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maoxiaoming铜虫 (初入文坛)
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[交流]
【求助】环糊精包合物的分子模拟已有13人参与
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我前段时间做了一些环糊精包合物方面的研究，对包合物进行了一些表征，但所做的分析讨论太过浅显。 想试着做些分子模拟方面的探讨。但在分子模拟方面什么也不懂。 想请问一下：一般做包合物的分子模拟用什么软件比较好？ 有没有相关的文献资料推荐？因为这方面的软件一点都不会。 对电脑的配置有些什么要求？ 谢谢！谢谢！谢谢！ [ Last edited by maoxiaoming on 2010-6-10 at 13:18 ] |
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-08-24 13:05:11
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-08-24 13:05:11
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我不是做化学的，我也不知道环糊精，不能发表太多意见。简单的google说这是个低聚糖，糖的构象在溶液中据我所知是比较柔性的，和蛋白有很大不同，高氢键，低疏水性（力场拟合方式就和其它不同），要小心。不知道你需不需要在溶液环境里，如果要的话，那就需要好的力场，否则可能模拟出来什么都没有。如果用CHARMm的话，试试扩展的CSFF （http://people.cs.uct.ac.za/~mkuttel/downloads.html），不过不要抱期望，他们可能3年都没有更新了。其它我简单搜了一篇(http://www.sciencedirect.com/sci ... 2782e675c10bf24f02c，不知道有没有用。你向版内专家求助吧，Good luck [ Last edited by gzgzgz on 2010-6-25 at 18:01 ] |
14楼2010-06-25 17:50:11
2楼2010-06-13 10:36:20
3楼2010-06-13 12:36:31
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+5):谢谢 2010-06-23 15:11:41
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+5):谢谢 2010-06-23 15:11:41
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作为一个过来人，说两句话。 我也做实验和模拟。不知道你要做到什么程度，从时间上看，我建议你暂时不要去碰gromacs和namd，学习Material Studio/DS比较适合你，原因有二： 1）这两个专用于模拟，是计算专业户吃饭的家伙。需要一定时间掌握，对体系要有很好的了解，不是一切默认能搞定问题的。这两者都只是MD代码，对于标准立场未参数化的化合物一样无能为力，参数化一套东西，花个1年很正常，特别要是分子大一点。如果走这条路，你要准备至少2年空白时间（！！）。。。不知道你有没有 2）MS/DS是鼠标操作，比较傻。。。一般实验数据配套简单的电子结构，能级或者简单的MD,热力学量分析（这些现在版本的MS/DS都能做），足矣～ 仅供参考 |
4楼2010-06-23 14:05:56