应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】无法生成环糊精的psf文件
51/1返回列表
查看: 1604  |  回复: 4
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

hphp_2633819

新虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】无法生成环糊精的psf文件 已有2人参与

我从ccdc上分别索取了环糊精包合物的主客体分子，使用gaussview合并画成了一个pdb文件，但这个文件却无法转化为psf文件，请教这个vmd自带的autopsf是不是只能转化蛋白质或者核酸的psf文件呢？如果是的话，这个体系的psf文件又如何得到？
错误：

ERROR: failed on end of segment
MOLECULE DESTROYED BY FATAL ERROR!  Use resetpsf to start over.
ERROR: failed on end of segment
MOLECULE DESTROYED BY FATAL ERROR!  Use resetpsf to start over.
    while executing
"segment $segid {
      pdb $segfile
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2010-12-23 11:44:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hphp_2633819

新虫 (初入文坛)
自己先顶一下，期待有人关注一下
赞一下 回复此楼
2楼2010-12-23 11:44:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hphp_2633819

新虫 (初入文坛)
我也试了手动编写pgn文件转化的方法，但也不成
报错
too many arguments specified
MOLECULE DESTROYED BY FATAL ERROR!  Use resetpsf to start over.
貌似错误原因是类似的
赞一下 回复此楼
3楼2010-12-23 17:31:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hphp_2633819

新虫 (初入文坛)
知道了，是pdb格式不对，这个pdb是我用ds直接从cif转化的，手动按照教程一个一个改原子应该就没什么问题了
赞一下 回复此楼
4楼2010-12-23 21:23:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wally8962

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+3):谢谢 2010-12-25 23:01:32
能处理什么分子不取决于psfgen，而取决于你用的top文件。
去看看top里有你需要的分子没有
如果你自己写top，可以处理任何分子
赞一下(2人) 回复此楼
5楼2010-12-24 10:19:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 hphp_2633819 的主题更新
51/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 TZqyNTBa07NP 2026-11-13 3/150 2026-11-15 11:58 by xSrQNSSjcgoX
[公派出国] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 SX5mJmPWDfOO 2026-11-13 3/150 2026-11-15 08:29 by xSrQNSSjcgoX
[硕博家园] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 SX5mJmPWDfOO 2026-11-13 4/200 2026-11-15 07:34 by xSrQNSSjcgoX
[考博] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 XJXMuRjD7cK7 2026-11-13 3/150 2026-11-15 07:23 by xSrQNSSjcgoX
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 uKOSCocCb6Fm 2026-11-12 8/400 2026-11-15 02:26 by xSrQNSSjcgoX
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 1Nb0IVlmV6v0 2026-11-11 4/200 2026-11-13 11:18 by Equinoxhua
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 gRND4NVAZ8VG 2026-11-11 5/250 2026-11-13 11:15 by Equinoxhua
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +5 C6CRn66RYYXS 2026-11-10 6/300 2026-11-13 11:04 by Equinoxhua
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +6 czAiolzR0IJC 2026-11-10 6/300 2026-11-12 16:55 by zzy933268
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 TgvkbZZl9tqB 2026-11-11 4/200 2026-11-12 12:51 by ECLTXnJnRSXf
[考博] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4 cdqGD6ftHmbl 2026-11-11 5/250 2026-11-12 12:28 by ECLTXnJnRSXf
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 G2rhSvqvhNzl 2026-11-10 7/350 2026-11-12 10:49 by HajghKOMynmz
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 G2rhSvqvhNzl 2026-11-10 6/300 2026-11-12 10:38 by HajghKOMynmz
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +4 G2rhSvqvhNzl 2026-11-10 6/300 2026-11-12 10:36 by HajghKOMynmz
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +5 C6CRn66RYYXS 2026-11-10 7/350 2026-11-12 10:16 by HajghKOMynmz
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +6 FChKX8meu1ds 2026-11-09 8/400 2026-11-12 09:41 by HajghKOMynmz
[基金申请] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +6 zSbvVX9JFl9J 2026-11-09 9/450 2026-11-12 09:21 by HajghKOMynmz
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 TgvkbZZl9tqB 2026-11-11 4/200 2026-11-12 08:15 by HajghKOMynmz
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 czAiolzR0IJC 2026-11-10 5/250 2026-11-12 06:25 by 9fOTqj074tIg
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +4 cqv1zKnzd7hr 2026-11-09 8/400 2026-11-12 05:08 by 9fOTqj074tIg
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭