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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » gromacs结果分析怎样分析氢键能和结合能
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邓芳

木虫 (小有名气)

木虫

[求助] gromacs结果分析怎样分析氢键能和结合能

请教大侠们，gromacs结果分析怎样分析氢键能和结合能？
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坚持就是胜利
1楼 2013-01-04 22:48:01
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

jessesunlu

新虫 (正式写手)
★ ★ ★
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2013-01-08 13:24:42
引用回帖:
3楼: Originally posted by 邓芳 at 2013-01-06 09:28:59
g_hbond只能计算出氢键的个数，但计算不出氢键的形成位置和氢键的能量，结合能就是小分子和蛋白质之间的相互作用能...

哦   g_hbond 应该时能指定原子看氢键情况的  一看看结构应该能知道哪个位置氢键可能性比较大    至于小分子和蛋白的结合能你得算PMF  不是跑完动力学就直接出来的
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5楼2013-01-07 18:41:47
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jessesunlu

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-01-06 08:23:54
有个g_hbond功能  不懂你说的什么结合能
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2楼2013-01-06 05:15:22
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邓芳

木虫 (小有名气)

木虫
引用回帖:
2楼: Originally posted by jessesunlu at 2013-01-06 05:15:22
有个g_hbond功能  不懂你说的什么结合能

g_hbond只能计算出氢键的个数，但计算不出氢键的形成位置和氢键的能量，结合能就是小分子和蛋白质之间的相互作用能
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坚持就是胜利
3楼2013-01-06 09:28:59
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piaoluodeyu

金虫 (小有名气)
亲 gromacs很难计算结合自由能 超麻烦的 你放弃吧!
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4楼2013-01-07 09:07:18
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weiwei_l

木虫 (职业作家)

有理想的人
加油 楼主
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有志青年
6楼2013-01-07 18:54:20
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邓芳

木虫 (小有名气)

木虫
谢谢大家
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坚持就是胜利
7楼2013-01-07 22:45:08
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邓芳

木虫 (小有名气)

木虫
引用回帖:
5楼: Originally posted by jessesunlu at 2013-01-07 18:41:47
哦   g_hbond 应该时能指定原子看氢键情况的  一看看结构应该能知道哪个位置氢键可能性比较大    至于小分子和蛋白的结合能你得算PMF  不是跑完动力学就直接出来的...

嗯，理解了，谢谢
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坚持就是胜利
8楼2013-01-08 11:58:55
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candery

金虫 (小有名气)
确实gromacs很难计算结合自由能，
不过可以用两基团的范德华作用能和静电作用能之和减去结合后的范德华作用能和静电作用能来近似。
能定性给出结果，但不太可靠
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9楼2013-01-08 19:28:49
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邓芳

木虫 (小有名气)

木虫
引用回帖:
9楼: Originally posted by candery at 2013-01-08 19:28:49
确实gromacs很难计算结合自由能，
不过可以用两基团的范德华作用能和静电作用能之和减去结合后的范德华作用能和静电作用能来近似。
能定性给出结果，但不太可靠

谢谢，
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坚持就是胜利
10楼2013-01-08 20:40:40
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