24小时热门版块排行榜    

查看: 3641  |  回复: 12
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

邓芳

木虫 (小有名气)

木虫

[求助] gromacs结果分析怎样分析氢键能和结合能

请教大侠们,gromacs结果分析怎样分析氢键能和结合能?
回复此楼
坚持就是胜利
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

邓芳

木虫 (小有名气)

木虫

引用回帖:
2楼: Originally posted by jessesunlu at 2013-01-06 05:15:22
有个g_hbond功能  不懂你说的什么结合能

g_hbond只能计算出氢键的个数,但计算不出氢键的形成位置和氢键的能量,结合能就是小分子和蛋白质之间的相互作用能
坚持就是胜利
3楼2013-01-06 09:28:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 13 个回答

jessesunlu

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-01-06 08:23:54
有个g_hbond功能  不懂你说的什么结合能
2楼2013-01-06 05:15:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

piaoluodeyu

金虫 (小有名气)

亲 gromacs很难计算结合自由能 超麻烦的 你放弃吧!
4楼2013-01-07 09:07:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jessesunlu

新虫 (正式写手)

★ ★ ★
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2013-01-08 13:24:42
引用回帖:
3楼: Originally posted by 邓芳 at 2013-01-06 09:28:59
g_hbond只能计算出氢键的个数,但计算不出氢键的形成位置和氢键的能量,结合能就是小分子和蛋白质之间的相互作用能...

哦   g_hbond 应该时能指定原子看氢键情况的  一看看结构应该能知道哪个位置氢键可能性比较大    至于小分子和蛋白的结合能你得算PMF  不是跑完动力学就直接出来的
5楼2013-01-07 18:41:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 放榜前的不淡定 20+4 snowwithsea 2026-08-19 18/900 2026-08-25 14:50 by Weed114114
[基金申请] 在坚冰还盖着北海的时候,我看到了怒放的梅花。 +4 ziyangfang 2026-08-25 4/200 2026-08-25 14:41 by ZJTJZ
[基金申请] 某些机构,以效率低为荣,以效率低作为存在感 +6 yuleib84 2026-08-25 7/350 2026-08-25 14:40 by 六两废铜
[基金申请] 没有任何消息-是不是就凉了 +9 图啦图啦 2026-08-24 10/500 2026-08-25 11:59 by 南海小哥
[基金申请] 人气不行了 +11 fansofjerry 2026-08-21 11/550 2026-08-25 11:04 by 孤独的英雄6
[教师之家] 导师吐槽:我怎么摊上了这么个极品研究生! +3 苏东坡二世 2026-08-23 3/150 2026-08-25 10:35 by shisan1313
[基金申请] 2026年的国家社科基金项目通讯评审的新规则与新动向、新挑战 +5 process2012 2026-08-23 7/350 2026-08-25 09:42 by huixian257
[基金申请] 范进中举一文的中心思想 +7 炎黄贵胄 2026-08-22 8/400 2026-08-25 08:48 by ZJTJZ
[基金申请] 只有每年这种时候来逛逛小木虫 +25 yaoyewhu2008 2026-08-20 27/1350 2026-08-25 08:01 by Equinoxhua
[基金申请] 能否退出参与的面上项目解除限项 +21 koalala 2026-08-24 24/1200 2026-08-24 19:25 by 家与远方
[基金申请] filecode,4个jtjc了 +14 ziyangfang 2026-08-19 17/850 2026-08-24 18:37 by 哈哈蛤?
[基金申请] 今日不放榜?网传国自然预计 8 月 27 日可查结果 +17 医学老男孩 2026-08-20 21/1050 2026-08-24 14:21 by refreshing11
[基金申请] 让我中一个面上吧! +13 大萍1987 2026-08-20 16/800 2026-08-24 10:23 by 太傻了
[教师之家] 跳槽后在研项目怎么办? +5 简单化xn 2026-08-22 10/500 2026-08-23 12:38 by 简单化xn
[基金申请] 今天放榜吗? +15 布布和一二 2026-08-19 16/800 2026-08-23 09:55 by 张春生
[基金申请] 时间戳今天,20号变了 +5 archvillain 2026-08-20 5/250 2026-08-22 06:12 by hui_daxiao
[基金申请] 看来今天不会放榜了? +8 chengyan1220 2026-08-21 11/550 2026-08-21 17:52 by dcqxinyang
[基金申请] 时间戳又变了 +13 wuchongjun 2026-08-20 19/950 2026-08-21 17:21 by 紫杉醇
[基金申请] 今天放榜没戏了吧 +9 yuleib84 2026-08-19 11/550 2026-08-21 10:06 by gltch
[基金申请] 基金啊基金 +4 longfie172 2026-08-20 4/200 2026-08-21 08:58 by mark mao
信息提示
请填处理意见