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77585218358

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】如何生成聚乙烯的psf文件

刚刚接触VMD,想请教一下如何生成聚乙烯的psf文件,我用里面自动生成的工具不行。请教各位如何解决?

如何生成烷烃分子的psf文件,请高手指教。

[ Last edited by 77585218358 on 2010-11-17 at 23:35 ]
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77585218358

金虫 (正式写手)

有没有做过这方面的兄弟啊?
2楼2010-11-17 23:36:51
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liqingwen

木虫 (正式写手)

独行者

★ ★ ★
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-11-19 12:55:38
77585218358(金币+3): 2010-11-20 16:27:08
要生成psf文件,你首先得有pdb和top文件,pdb可能你有了,但是top文件如果NAMD里面没有,就需要你自己做了。
此外,想问一下:你的聚乙烯的pdb是如何得到的啊?还有你如何保证链的柔顺性等?用的是全原子模型吗?
没有雨伞的孩子只能奔跑!
3楼2010-11-19 09:17:17
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77585218358

金虫 (正式写手)

★ ★
zh1987hs(金币+2):鼓励交流 2010-11-20 16:33:58
引用回帖:
Originally posted by liqingwen at 2010-11-19 09:17:17:
要生成psf文件,你首先得有pdb和top文件,pdb可能你有了,但是top文件如果NAMD里面没有,就需要你自己做了。
此外,想问一下:你的聚乙烯的pdb是如何得到的啊?还有你如何保证链的柔顺性等?用的是全原子模型吗?

是全原子模型,我的pdb文件是通过MS优化后建的。
4楼2010-11-20 16:26:36
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hooge

木虫 (正式写手)

讨论继续中,为什么一个模型要这么多文件呢。
世界是分为你和他人两个方面的!
5楼2010-11-21 14:36:13
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memgr

铜虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by 77585218358 at 2010-11-20 16:26:36:
是全原子模型,我的pdb文件是通过MS优化后建的。

我做的是聚丙烯酰胺,所以想弱弱的问一下,是怎么用ms优化后建的,没看明白聚合度是多少,如果我想优化聚合度为40可以吗
6楼2011-03-08 14:29:31
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liqingwen

木虫 (正式写手)

独行者


zh1987hs(金币+1): 谢谢 2011-03-16 22:35:15
引用回帖:
Originally posted by memgr at 2011-03-08 14:29:31:
我做的是聚丙烯酰胺,所以想弱弱的问一下,是怎么用ms优化后建的,没看明白聚合度是多少,如果我想优化聚合度为40可以吗

其实我觉得只要用MS得到了pdb,可以不优化,直接在NAMD里面或者其他模拟软件里面优化吧....
没有雨伞的孩子只能奔跑!
7楼2011-03-15 19:05:37
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memgr

铜虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by liqingwen at 2011-03-15 19:05:37:
其实我觉得只要用MS得到了pdb,可以不优化,直接在NAMD里面或者其他模拟软件里面优化吧....

我还想问一下 那聚合物的itp怎么得到呢?查文献还是用其他办法生成的比如用prodrg生成的?谢谢指导
8楼2011-03-16 16:55:54
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superdirac

木虫 (正式写手)

★ ★
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-03-23 12:45:11
自己手动 写好top文件。

然后用vmd里的psfgen,把pdb和top读入,它会自动生成psf的。
我认为,酒一口一口喝,路一步一步走~步子迈大了,喀~容易扯着蛋
9楼2011-03-23 10:31:11
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superdirac

木虫 (正式写手)

自己手动 写好top文件。

然后用vmd里的psfgen,把pdb和top读入,它会自动生成psf的。
我认为,酒一口一口喝,路一步一步走~步子迈大了,喀~容易扯着蛋
10楼2011-03-23 10:31:24
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