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maoxiaoming

铜虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】环糊精包合物的分子模拟 已有13人参与

我前段时间做了一些环糊精包合物方面的研究,对包合物进行了一些表征,但所做的分析讨论太过浅显。
想试着做些分子模拟方面的探讨。但在分子模拟方面什么也不懂。
想请问一下:一般做包合物的分子模拟用什么软件比较好?
                    有没有相关的文献资料推荐?因为这方面的软件一点都不会。
                    对电脑的配置有些什么要求?
谢谢!谢谢!谢谢!

[ Last edited by maoxiaoming on 2010-6-10 at 13:18 ]
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maoxiaoming

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
Originally posted by nh13 at 2010-06-23 23:22:20:
如果做分子动力学,力场的选择很重要,你可以试试Materails Explorer,论坛里有。
图形界面也不错,并且比MS和DS做动力学专业得多。

另外如果环糊精半径选得不太大的话是否QMMM方法也可以呢?

非常感谢,不过太专业了,估计我时间不够了,我只想做些简单的模拟,与实验结果对照一下就可以了。力场一般怎么查啊?
11楼2010-06-25 09:43:02
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appleguop

新虫 (小有名气)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-06-13 12:47:59
我用Materials Studio 做过动力学模拟
2楼2010-06-13 10:36:20
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zhangdagou5858

银虫 (小有名气)

★ ★ ★
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-06-13 12:48:07
要达到你的模拟要求,你可以把他当做配体受体结合复合物来模拟,关键在于找到合适的立场来定义你的复合物,至于具体的模拟软件有Ds,免费的有Gromacs和namd等都可以达到你的要求
3楼2010-06-13 12:36:31
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gzgzgz

铜虫 (小有名气)

★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
ghcacj(金币+5):谢谢 2010-06-23 15:11:41
作为一个过来人,说两句话。
我也做实验和模拟。不知道你要做到什么程度,从时间上看,我建议你暂时不要去碰gromacs和namd,学习Material Studio/DS比较适合你,原因有二:
1)这两个专用于模拟,是计算专业户吃饭的家伙。需要一定时间掌握,对体系要有很好的了解,不是一切默认能搞定问题的。这两者都只是MD代码,对于标准立场未参数化的化合物一样无能为力,参数化一套东西,花个1年很正常,特别要是分子大一点。如果走这条路,你要准备至少2年空白时间(!!)。。。不知道你有没有
2)MS/DS是鼠标操作,比较傻。。。一般实验数据配套简单的电子结构,能级或者简单的MD,热力学量分析(这些现在版本的MS/DS都能做),足矣~
仅供参考
4楼2010-06-23 14:05:56
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