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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » AutoDock怎么分析大分子与小分子之间的结合能
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M1ngq

金虫 (初入文坛)

[求助] AutoDock怎么分析大分子与小分子之间的结合能

新人，金币就几个，请大家帮帮忙，求解啊！！如题，希望能给个稍微详细一点的步骤方法啊！！谢谢！

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1楼 2013-11-05 18:52:06
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longytu

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-11-05 19:51:16
对接100次，按照能量打分，看cluster即可
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2楼2013-11-05 19:30:15
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M1ngq

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by longytu at 2013-11-05 19:30:15
对接100次，按照能量打分，看cluster即可

对接100次的意思是？怎么操作？需要设置还是一次又一次的设置不同的盒子，然后一次又一次的对接啊？真的是新手得渣渣啊…能说具体点吗，谢谢谢谢！

[ 发自小木虫客户端 ]
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3楼2013-11-05 22:10:06
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M1ngq

金虫 (初入文坛)
求关注求解决啊…
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4楼2013-11-06 10:05:33
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yaozhq

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
M1ngq: 金币+5, ★有帮助 2013-11-06 17:40:43
autodock的打分算法就是算结合能 所以你做完对接 看结果里面 给的能量就好了 多做几次是为了避免局部最优解
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5楼2013-11-06 10:24:58
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M1ngq

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by yaozhq at 2013-11-06 10:24:58
autodock的打分算法就是算结合能 所以你做完对接 看结果里面 给的能量就好了 多做几次是为了避免局部最优解

噢噢。那通过“Docking——>Search Parameters…——>"选择一种算法之后，弹出来一个对话框（已附图）。分别有一个"Runs"和"Cycle"的输入框，这两个各自代表什么？。
另外我在用Vina的时候，有一个“log.txt”的文件，里面的这些
mode |   affinity | dist from best mode
     | (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b.
-----+------------+----------+----------

分别代表什么啊。
AutoDock怎么分析大分子与小分子之间的结合能
6(G$KKY1O[IK1AB5~_}$R@8.jpg
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6楼2013-11-06 12:24:08
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M1ngq

金虫 (初入文坛)
顶一下！！！！！！
7楼2013-11-06 17:42:00
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悠然南子

铁虫 (初入文坛)
同问这下面几项是什么意思？我菜鸟一个。顶一下！
mode |   affinity | dist from best mode
         | (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b.
赞一下(1人) 回复此楼
8楼2016-01-06 15:29:08
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