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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【求助】环糊精包合物的分子模拟
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maoxiaoming

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by nh13 at 2010-06-23 23:22:20:
如果做分子动力学，力场的选择很重要，你可以试试Materails Explorer，论坛里有。
图形界面也不错，并且比MS和DS做动力学专业得多。

另外如果环糊精半径选得不太大的话是否QMMM方法也可以呢？

非常感谢，不过太专业了，估计我时间不够了，我只想做些简单的模拟，与实验结果对照一下就可以了。力场一般怎么查啊?
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11楼2010-06-25 09:43:02
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nh13

木虫 (正式写手)
★ ★
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ghcacj(金币+1):谢谢 2010-06-25 11:04:42
Materails Explorer里好像有63种，你可以试试。
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12楼2010-06-25 10:38:57
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halibotejin

金虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
同意了楼上
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13楼2010-06-25 10:52:42
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gzgzgz

铜虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
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ghcacj(金币+3):谢谢 2010-08-24 13:05:11
引用回帖:
Originally posted by maoxiaoming at 2010-06-25 09:38:06:

非常感谢你的回复，我也想用Material Studio做模拟，时间比较紧，我下学期就研三了，我只想模拟一下单体和环糊精的构像大小，以此分析他们的匹配程度，再用能量最小化分析他们的包合过程（估计得用分子动力学吧 ...

我不是做化学的，我也不知道环糊精，不能发表太多意见。简单的google说这是个低聚糖，糖的构象在溶液中据我所知是比较柔性的，和蛋白有很大不同，高氢键，低疏水性（力场拟合方式就和其它不同），要小心。不知道你需不需要在溶液环境里，如果要的话，那就需要好的力场，否则可能模拟出来什么都没有。如果用CHARMm的话，试试扩展的CSFF （http://people.cs.uct.ac.za/~mkuttel/downloads.html），不过不要抱期望，他们可能3年都没有更新了。其它我简单搜了一篇(http://www.sciencedirect.com/sci ... 2782e675c10bf24f02c，不知道有没有用。你向版内专家求助吧，Good luck

[ Last edited by gzgzgz on 2010-6-25 at 18:01 ]
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14楼2010-06-25 17:50:11
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gaoqunqunl

金虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
楼主，你好 ，刚看到你的帖子，导师最近想让做一下环糊精和酶的模拟，可是我一直找不到环糊精的pdb格式的图，楼主能帮帮忙吗？谢谢
我的邮箱516270226@qq.com
















、
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15楼2010-07-22 10:22:04
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天下枫叶

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by maoxiaoming at 2010-06-25 09:38:06:

非常感谢你的回复，我也想用Material Studio做模拟，时间比较紧，我下学期就研三了，我只想模拟一下单体和环糊精的构像大小，以此分析他们的匹配程度，再用能量最小化分析他们的包合过程（估计得用分子动力学吧 ...

不知道楼主的问题解决了没，我也想向你请教一下
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16楼2010-08-24 11:19:56
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gaoqunqunl

金虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
大家好，你们谁有环糊精得pdb格式得图 可以发一个给我吗？急需！！！谢谢了啊
我得邮箱gaoqunqunlxq@126.com
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17楼2010-08-28 10:57:40
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maoxiaoming

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by gzgzgz at 2010-06-25 17:50:11:


我不是做化学的，我也不知道环糊精，不能发表太多意见。简单的google说这是个低聚糖，糖的构象在溶液中据我所知是比较柔性的，和蛋白有很大不同，高氢键，低疏水性（力场拟合方式就和其它不同），要小心。不知 ...

是在溶液中的，现在我只能是了解一下了，要真正去做模拟，估计很悬
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18楼2010-08-29 20:37:14
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maoxiaoming

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by gaoqunqunl at 2010-07-22 10:22:04:
楼主，你好 ，刚看到你的帖子，导师最近想让做一下环糊精和酶的模拟，可是我一直找不到环糊精的pdb格式的图，楼主能帮帮忙吗？谢谢
我的邮箱516270226@qq.com




、

不好意思，我不大懂PDB是什么格式
环糊精复杂的结构图，我都是直接在文献里截图的，简单的分子式我就用Chemdraw画的
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19楼2010-08-29 20:40:47
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maoxiaoming

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by 天下枫叶 at 2010-08-24 11:19:56:

不知道楼主的问题解决了没，我也想向你请教一下

没有啊，头大
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20楼2010-08-29 20:41:39
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