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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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hphp_2633819

新虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】无法生成环糊精的psf文件 已有2人参与

我从ccdc上分别索取了环糊精包合物的主客体分子,使用gaussview合并画成了一个pdb文件,但这个文件却无法转化为psf文件,请教这个vmd自带的autopsf是不是只能转化蛋白质或者核酸的psf文件呢?如果是的话,这个体系的psf文件又如何得到?
错误:

ERROR: failed on end of segment
MOLECULE DESTROYED BY FATAL ERROR!  Use resetpsf to start over.
ERROR: failed on end of segment
MOLECULE DESTROYED BY FATAL ERROR!  Use resetpsf to start over.
    while executing
"segment $segid {
      pdb $segfile
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hphp_2633819

新虫 (初入文坛)

自己先顶一下,期待有人关注一下
2楼2010-12-23 11:44:51
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hphp_2633819

新虫 (初入文坛)

我也试了手动编写pgn文件转化的方法,但也不成
报错
too many arguments specified
MOLECULE DESTROYED BY FATAL ERROR!  Use resetpsf to start over.
貌似错误原因是类似的
3楼2010-12-23 17:31:38
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hphp_2633819

新虫 (初入文坛)

知道了,是pdb格式不对,这个pdb是我用ds直接从cif转化的,手动按照教程一个一个改原子应该就没什么问题了
4楼2010-12-23 21:23:06
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wally8962

木虫 (著名写手)

★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+3):谢谢 2010-12-25 23:01:32
能处理什么分子不取决于psfgen,而取决于你用的top文件。
去看看top里有你需要的分子没有
如果你自己写top,可以处理任何分子
5楼2010-12-24 10:19:44
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