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maoxiaoming

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
Originally posted by nh13 at 2010-06-23 23:22:20:
如果做分子动力学,力场的选择很重要,你可以试试Materails Explorer,论坛里有。
图形界面也不错,并且比MS和DS做动力学专业得多。

另外如果环糊精半径选得不太大的话是否QMMM方法也可以呢?

非常感谢,不过太专业了,估计我时间不够了,我只想做些简单的模拟,与实验结果对照一下就可以了。力场一般怎么查啊?
11楼2010-06-25 09:43:02
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nh13

木虫 (正式写手)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-06-25 11:04:42
Materails Explorer里好像有63种,你可以试试。
12楼2010-06-25 10:38:57
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halibotejin

金虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
同意了楼上
13楼2010-06-25 10:52:42
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gzgzgz

铜虫 (小有名气)

★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-08-24 13:05:11
引用回帖:
Originally posted by maoxiaoming at 2010-06-25 09:38:06:

非常感谢你的回复,我也想用Material Studio做模拟,时间比较紧,我下学期就研三了,我只想模拟一下单体和环糊精的构像大小,以此分析他们的匹配程度,再用能量最小化分析他们的包合过程(估计得用分子动力学吧 ...

我不是做化学的,我也不知道环糊精,不能发表太多意见。简单的google说这是个低聚糖,糖的构象在溶液中据我所知是比较柔性的,和蛋白有很大不同,高氢键,低疏水性(力场拟合方式就和其它不同),要小心。不知道你需不需要在溶液环境里,如果要的话,那就需要好的力场,否则可能模拟出来什么都没有。如果用CHARMm的话,试试扩展的CSFF (http://people.cs.uct.ac.za/~mkuttel/downloads.html),不过不要抱期望,他们可能3年都没有更新了。其它我简单搜了一篇(http://www.sciencedirect.com/sci ... 2782e675c10bf24f02c,不知道有没有用。你向版内专家求助吧,Good luck

[ Last edited by gzgzgz on 2010-6-25 at 18:01 ]
14楼2010-06-25 17:50:11
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gaoqunqunl

金虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
楼主,你好 ,刚看到你的帖子,导师最近想让做一下环糊精和酶的模拟,可是我一直找不到环糊精的pdb格式的图,楼主能帮帮忙吗?谢谢
我的邮箱516270226@qq.com
















15楼2010-07-22 10:22:04
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天下枫叶

木虫 (著名写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by maoxiaoming at 2010-06-25 09:38:06:

非常感谢你的回复,我也想用Material Studio做模拟,时间比较紧,我下学期就研三了,我只想模拟一下单体和环糊精的构像大小,以此分析他们的匹配程度,再用能量最小化分析他们的包合过程(估计得用分子动力学吧 ...

不知道楼主的问题解决了没,我也想向你请教一下
16楼2010-08-24 11:19:56
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gaoqunqunl

金虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
大家好,你们谁有环糊精得pdb格式得图 可以发一个给我吗?急需!!!谢谢了啊
我得邮箱gaoqunqunlxq@126.com
17楼2010-08-28 10:57:40
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maoxiaoming

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
Originally posted by gzgzgz at 2010-06-25 17:50:11:


我不是做化学的,我也不知道环糊精,不能发表太多意见。简单的google说这是个低聚糖,糖的构象在溶液中据我所知是比较柔性的,和蛋白有很大不同,高氢键,低疏水性(力场拟合方式就和其它不同),要小心。不知 ...

是在溶液中的,现在我只能是了解一下了,要真正去做模拟,估计很悬
18楼2010-08-29 20:37:14
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maoxiaoming

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
Originally posted by gaoqunqunl at 2010-07-22 10:22:04:
楼主,你好 ,刚看到你的帖子,导师最近想让做一下环糊精和酶的模拟,可是我一直找不到环糊精的pdb格式的图,楼主能帮帮忙吗?谢谢
我的邮箱516270226@qq.com





不好意思,我不大懂PDB是什么格式
环糊精复杂的结构图,我都是直接在文献里截图的,简单的分子式我就用Chemdraw画的
19楼2010-08-29 20:40:47
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maoxiaoming

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
Originally posted by 天下枫叶 at 2010-08-24 11:19:56:

不知道楼主的问题解决了没,我也想向你请教一下

没有啊,头大
20楼2010-08-29 20:41:39
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