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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】无法生成环糊精的psf文件
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hphp_2633819

新虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】无法生成环糊精的psf文件 已有2人参与

我从ccdc上分别索取了环糊精包合物的主客体分子，使用gaussview合并画成了一个pdb文件，但这个文件却无法转化为psf文件，请教这个vmd自带的autopsf是不是只能转化蛋白质或者核酸的psf文件呢？如果是的话，这个体系的psf文件又如何得到？
错误：

ERROR: failed on end of segment
MOLECULE DESTROYED BY FATAL ERROR!  Use resetpsf to start over.
ERROR: failed on end of segment
MOLECULE DESTROYED BY FATAL ERROR!  Use resetpsf to start over.
    while executing
"segment $segid {
      pdb $segfile
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1楼 2010-12-23 11:44:07
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wally8962

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+3):谢谢 2010-12-25 23:01:32
能处理什么分子不取决于psfgen，而取决于你用的top文件。
去看看top里有你需要的分子没有
如果你自己写top，可以处理任何分子
赞一下(2人) 回复此楼
5楼2010-12-24 10:19:44
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hphp_2633819

新虫 (初入文坛)
自己先顶一下，期待有人关注一下
赞一下 回复此楼
2楼2010-12-23 11:44:51
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hphp_2633819

新虫 (初入文坛)
我也试了手动编写pgn文件转化的方法，但也不成
报错
too many arguments specified
MOLECULE DESTROYED BY FATAL ERROR!  Use resetpsf to start over.
貌似错误原因是类似的
赞一下 回复此楼
3楼2010-12-23 17:31:38
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hphp_2633819

新虫 (初入文坛)
知道了，是pdb格式不对，这个pdb是我用ds直接从cif转化的，手动按照教程一个一个改原子应该就没什么问题了
赞一下 回复此楼
4楼2010-12-23 21:23:06
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