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金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】如何生成聚乙烯的psf文件

刚刚接触VMD，想请教一下如何生成聚乙烯的psf文件，我用里面自动生成的工具不行。请教各位如何解决？

如何生成烷烃分子的psf文件，请高手指教。

[ Last edited by 77585218358 on 2010-11-17 at 23:35 ]

1楼 2010-06-24 21:56:06

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木虫 (正式写手)

独行者

★ ★ ★
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-11-19 12:55:38
77585218358(金币+3): 2010-11-20 16:27:08

要生成psf文件，你首先得有pdb和top文件，pdb可能你有了，但是top文件如果NAMD里面没有，就需要你自己做了。
此外，想问一下：你的聚乙烯的pdb是如何得到的啊？还有你如何保证链的柔顺性等？用的是全原子模型吗？

没有雨伞的孩子只能奔跑！

3楼2010-11-19 09:17:17

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木虫 (正式写手)

独行者

★
zh1987hs(金币+1): 谢谢 2011-03-16 22:35:15

引用回帖:

Originally posted by memgr at 2011-03-08 14:29:31:
我做的是聚丙烯酰胺，所以想弱弱的问一下，是怎么用ms优化后建的，没看明白聚合度是多少，如果我想优化聚合度为40可以吗

其实我觉得只要用MS得到了pdb，可以不优化，直接在NAMD里面或者其他模拟软件里面优化吧....

没有雨伞的孩子只能奔跑！

7楼2011-03-15 19:05:37

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