应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【求助】环糊精包合物的分子模拟
302/3返回列表上一页123下一页
查看: 4009  |  回复: 29
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

maoxiaoming

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by nh13 at 2010-06-23 23:22:20:
如果做分子动力学，力场的选择很重要，你可以试试Materails Explorer，论坛里有。
图形界面也不错，并且比MS和DS做动力学专业得多。

另外如果环糊精半径选得不太大的话是否QMMM方法也可以呢？

非常感谢，不过太专业了，估计我时间不够了，我只想做些简单的模拟，与实验结果对照一下就可以了。力场一般怎么查啊?
赞一下 回复此楼
11楼2010-06-25 09:43:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

nh13

木虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-06-25 11:04:42
Materails Explorer里好像有63种，你可以试试。
赞一下(2人) 回复此楼
12楼2010-06-25 10:38:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

halibotejin

金虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
同意了楼上
回复此楼
13楼2010-06-25 10:52:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gzgzgz

铜虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-08-24 13:05:11
引用回帖:
Originally posted by maoxiaoming at 2010-06-25 09:38:06:

非常感谢你的回复，我也想用Material Studio做模拟，时间比较紧，我下学期就研三了，我只想模拟一下单体和环糊精的构像大小，以此分析他们的匹配程度，再用能量最小化分析他们的包合过程（估计得用分子动力学吧 ...

我不是做化学的，我也不知道环糊精，不能发表太多意见。简单的google说这是个低聚糖，糖的构象在溶液中据我所知是比较柔性的，和蛋白有很大不同，高氢键，低疏水性（力场拟合方式就和其它不同），要小心。不知道你需不需要在溶液环境里，如果要的话，那就需要好的力场，否则可能模拟出来什么都没有。如果用CHARMm的话，试试扩展的CSFF （http://people.cs.uct.ac.za/~mkuttel/downloads.html），不过不要抱期望，他们可能3年都没有更新了。其它我简单搜了一篇(http://www.sciencedirect.com/sci ... 2782e675c10bf24f02c，不知道有没有用。你向版内专家求助吧，Good luck

[ Last edited by gzgzgz on 2010-6-25 at 18:01 ]
赞一下(2人) 回复此楼
14楼2010-06-25 17:50:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gaoqunqunl

金虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
楼主，你好 ，刚看到你的帖子，导师最近想让做一下环糊精和酶的模拟，可是我一直找不到环糊精的pdb格式的图，楼主能帮帮忙吗？谢谢
我的邮箱516270226@qq.com
















、
赞一下(1人) 回复此楼
15楼2010-07-22 10:22:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

天下枫叶

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by maoxiaoming at 2010-06-25 09:38:06:

非常感谢你的回复，我也想用Material Studio做模拟，时间比较紧，我下学期就研三了，我只想模拟一下单体和环糊精的构像大小，以此分析他们的匹配程度，再用能量最小化分析他们的包合过程（估计得用分子动力学吧 ...

不知道楼主的问题解决了没，我也想向你请教一下
赞一下(1人) 回复此楼
16楼2010-08-24 11:19:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gaoqunqunl

金虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
大家好，你们谁有环糊精得pdb格式得图 可以发一个给我吗？急需！！！谢谢了啊
我得邮箱gaoqunqunlxq@126.com
赞一下(1人) 回复此楼
17楼2010-08-28 10:57:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

maoxiaoming

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by gzgzgz at 2010-06-25 17:50:11:


我不是做化学的，我也不知道环糊精，不能发表太多意见。简单的google说这是个低聚糖，糖的构象在溶液中据我所知是比较柔性的，和蛋白有很大不同，高氢键，低疏水性（力场拟合方式就和其它不同），要小心。不知 ...

是在溶液中的，现在我只能是了解一下了，要真正去做模拟，估计很悬
赞一下 回复此楼
18楼2010-08-29 20:37:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

maoxiaoming

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by gaoqunqunl at 2010-07-22 10:22:04:
楼主，你好 ，刚看到你的帖子，导师最近想让做一下环糊精和酶的模拟，可是我一直找不到环糊精的pdb格式的图，楼主能帮帮忙吗？谢谢
我的邮箱516270226@qq.com




、

不好意思，我不大懂PDB是什么格式
环糊精复杂的结构图，我都是直接在文献里截图的，简单的分子式我就用Chemdraw画的
赞一下 回复此楼
19楼2010-08-29 20:40:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

maoxiaoming

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by 天下枫叶 at 2010-08-24 11:19:56:

不知道楼主的问题解决了没，我也想向你请教一下

没有啊，头大
回复此楼
20楼2010-08-29 20:41:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 maoxiaoming 的主题更新
302/3返回列表上一页123下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 Z7qfCsdIiD1T 2026-11-10 5/250 2026-11-12 02:36 by 9fOTqj074tIg
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 czAiolzR0IJC 2026-11-10 6/300 2026-11-12 02:23 by 9fOTqj074tIg
[基金申请] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 czAiolzR0IJC 2026-11-10 7/350 2026-11-12 02:14 by 9fOTqj074tIg
[教师之家] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 czAiolzR0IJC 2026-11-10 5/250 2026-11-12 02:09 by 9fOTqj074tIg
[硕博家园] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 czAiolzR0IJC 2026-11-10 6/300 2026-11-12 02:01 by 9fOTqj074tIg
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 YHiw1gou1Eda 2026-11-10 6/300 2026-11-12 01:14 by 9fOTqj074tIg
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +5 FChKX8meu1ds 2026-11-09 7/350 2026-11-12 01:03 by 9fOTqj074tIg
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +4 FChKX8meu1ds 2026-11-09 7/350 2026-11-12 00:55 by 9fOTqj074tIg
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +6 FChKX8meu1ds 2026-11-09 8/400 2026-11-12 00:55 by 9fOTqj074tIg
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +6 FChKX8meu1ds 2026-11-09 10/500 2026-11-12 00:46 by 9fOTqj074tIg
[公派出国] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 zSbvVX9JFl9J 2026-11-09 7/350 2026-11-12 00:33 by 9fOTqj074tIg
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +7 zSbvVX9JFl9J 2026-11-09 10/500 2026-11-12 00:24 by 9fOTqj074tIg
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 czAiolzR0IJC 2026-11-10 3/150 2026-11-11 18:26 by TgvkbZZl9tqB
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +5 FChKX8meu1ds 2026-11-09 6/300 2026-11-11 17:03 by TgvkbZZl9tqB
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +5 0TEMgxdT1eIw 2026-11-09 7/350 2026-11-11 16:58 by TgvkbZZl9tqB
[考博] 27博士申请 +3 白白白ly 2026-11-09 3/150 2026-11-09 21:39 by szq0819
[文学芳草园] 厉娜 +3 张丹枫1991 2026-11-09 5/250 2026-11-09 16:53 by 张丹枫1991
[考博] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +5 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 15/750 2026-11-09 11:41 by GwrQVVR6Oenx
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +4 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 10/500 2026-11-09 08:00 by IhnEQauGmT3K
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +4 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 8/400 2026-11-09 00:14 by l48hFd8Nwae2
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭