应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】如何生成聚乙烯的psf文件
121/2返回列表12下一页
查看: 2360  |  回复: 11
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

77585218358

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】如何生成聚乙烯的psf文件

刚刚接触VMD，想请教一下如何生成聚乙烯的psf文件，我用里面自动生成的工具不行。请教各位如何解决？

如何生成烷烃分子的psf文件，请高手指教。

[ Last edited by 77585218358 on 2010-11-17 at 23:35 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2010-06-24 21:56:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

77585218358

金虫 (正式写手)
有没有做过这方面的兄弟啊？
赞一下 回复此楼
2楼2010-11-17 23:36:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liqingwen

木虫 (正式写手)

独行者
★ ★ ★
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-11-19 12:55:38
77585218358(金币+3): 2010-11-20 16:27:08
要生成psf文件，你首先得有pdb和top文件，pdb可能你有了，但是top文件如果NAMD里面没有，就需要你自己做了。
此外，想问一下：你的聚乙烯的pdb是如何得到的啊？还有你如何保证链的柔顺性等？用的是全原子模型吗？
赞一下(1人) 回复此楼
没有雨伞的孩子只能奔跑！
3楼2010-11-19 09:17:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

77585218358

金虫 (正式写手)
★ ★
zh1987hs(金币+2):鼓励交流 2010-11-20 16:33:58
引用回帖:
Originally posted by liqingwen at 2010-11-19 09:17:17:
要生成psf文件，你首先得有pdb和top文件，pdb可能你有了，但是top文件如果NAMD里面没有，就需要你自己做了。
此外，想问一下：你的聚乙烯的pdb是如何得到的啊？还有你如何保证链的柔顺性等？用的是全原子模型吗？

是全原子模型，我的pdb文件是通过MS优化后建的。
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2010-11-20 16:26:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hooge

木虫 (正式写手)
讨论继续中，为什么一个模型要这么多文件呢。
赞一下 回复此楼
世界是分为你和他人两个方面的！
5楼2010-11-21 14:36:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

memgr

铜虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by 77585218358 at 2010-11-20 16:26:36:
是全原子模型，我的pdb文件是通过MS优化后建的。

我做的是聚丙烯酰胺，所以想弱弱的问一下，是怎么用ms优化后建的，没看明白聚合度是多少，如果我想优化聚合度为40可以吗
赞一下 回复此楼
6楼2011-03-08 14:29:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liqingwen

木虫 (正式写手)

独行者
★
zh1987hs(金币+1): 谢谢 2011-03-16 22:35:15
引用回帖:
Originally posted by memgr at 2011-03-08 14:29:31:
我做的是聚丙烯酰胺，所以想弱弱的问一下，是怎么用ms优化后建的，没看明白聚合度是多少，如果我想优化聚合度为40可以吗

其实我觉得只要用MS得到了pdb，可以不优化，直接在NAMD里面或者其他模拟软件里面优化吧....
赞一下(1人) 回复此楼
没有雨伞的孩子只能奔跑！
7楼2011-03-15 19:05:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

memgr

铜虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by liqingwen at 2011-03-15 19:05:37:
其实我觉得只要用MS得到了pdb，可以不优化，直接在NAMD里面或者其他模拟软件里面优化吧....

我还想问一下 那聚合物的itp怎么得到呢？查文献还是用其他办法生成的比如用prodrg生成的？谢谢指导
赞一下 回复此楼
8楼2011-03-16 16:55:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

superdirac

木虫 (正式写手)
★ ★
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-03-23 12:45:11
自己手动 写好top文件。

然后用vmd里的psfgen，把pdb和top读入，它会自动生成psf的。
赞一下(1人) 回复此楼
我认为，酒一口一口喝，路一步一步走~步子迈大了，喀~容易扯着蛋
9楼2011-03-23 10:31:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

superdirac

木虫 (正式写手)
自己手动 写好top文件。

然后用vmd里的psfgen，把pdb和top读入，它会自动生成psf的。
赞一下 回复此楼
我认为，酒一口一口喝，路一步一步走~步子迈大了，喀~容易扯着蛋
10楼2011-03-23 10:31:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 77585218358 的主题更新
121/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] filecode=后面第一个是大写字母 +8 wangze12014 2026-08-14 10/500 2026-08-17 17:05 by xter9665
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 i7NFEVbjQMM5 2026-08-16 5/250 2026-08-17 16:38 by CBFiACZS7HAK
[基金申请] 欢迎发来filecode的Mz6后的代码验证其规律 +34 医学老男孩 2026-08-13 81/4050 2026-08-17 16:20 by yudaoqian88
[博后之家] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +4 6GojgJvkDudM 2026-08-16 7/350 2026-08-17 16:14 by CBFiACZS7HAK
[基金申请] 感觉是下周放榜了 +4 angus9576 2026-08-17 7/350 2026-08-17 16:11 by Vivilian
[基金申请] 时间戳变了，能看出什么问题？ +4 基诺咪客 2026-08-17 4/200 2026-08-17 16:10 by Vivilian
[考博] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 6GojgJvkDudM 2026-08-16 4/200 2026-08-17 13:49 by EYK67XJMj64E
[基金申请] 今天系统多次维护，明天很可能放榜！ +8 zju2000 2026-08-16 9/450 2026-08-17 12:20 by lmz0216
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 6GojgJvkDudM 2026-08-16 4/200 2026-08-17 11:46 by 4GBAYCdVQoK3
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 6GojgJvkDudM 2026-08-16 3/150 2026-08-17 09:49 by xLVPIRuSvCUe
[论文投稿] 岩土工程学报什么时候才能终审完呐 25+3 yeager111 2026-08-10 4/200 2026-08-16 20:42 by tfang
[基金申请] 2027广东省杰青 +3 奶牛小黑 2026-08-15 6/300 2026-08-16 20:07 by 奶牛小黑
[基金申请] 快农历七夕节了，轻松一下，男人悄悄话，女施主请不要进来。 +3 Tide man 2026-08-14 3/150 2026-08-16 17:47 by jurkat.1640
[基金申请] 咱们一起用铁证分析2026国家社科基金中标与否 +7 启萌科技 2026-08-12 26/1300 2026-08-16 12:35 by 启萌科技
[精细化工] 招聘 金属平磨液，抛光液研发工程师 +3 小天0311 2026-08-14 3/150 2026-08-16 07:31 by H9PLUS
[硕博家园] 读博的好处 +4 lnee 2026-08-11 4/200 2026-08-14 10:20 by ahsoarli
[基金申请] 重要来源：本周末出结果 +10 瞬息宇宙 2026-08-12 10/500 2026-08-13 15:46 by likettle
[基金申请] Filecode 又变了，巨变 +3 WH3796 2026-08-12 4/200 2026-08-13 14:13 by 小木虫6752397
[基金申请] 结合人工智能，周易传统文化，filecode打分制来了，3分以上希望很大。 +3 Tide man 2026-08-12 4/200 2026-08-13 08:35 by ZJTJZ
[基金申请] 2019年青年基金涵评意见，大家看看几个A，几个B? +11 Tide man 2026-08-11 11/550 2026-08-13 07:35 by 撸猫猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭