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77585218358

金虫 (正式写手)

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[交流] 【求助】如何生成聚乙烯的psf文件

刚刚接触VMD，想请教一下如何生成聚乙烯的psf文件，我用里面自动生成的工具不行。请教各位如何解决？

如何生成烷烃分子的psf文件，请高手指教。

[ Last edited by 77585218358 on 2010-11-17 at 23:35 ]

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1楼2010-06-24 21:56:06

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zh1987hs(金币+2):鼓励交流 2010-11-20 16:33:58

引用回帖:

Originally posted by liqingwen at 2010-11-19 09:17:17:
要生成psf文件，你首先得有pdb和top文件，pdb可能你有了，但是top文件如果NAMD里面没有，就需要你自己做了。
此外，想问一下：你的聚乙烯的pdb是如何得到的啊？还有你如何保证链的柔顺性等？用的是全原子模型吗？

是全原子模型，我的pdb文件是通过MS优化后建的。