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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【求助】环糊精包合物的分子模拟
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maoxiaoming

铜虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】环糊精包合物的分子模拟已有13人参与

我前段时间做了一些环糊精包合物方面的研究，对包合物进行了一些表征，但所做的分析讨论太过浅显。
想试着做些分子模拟方面的探讨。但在分子模拟方面什么也不懂。
想请问一下：一般做包合物的分子模拟用什么软件比较好？
                    有没有相关的文献资料推荐？因为这方面的软件一点都不会。
                    对电脑的配置有些什么要求？
谢谢！谢谢！谢谢！

[ Last edited by maoxiaoming on 2010-6-10 at 13:18 ]
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1楼2010-06-10 13:17:22
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

fantastic

银虫 (著名写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
御剑江湖(金币+1): 谢谢 2011-04-15 14:56:04
环糊精的pdb文件在RCSB数据库中可以下载，alpha，beta和gamma的都有，你可以试试看！
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25楼2011-04-12 16:29:29
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普通回帖

appleguop

新虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-06-13 12:47:59
我用Materials Studio 做过动力学模拟
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2楼2010-06-13 10:36:20
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zhangdagou5858

银虫 (小有名气)
★ ★ ★
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-06-13 12:48:07
要达到你的模拟要求，你可以把他当做配体受体结合复合物来模拟，关键在于找到合适的立场来定义你的复合物，至于具体的模拟软件有Ds，免费的有Gromacs和namd等都可以达到你的要求
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3楼2010-06-13 12:36:31
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gzgzgz

铜虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+5):谢谢 2010-06-23 15:11:41
作为一个过来人，说两句话。
我也做实验和模拟。不知道你要做到什么程度，从时间上看，我建议你暂时不要去碰gromacs和namd，学习Material Studio/DS比较适合你，原因有二：
1）这两个专用于模拟，是计算专业户吃饭的家伙。需要一定时间掌握，对体系要有很好的了解，不是一切默认能搞定问题的。这两者都只是MD代码，对于标准立场未参数化的化合物一样无能为力，参数化一套东西，花个1年很正常，特别要是分子大一点。如果走这条路，你要准备至少2年空白时间（！！）。。。不知道你有没有
2）MS/DS是鼠标操作，比较傻。。。一般实验数据配套简单的电子结构，能级或者简单的MD,热力学量分析（这些现在版本的MS/DS都能做），足矣～
仅供参考
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4楼2010-06-23 14:05:56
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zhongwenhui

禁言 (初入文坛)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+1):谢谢 2010-06-24 10:28:30
本帖内容被屏蔽
5楼2010-06-23 17:16:22
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nh13

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+2):谢谢 2010-06-24 10:28:39
如果做分子动力学，力场的选择很重要，你可以试试Materails Explorer，论坛里有。
图形界面也不错，并且比MS和DS做动力学专业得多。

另外如果环糊精半径选得不太大的话是否QMMM方法也可以呢？
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6楼2010-06-23 23:22:20
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maoxiaoming

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by zhangdagou5858 at 2010-06-13 12:36:31:
要达到你的模拟要求，你可以把他当做配体受体结合复合物来模拟，关键在于找到合适的立场来定义你的复合物，至于具体的模拟软件有Ds，免费的有Gromacs和namd等都可以达到你的要求

非常感谢你的回复，力场一般怎么选取啊？有什么电子版的资料么？我看了一两本分子模拟的书，但看的云里雾里，都是些模拟原理的书，不知道怎么用
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7楼2010-06-25 09:31:52
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maoxiaoming

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by gzgzgz at 2010-06-23 14:05:56:
作为一个过来人，说两句话。
我也做实验和模拟。不知道你要做到什么程度，从时间上看，我建议你暂时不要去碰gromacs和namd，学习Material Studio/DS比较适合你，原因有二：
1）这两个专用于模拟，是计算专业户吃 ...

非常感谢你的回复，我也想用Material Studio做模拟，时间比较紧，我下学期就研三了，我只想模拟一下单体和环糊精的构像大小，以此分析他们的匹配程度，再用能量最小化分析他们的包合过程（估计得用分子动力学吧）。研究下他们形成包合物的构像，再与实验结合验证分析一下。这就是我想要做到的程度。
关于Material Studio软件有什么好的资料推荐吗？我得从头学起，从零开始
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8楼2010-06-25 09:38:06
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maoxiaoming

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by zhongwenhui at 2010-06-23 17:16:22:
用MS做分子动力学，用gromacs立场做。

非常感谢你的回复，gromacs力场，我记住了。
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9楼2010-06-25 09:39:45
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maoxiaoming

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by appleguop at 2010-06-13 10:36:20:
我用Materials Studio 做过动力学模拟

谢谢，我也准备用这个
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10楼2010-06-25 09:40:58
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