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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】如何生成聚乙烯的psf文件
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77585218358

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】如何生成聚乙烯的psf文件

刚刚接触VMD，想请教一下如何生成聚乙烯的psf文件，我用里面自动生成的工具不行。请教各位如何解决？

如何生成烷烃分子的psf文件，请高手指教。

[ Last edited by 77585218358 on 2010-11-17 at 23:35 ]
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1楼 2010-06-24 21:56:06
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77585218358

金虫 (正式写手)
有没有做过这方面的兄弟啊？
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2楼2010-11-17 23:36:51
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liqingwen

木虫 (正式写手)

独行者
★ ★ ★
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-11-19 12:55:38
77585218358(金币+3): 2010-11-20 16:27:08
要生成psf文件，你首先得有pdb和top文件，pdb可能你有了，但是top文件如果NAMD里面没有，就需要你自己做了。
此外，想问一下：你的聚乙烯的pdb是如何得到的啊？还有你如何保证链的柔顺性等？用的是全原子模型吗？
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没有雨伞的孩子只能奔跑！
3楼2010-11-19 09:17:17
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77585218358

金虫 (正式写手)
★ ★
zh1987hs(金币+2):鼓励交流 2010-11-20 16:33:58
引用回帖:
Originally posted by liqingwen at 2010-11-19 09:17:17:
要生成psf文件，你首先得有pdb和top文件，pdb可能你有了，但是top文件如果NAMD里面没有，就需要你自己做了。
此外，想问一下：你的聚乙烯的pdb是如何得到的啊？还有你如何保证链的柔顺性等？用的是全原子模型吗？

是全原子模型，我的pdb文件是通过MS优化后建的。
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4楼2010-11-20 16:26:36
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hooge

木虫 (正式写手)
讨论继续中，为什么一个模型要这么多文件呢。
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世界是分为你和他人两个方面的！
5楼2010-11-21 14:36:13
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memgr

铜虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by 77585218358 at 2010-11-20 16:26:36:
是全原子模型，我的pdb文件是通过MS优化后建的。

我做的是聚丙烯酰胺，所以想弱弱的问一下，是怎么用ms优化后建的，没看明白聚合度是多少，如果我想优化聚合度为40可以吗
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6楼2011-03-08 14:29:31
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liqingwen

木虫 (正式写手)

独行者
★
zh1987hs(金币+1): 谢谢 2011-03-16 22:35:15
引用回帖:
Originally posted by memgr at 2011-03-08 14:29:31:
我做的是聚丙烯酰胺，所以想弱弱的问一下，是怎么用ms优化后建的，没看明白聚合度是多少，如果我想优化聚合度为40可以吗

其实我觉得只要用MS得到了pdb，可以不优化，直接在NAMD里面或者其他模拟软件里面优化吧....
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没有雨伞的孩子只能奔跑！
7楼2011-03-15 19:05:37
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memgr

铜虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by liqingwen at 2011-03-15 19:05:37:
其实我觉得只要用MS得到了pdb，可以不优化，直接在NAMD里面或者其他模拟软件里面优化吧....

我还想问一下 那聚合物的itp怎么得到呢？查文献还是用其他办法生成的比如用prodrg生成的？谢谢指导
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8楼2011-03-16 16:55:54
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superdirac

木虫 (正式写手)
★ ★
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-03-23 12:45:11
自己手动 写好top文件。

然后用vmd里的psfgen，把pdb和top读入，它会自动生成psf的。
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我认为，酒一口一口喝，路一步一步走~步子迈大了，喀~容易扯着蛋
9楼2011-03-23 10:31:11
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superdirac

木虫 (正式写手)
自己手动 写好top文件。

然后用vmd里的psfgen，把pdb和top读入，它会自动生成psf的。
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我认为，酒一口一口喝，路一步一步走~步子迈大了，喀~容易扯着蛋
10楼2011-03-23 10:31:24
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