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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【求助】环糊精包合物的分子模拟
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maoxiaoming

铜虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】环糊精包合物的分子模拟已有13人参与

我前段时间做了一些环糊精包合物方面的研究，对包合物进行了一些表征，但所做的分析讨论太过浅显。
想试着做些分子模拟方面的探讨。但在分子模拟方面什么也不懂。
想请问一下：一般做包合物的分子模拟用什么软件比较好？
                    有没有相关的文献资料推荐？因为这方面的软件一点都不会。
                    对电脑的配置有些什么要求？
谢谢！谢谢！谢谢！

[ Last edited by maoxiaoming on 2010-6-10 at 13:18 ]
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1楼2010-06-10 13:17:22
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gzgzgz

铜虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+5):谢谢 2010-06-23 15:11:41
作为一个过来人，说两句话。
我也做实验和模拟。不知道你要做到什么程度，从时间上看，我建议你暂时不要去碰gromacs和namd，学习Material Studio/DS比较适合你，原因有二：
1）这两个专用于模拟，是计算专业户吃饭的家伙。需要一定时间掌握，对体系要有很好的了解，不是一切默认能搞定问题的。这两者都只是MD代码，对于标准立场未参数化的化合物一样无能为力，参数化一套东西，花个1年很正常，特别要是分子大一点。如果走这条路，你要准备至少2年空白时间（！！）。。。不知道你有没有
2）MS/DS是鼠标操作，比较傻。。。一般实验数据配套简单的电子结构，能级或者简单的MD,热力学量分析（这些现在版本的MS/DS都能做），足矣～
仅供参考
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4楼2010-06-23 14:05:56
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gzgzgz

铜虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-08-24 13:05:11
引用回帖:
Originally posted by maoxiaoming at 2010-06-25 09:38:06:

非常感谢你的回复，我也想用Material Studio做模拟，时间比较紧，我下学期就研三了，我只想模拟一下单体和环糊精的构像大小，以此分析他们的匹配程度，再用能量最小化分析他们的包合过程（估计得用分子动力学吧 ...

我不是做化学的，我也不知道环糊精，不能发表太多意见。简单的google说这是个低聚糖，糖的构象在溶液中据我所知是比较柔性的，和蛋白有很大不同，高氢键，低疏水性（力场拟合方式就和其它不同），要小心。不知道你需不需要在溶液环境里，如果要的话，那就需要好的力场，否则可能模拟出来什么都没有。如果用CHARMm的话，试试扩展的CSFF （http://people.cs.uct.ac.za/~mkuttel/downloads.html），不过不要抱期望，他们可能3年都没有更新了。其它我简单搜了一篇(http://www.sciencedirect.com/sci ... 2782e675c10bf24f02c，不知道有没有用。你向版内专家求助吧，Good luck

[ Last edited by gzgzgz on 2010-6-25 at 18:01 ]
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14楼2010-06-25 17:50:11
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