24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
查看: 2132  |  回复: 11
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

77585218358

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】如何生成聚乙烯的psf文件

刚刚接触VMD,想请教一下如何生成聚乙烯的psf文件,我用里面自动生成的工具不行。请教各位如何解决?

如何生成烷烃分子的psf文件,请高手指教。

[ Last edited by 77585218358 on 2010-11-17 at 23:35 ]
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

memgr

铜虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by liqingwen at 2011-03-15 19:05:37:
其实我觉得只要用MS得到了pdb,可以不优化,直接在NAMD里面或者其他模拟软件里面优化吧....

我还想问一下 那聚合物的itp怎么得到呢?查文献还是用其他办法生成的比如用prodrg生成的?谢谢指导
8楼2011-03-16 16:55:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 12 个回答

77585218358

金虫 (正式写手)

有没有做过这方面的兄弟啊?
2楼2010-11-17 23:36:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liqingwen

木虫 (正式写手)

独行者

★ ★ ★
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-11-19 12:55:38
77585218358(金币+3): 2010-11-20 16:27:08
要生成psf文件,你首先得有pdb和top文件,pdb可能你有了,但是top文件如果NAMD里面没有,就需要你自己做了。
此外,想问一下:你的聚乙烯的pdb是如何得到的啊?还有你如何保证链的柔顺性等?用的是全原子模型吗?
没有雨伞的孩子只能奔跑!
3楼2010-11-19 09:17:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

77585218358

金虫 (正式写手)

★ ★
zh1987hs(金币+2):鼓励交流 2010-11-20 16:33:58
引用回帖:
Originally posted by liqingwen at 2010-11-19 09:17:17:
要生成psf文件,你首先得有pdb和top文件,pdb可能你有了,但是top文件如果NAMD里面没有,就需要你自己做了。
此外,想问一下:你的聚乙烯的pdb是如何得到的啊?还有你如何保证链的柔顺性等?用的是全原子模型吗?

是全原子模型,我的pdb文件是通过MS优化后建的。
4楼2010-11-20 16:26:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 求调剂 +17 MAX怅惘 2026-04-09 19/950 2026-04-11 18:43 by wutongshun
[考研] 求调剂,一志愿材料科学与工程985,365分, +3 材化李可 2026-04-11 5/250 2026-04-11 18:13 by 材化李可
[考研] 085410 273分调剂 +4 X1999 2026-04-09 4/200 2026-04-11 13:05 by pies112
[考研] 298求调剂 +5 残荷新柳 2026-04-07 5/250 2026-04-11 11:02 by 紫曦紫棋
[考研] 267求调剂 +6 再忙也要吃饭啊 2026-04-09 6/300 2026-04-11 10:52 by zhq0425
[考研] 283求调剂,工科! +12 苏打水7777 2026-04-08 12/600 2026-04-11 10:28 by 逆水乘风
[考研] 085402通信工程调剂,有4项学科竞赛国奖(电赛国二),硕士研究生调剂自荐信。 +5 m永o不v言o弃m 2026-04-09 5/250 2026-04-11 09:33 by zhq0425
[考研] 电子信息279求调剂,有书读就行 +5 wwwooden 2026-04-08 8/400 2026-04-11 09:30 by zhq0425
[考研] 一志愿211,化学学硕,310分,本科重点双非,求调剂 +17 努力奋斗112 2026-04-06 20/1000 2026-04-11 00:31 by wangjihu
[找工作] 山东高校教师考核超级无底线,员工过不下去啦 +3 qut2026 2026-04-09 5/250 2026-04-10 22:52 by qut2026
[考研] 085404 298分求调剂 +10 呼啦呼啦呼呼呼 2026-04-10 11/550 2026-04-10 16:44 by wangy0907
[考研] 282,电气工程专业,求调剂,不挑专业 +9 jggshjkkm 2026-04-10 9/450 2026-04-10 14:55 by 逆水乘风
[考研] 求调剂 +11 翩翩一书生 2026-04-09 13/650 2026-04-10 10:27 by liuhuiying09
[考研] 085404,334分,求调剂 +5 sunjie8888 2026-04-08 8/400 2026-04-09 07:26 by sunjie8888
[考研] 土木水利专硕276分求调剂 +6 我想上学!!6 2026-04-05 9/450 2026-04-08 17:45 by 宋小宝HQ
[考研] 调剂求助(生物与医药) +6 @6952 2026-04-06 6/300 2026-04-07 23:52 by lys0704
[考研] 305求调剂 +4 77Qi 2026-04-06 4/200 2026-04-07 20:06 by shanqishi
[考研] 325 调剂 +6 QQ小虾 2026-04-07 6/300 2026-04-07 15:17 by Ccclqqq
[考研] 327考研调剂推荐 +6 呜呜呜呜呢 2026-04-06 6/300 2026-04-06 21:39 by 啵啵啵0119
[考研] 22408 331分求调剂 +4 y__1 2026-04-06 4/200 2026-04-06 17:26 by 土木硕士招生
信息提示
请填处理意见