应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【求助】环糊精包合物的分子模拟
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
301/3返回列表123下一页
查看: 3340  |  回复: 29
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

maoxiaoming

铜虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】环糊精包合物的分子模拟 已有13人参与

我前段时间做了一些环糊精包合物方面的研究，对包合物进行了一些表征，但所做的分析讨论太过浅显。
想试着做些分子模拟方面的探讨。但在分子模拟方面什么也不懂。
想请问一下：一般做包合物的分子模拟用什么软件比较好？
                    有没有相关的文献资料推荐？因为这方面的软件一点都不会。
                    对电脑的配置有些什么要求？
谢谢！谢谢！谢谢！

[ Last edited by maoxiaoming on 2010-6-10 at 13:18 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2010-06-10 13:17:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

fantastic

银虫 (著名写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
御剑江湖(金币+1): 谢谢 2011-04-15 14:56:04
环糊精的pdb文件在RCSB数据库中可以下载，alpha，beta和gamma的都有，你可以试试看！
赞一下(3人) 回复此楼
25楼2011-04-12 16:29:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

appleguop

新虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-06-13 12:47:59
我用Materials Studio 做过动力学模拟
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2010-06-13 10:36:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhangdagou5858

银虫 (小有名气)
★ ★ ★
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-06-13 12:48:07
要达到你的模拟要求，你可以把他当做配体受体结合复合物来模拟，关键在于找到合适的立场来定义你的复合物，至于具体的模拟软件有Ds，免费的有Gromacs和namd等都可以达到你的要求
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2010-06-13 12:36:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gzgzgz

铜虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+5):谢谢 2010-06-23 15:11:41
作为一个过来人，说两句话。
我也做实验和模拟。不知道你要做到什么程度，从时间上看，我建议你暂时不要去碰gromacs和namd，学习Material Studio/DS比较适合你，原因有二：
1）这两个专用于模拟，是计算专业户吃饭的家伙。需要一定时间掌握，对体系要有很好的了解，不是一切默认能搞定问题的。这两者都只是MD代码，对于标准立场未参数化的化合物一样无能为力，参数化一套东西，花个1年很正常，特别要是分子大一点。如果走这条路，你要准备至少2年空白时间（！！）。。。不知道你有没有
2）MS/DS是鼠标操作，比较傻。。。一般实验数据配套简单的电子结构，能级或者简单的MD,热力学量分析（这些现在版本的MS/DS都能做），足矣～
仅供参考
赞一下(2人) 回复此楼
4楼2010-06-23 14:05:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhongwenhui

禁言 (初入文坛)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+1):谢谢 2010-06-24 10:28:30
本帖内容被屏蔽
5楼2010-06-23 17:16:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

nh13

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+2):谢谢 2010-06-24 10:28:39
如果做分子动力学，力场的选择很重要，你可以试试Materails Explorer，论坛里有。
图形界面也不错，并且比MS和DS做动力学专业得多。

另外如果环糊精半径选得不太大的话是否QMMM方法也可以呢？
赞一下(2人) 回复此楼
6楼2010-06-23 23:22:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

maoxiaoming

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by zhangdagou5858 at 2010-06-13 12:36:31:
要达到你的模拟要求，你可以把他当做配体受体结合复合物来模拟，关键在于找到合适的立场来定义你的复合物，至于具体的模拟软件有Ds，免费的有Gromacs和namd等都可以达到你的要求

非常感谢你的回复，力场一般怎么选取啊？有什么电子版的资料么？我看了一两本分子模拟的书，但看的云里雾里，都是些模拟原理的书，不知道怎么用
赞一下 回复此楼
7楼2010-06-25 09:31:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

maoxiaoming

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by gzgzgz at 2010-06-23 14:05:56:
作为一个过来人，说两句话。
我也做实验和模拟。不知道你要做到什么程度，从时间上看，我建议你暂时不要去碰gromacs和namd，学习Material Studio/DS比较适合你，原因有二：
1）这两个专用于模拟，是计算专业户吃 ...

非常感谢你的回复，我也想用Material Studio做模拟，时间比较紧，我下学期就研三了，我只想模拟一下单体和环糊精的构像大小，以此分析他们的匹配程度，再用能量最小化分析他们的包合过程（估计得用分子动力学吧）。研究下他们形成包合物的构像，再与实验结合验证分析一下。这就是我想要做到的程度。
关于Material Studio软件有什么好的资料推荐吗？我得从头学起，从零开始
赞一下 回复此楼
8楼2010-06-25 09:38:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

maoxiaoming

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by zhongwenhui at 2010-06-23 17:16:22:
用MS做分子动力学，用gromacs立场做。

非常感谢你的回复，gromacs力场，我记住了。
赞一下 回复此楼
9楼2010-06-25 09:39:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

maoxiaoming

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by appleguop at 2010-06-13 10:36:20:
我用Materials Studio 做过动力学模拟

谢谢，我也准备用这个
赞一下 回复此楼
10楼2010-06-25 09:40:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 maoxiaoming 的主题更新
301/3返回列表123下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 085701环境工程求调剂 +11 多久上课 2026-03-27 12/600 2026-03-30 21:21 by 研究僧导导
[考研] 288资源与环境专硕求调剂，不限专业，有学上就行 +11 lllllos 2026-03-30 11/550 2026-03-30 21:19 by 研究僧导导
[考研] 学硕274求调剂 +10 Li李鱼 2026-03-26 10/500 2026-03-30 20:54 by dophin1985
[考研] 材料科学与工程求调剂 +7 深V宿舍吧 2026-03-29 7/350 2026-03-30 20:43 by dophin1985
[考研] 085600 295分求调剂 +7 W55j 2026-03-30 9/450 2026-03-30 20:36 by dick_runner
[考研] 一志愿南昌大学324求调剂 +9 hanamiko 2026-03-27 9/450 2026-03-30 20:10 by 无际的草原
[考研] 289求调剂 +16 新时代材料 2026-03-27 16/800 2026-03-30 19:04 by Wang200018
[考研] 求调剂 +10 家佳佳佳佳佳 2026-03-29 10/500 2026-03-30 18:34 by 544594351
[考研] 328求调剂 +8 嗯滴的基本都 2026-03-27 8/400 2026-03-30 17:20 by Wang200018
[考研] 317分 一志愿南理工材料工程 本科湖工大 求调剂 +12 芋泥小铃铛 2026-03-28 12/600 2026-03-30 17:06 by wangjy2002
[考研] 291求调剂 +8 HanBeiNingZC 2026-03-24 8/400 2026-03-30 17:01 by 无际的草原
[考研] 329求调剂，一志愿西北工业大学，材料工程（085601） +5 小小机灵虫 2026-03-29 11/550 2026-03-30 15:02 by Wang200018
[考研] 348求调剂 +6 小懒虫不懒了 2026-03-28 6/300 2026-03-30 10:29 by Evan_Liu
[考研] 一志愿南航 335分 | 0856 | GPA 4.07 | 有科研经历 +8 cccchenso 2026-03-29 8/400 2026-03-29 23:53 by 我是小康
[考研] 085600，材料与化工321分求调剂 +10 大馋小子 2026-03-28 10/500 2026-03-29 23:35 by 飞行日记西
[考研] 304求调剂 +6 曼殊2266 2026-03-27 6/300 2026-03-28 14:10 by 唐沐儿
[考研] 285求调剂 +4 AZMK 2026-03-27 7/350 2026-03-27 20:59 by AZMK
[考研] 总分322求生物学/生化与分子/生物信息学相关调剂 +5 星沉uu 2026-03-26 6/300 2026-03-26 19:02 by macy2011
[考研] 一志愿 南京邮电大学 288分 材料考研 求调剂 +3 jl0720 2026-03-26 3/150 2026-03-26 13:39 by zzll406
[考研] 求调剂 +3 李李不服输 2026-03-25 3/150 2026-03-25 13:03 by cmz0325
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭