毕的结构，需要和受体保存在一个文件中，文件格式为pdb。 结果： 输出文件为ps格式，可以使用Linux/Cygwin自带的ps2pdf工具或免费开源软件DFCreater（http://sourceforge.net/projects/pdfcreator）将之转化为pdf格式。 |
4楼2010-12-28 14:16:48
Ligplot 安装 & 使用方法
|
ligplot是免费、开源的分子显示软件，可以显示分子间氢键、疏水作用。 安装－－Linux 解压至/usr/local/ 形成目录/usr/local/ligplot 定义环境变量及路径： export ligdir=/usr/local/ligplot export hbdir=/usr/local/ligplot PATH=$PATH:$ligdir:$hbdir 安装－－ Windows ligplot解压后，形成ligplot文件夹，包含4个cmd文件以及一个exe文件夹，其中的cmd文件中定义了exe文件夹的位置，默认在C:\ligplot\exe 如下： set ligdir=c:\ligplot\exe ligplot可以安装在C盘根目录（默认），也可以安装在其他目录。由于ligplot解压后仅5MB，建议安装在C：（下面方法1－2－2）） 方法1： 1、解压在C:盘：C:\ligplot 2、根据下面任一方法安装： 1）添加系统环境变量和路径： win+r -> cmd -> path=%path%;C:\ligplot 2）将C:\ligplot文件夹中的4个cmd文件转移至c:\WINNT\system32\ 3）使用cygwin程序，在配置文件（/etc/bash.bashrc）中添加环境变量及路径： export ligplot=/cygdrive/c/ligplot export ligdir=$ligplot/exe PATH=$PATH:$ligplot 方法2： 1、解压在D:盘：D:\ligplot 2、依次修改4个cmd文件中的ligdir变量路径： set ligdir=D:\ligplot\exe 3、根据下面任一方法安装： 1）添加系统环境变量和路径： win+r -> cmd -> path=%path%;D:\ligplot 2）将D:\ligplot文件夹中的4个cmd文件转移至C:\WINNT\system32\ 3）使用cygwin程序，在配置文件（/etc/bash.bashrc）中添加环境变量及路径： export ligplot=/cygdrive/d/ligplot export ligdir=$ligplot/exe PATH=$PATH:$ligplot 运行： 在字符界面终端输入ligplot，会给出操作提示。（Windows终端可用cmd或者cygwin） e.g. $ligplot.cmd 2cdz.pdb [-n23D] 1591 [-n23D] 1591 A OR $ligplot.cmd 2cdz.pdb [-n23D] 1591 [-n23D] 1591 A 注： 1）输入文件必须是pdb格式，并且是受体－配体复合物 2）首先确定pdb文件文件中配体的名称及残基编号、链编号。比如2cdz.pdb文件中，配体名称23D，残基编号1591，位于A链。 如果配体名称前有空格，可以用双引号表示，如"-n G" 输入文件准备： 如果是PDB站点直接下载的结构，可以直接使用。不需要准备。 如果是对接完毕的结构，需要和受体保存在一个文件中，文件格式为pdb。 结果： 输出文件为ps格式，可以使用Linux/Cygwin自带的ps2pdf工具或免费开源软件DFCreater（http://sourceforge.net/projects/pdfcreator）将之转化为pdf格式。 |
5楼2010-12-28 14:17:07
6楼2010-12-29 18:58:26
