24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
查看: 2130  |  回复: 11
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

77585218358

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】如何生成聚乙烯的psf文件

刚刚接触VMD,想请教一下如何生成聚乙烯的psf文件,我用里面自动生成的工具不行。请教各位如何解决?

如何生成烷烃分子的psf文件,请高手指教。

[ Last edited by 77585218358 on 2010-11-17 at 23:35 ]
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

77585218358

金虫 (正式写手)

★ ★
zh1987hs(金币+2):鼓励交流 2010-11-20 16:33:58
引用回帖:
Originally posted by liqingwen at 2010-11-19 09:17:17:
要生成psf文件,你首先得有pdb和top文件,pdb可能你有了,但是top文件如果NAMD里面没有,就需要你自己做了。
此外,想问一下:你的聚乙烯的pdb是如何得到的啊?还有你如何保证链的柔顺性等?用的是全原子模型吗?

是全原子模型,我的pdb文件是通过MS优化后建的。
4楼2010-11-20 16:26:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 12 个回答

77585218358

金虫 (正式写手)

有没有做过这方面的兄弟啊?
2楼2010-11-17 23:36:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liqingwen

木虫 (正式写手)

独行者

★ ★ ★
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-11-19 12:55:38
77585218358(金币+3): 2010-11-20 16:27:08
要生成psf文件,你首先得有pdb和top文件,pdb可能你有了,但是top文件如果NAMD里面没有,就需要你自己做了。
此外,想问一下:你的聚乙烯的pdb是如何得到的啊?还有你如何保证链的柔顺性等?用的是全原子模型吗?
没有雨伞的孩子只能奔跑!
3楼2010-11-19 09:17:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hooge

木虫 (正式写手)

讨论继续中,为什么一个模型要这么多文件呢。
世界是分为你和他人两个方面的!
5楼2010-11-21 14:36:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 271求调剂 +10 2261744733 2026-04-11 11/550 2026-04-11 18:29 by 逆水乘风
[考研] 085410 273求调剂 +5 X1999 2026-04-09 5/250 2026-04-11 17:53 by wj165256
[考研] 280求调剂 +6 兮兮夜夜 2026-04-09 9/450 2026-04-11 12:16 by zhq0425
[考研] 一志愿郑州大学 22408 305分求调剂 +4 安小满zzz 2026-04-08 4/200 2026-04-11 11:52 by zhq0425
[考研] 一志愿哈工大 085600 277 12材科基求调剂 5+5 chenny174 2026-04-10 23/1150 2026-04-11 10:43 by Delta2012
[考研] 296求调剂 +7 汪!?! 2026-04-09 7/350 2026-04-11 10:41 by zhq0425
[考研] 298求调剂 +9 钉叮咚冬瓜 2026-04-07 11/550 2026-04-11 09:35 by zhq0425
[考研] 22408调剂求助 +7 毂12 2026-04-09 9/450 2026-04-11 09:23 by 哦哦123
[考研] 085506-求调剂-285分 +3 雷欧飞踢 2026-04-08 3/150 2026-04-11 08:37 by zhq0425
[考研] 083200 305分 求二轮调剂 不接受跨专业 +9 Claireyyyy 2026-04-09 10/500 2026-04-10 21:21 by Claireyyyy
[考研] 一志愿中南大学物理学,英一66,求调剂 +4 长烟旖旎 2026-04-08 5/250 2026-04-10 10:31 by 颖果儿
[考研] 284求调剂 +7 让我上岸吧阿西 2026-04-09 7/350 2026-04-09 18:59 by haironglove
[考研] 085404,334分,求调剂 +5 sunjie8888 2026-04-08 8/400 2026-04-09 07:26 by sunjie8888
[考研] 一志愿吉大化学327求调剂 +12 王王白石 2026-04-06 13/650 2026-04-08 16:05 by luoyongfeng
[考研] 315求调剂 +17 欣喜777 2026-04-04 18/900 2026-04-08 13:54 by hangsimei
[考研] 263分B区求调剂 +6 李nihao 2026-04-08 6/300 2026-04-08 09:38 by 南开小綦
[考研] 生物工程求调剂 +13 喜欢还是不甘心 2026-04-05 13/650 2026-04-07 16:55 by Ecowxq666!
[考研] 复试调剂 +14 呼呼?~+123456 2026-04-05 14/700 2026-04-06 22:50 by chenzhimin
[考研] 一志愿河北工业大学材料工程,初试344求专硕调剂 +6 15933906766 2026-04-05 6/300 2026-04-06 13:21 by 无际的草原
[考研] 346分的生物与医药08600求调剂 +6 常雨阳上岸 2026-04-05 7/350 2026-04-06 12:36 by lys0704
信息提示
请填处理意见