24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
汕头大学海洋科学接受调剂
查看: 2141  |  回复: 11
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

77585218358

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】如何生成聚乙烯的psf文件

刚刚接触VMD,想请教一下如何生成聚乙烯的psf文件,我用里面自动生成的工具不行。请教各位如何解决?

如何生成烷烃分子的psf文件,请高手指教。

[ Last edited by 77585218358 on 2010-11-17 at 23:35 ]
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

superdirac

木虫 (正式写手)

自己手动 写好top文件。

然后用vmd里的psfgen,把pdb和top读入,它会自动生成psf的。
我认为,酒一口一口喝,路一步一步走~步子迈大了,喀~容易扯着蛋
10楼2011-03-23 10:31:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 12 个回答

77585218358

金虫 (正式写手)

有没有做过这方面的兄弟啊?
2楼2010-11-17 23:36:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liqingwen

木虫 (正式写手)

独行者

★ ★ ★
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-11-19 12:55:38
77585218358(金币+3): 2010-11-20 16:27:08
要生成psf文件,你首先得有pdb和top文件,pdb可能你有了,但是top文件如果NAMD里面没有,就需要你自己做了。
此外,想问一下:你的聚乙烯的pdb是如何得到的啊?还有你如何保证链的柔顺性等?用的是全原子模型吗?
没有雨伞的孩子只能奔跑!
3楼2010-11-19 09:17:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

77585218358

金虫 (正式写手)

★ ★
zh1987hs(金币+2):鼓励交流 2010-11-20 16:33:58
引用回帖:
Originally posted by liqingwen at 2010-11-19 09:17:17:
要生成psf文件,你首先得有pdb和top文件,pdb可能你有了,但是top文件如果NAMD里面没有,就需要你自己做了。
此外,想问一下:你的聚乙烯的pdb是如何得到的啊?还有你如何保证链的柔顺性等?用的是全原子模型吗?

是全原子模型,我的pdb文件是通过MS优化后建的。
4楼2010-11-20 16:26:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 调剂求收留 +33 果然有我 2026-04-10 34/1700 2026-04-15 00:37 by zzzggc
[考研] 291求调剂 +3 关忆北. 2026-04-14 3/150 2026-04-14 22:53 by 梁家伟
[考研] 求调剂推荐 +4 小聂爱学习 2026-04-14 4/200 2026-04-14 20:54 by fqwang
[考研] 求调剂 +9 小聂爱学习 2026-04-11 13/650 2026-04-14 19:18 by Art1977
[考研] 297工科调剂? +13 河南农业大学-能 2026-04-13 13/650 2026-04-14 16:46 by Art1977
[考研] 0854调剂 +11 长弓傲 2026-04-12 14/700 2026-04-14 16:07 by 逆水乘风
[考研] 各位老师好,求调剂,本科211,一志愿天津大学生物与医药学硕,差两名录取。 +11 路六六jjj 2026-04-13 11/550 2026-04-14 16:01 by zs92450
[考研] 求调剂 +12 何气正 2026-04-13 13/650 2026-04-14 14:47 by zs92450
[考研] 食品与营养(0955)271求调剂 +15 升格阿达 2026-04-12 16/800 2026-04-14 13:18 by 浮若_安生
[考研] 305求调剂 +8 玛卡巴卡boom 2026-04-11 8/400 2026-04-14 09:04 by pengliang8036
[考研] 生物学调剂,一志愿西南大学348,Top期刊一区二作、二区三作,三等奖学金三次 +5 candyyyi 2026-04-09 5/250 2026-04-13 09:02 by 可淡不可忘
[考研] 346分,工科0854求调剂,专硕 +6 moser233 2026-04-12 7/350 2026-04-12 22:11 by fqwang
[考研] 295分求调剂 +13 ?要上岸? 2026-04-10 13/650 2026-04-12 15:37 by laoshidan
[考研] 0854调剂 +12 长弓傲 2026-04-09 13/650 2026-04-12 09:56 by 逆水乘风
[考研] 359求调剂 +5 胃痉挛累了 2026-04-11 5/250 2026-04-11 19:55 by lbsjt
[考研] 本人女孩 +7 吼吼, 2026-04-10 9/450 2026-04-11 14:45 by ACS Nano——
[考研] 一志愿京区985,085401,与本科专业一致,电子信息工程, +4 阳光开朗的男孩 2026-04-10 4/200 2026-04-10 18:27 by shenrf
[考研] 一志愿中科大070300化学,314分求调剂 +12 wakeluofu 2026-04-09 12/600 2026-04-10 09:57 by liuhuiying09
[考研] 349学科化学045106求调剂,化学类都可以 +8 保好懂懂 2026-04-08 8/400 2026-04-09 14:03 by xulei3024
[考研] 招收有机化学、化工,药学,食品灯专业学生 +3 yrfhjgdj 2026-04-08 3/150 2026-04-09 10:15 by QYQX_123
信息提示
请填处理意见