24小时热门版块排行榜    

北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 3342  |  回复: 29
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

maoxiaoming

铜虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】环糊精包合物的分子模拟 已有13人参与

我前段时间做了一些环糊精包合物方面的研究,对包合物进行了一些表征,但所做的分析讨论太过浅显。
想试着做些分子模拟方面的探讨。但在分子模拟方面什么也不懂。
想请问一下:一般做包合物的分子模拟用什么软件比较好?
                    有没有相关的文献资料推荐?因为这方面的软件一点都不会。
                    对电脑的配置有些什么要求?
谢谢!谢谢!谢谢!

[ Last edited by maoxiaoming on 2010-6-10 at 13:18 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

nh13

木虫 (正式写手)

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
lei0736(金币+2):谢谢 2010-06-24 10:28:39
如果做分子动力学,力场的选择很重要,你可以试试Materails Explorer,论坛里有。
图形界面也不错,并且比MS和DS做动力学专业得多。

另外如果环糊精半径选得不太大的话是否QMMM方法也可以呢?
6楼2010-06-23 23:22:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 30 个回答

appleguop

新虫 (小有名气)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-06-13 12:47:59
我用Materials Studio 做过动力学模拟
2楼2010-06-13 10:36:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhangdagou5858

银虫 (小有名气)

★ ★ ★
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-06-13 12:48:07
要达到你的模拟要求,你可以把他当做配体受体结合复合物来模拟,关键在于找到合适的立场来定义你的复合物,至于具体的模拟软件有Ds,免费的有Gromacs和namd等都可以达到你的要求
3楼2010-06-13 12:36:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gzgzgz

铜虫 (小有名气)

★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
ghcacj(金币+5):谢谢 2010-06-23 15:11:41
作为一个过来人,说两句话。
我也做实验和模拟。不知道你要做到什么程度,从时间上看,我建议你暂时不要去碰gromacs和namd,学习Material Studio/DS比较适合你,原因有二:
1)这两个专用于模拟,是计算专业户吃饭的家伙。需要一定时间掌握,对体系要有很好的了解,不是一切默认能搞定问题的。这两者都只是MD代码,对于标准立场未参数化的化合物一样无能为力,参数化一套东西,花个1年很正常,特别要是分子大一点。如果走这条路,你要准备至少2年空白时间(!!)。。。不知道你有没有
2)MS/DS是鼠标操作,比较傻。。。一般实验数据配套简单的电子结构,能级或者简单的MD,热力学量分析(这些现在版本的MS/DS都能做),足矣~
仅供参考
4楼2010-06-23 14:05:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 一志愿大连理工大学材料求调剂 +4 Gymno 2026-03-30 4/200 2026-03-30 23:07 by ms629
[考研] 哈尔滨工业大学材料与化工专硕378求调剂 +3 塔比乌斯 2026-03-30 3/150 2026-03-30 22:55 by 无际的草原
[考研] 367求调剂 +5 芋泥啵啵… 2026-03-28 5/250 2026-03-30 19:56 by 无际的草原
[考研] 334分 一志愿武理 材料求调剂 +16 李李不服输 2026-03-26 16/800 2026-03-30 17:47 by wangjy2002
[考研] 085701求调剂初试286分 +5 secret0328 2026-03-28 5/250 2026-03-30 12:54 by fangnagu
[考研] 化学工程085602 305分求调剂 +25 RichLi_ 2026-03-25 25/1250 2026-03-30 11:02 by klasasda
[考研] 282求调剂 +4 wcq131415 2026-03-24 4/200 2026-03-30 10:39 by Delta2012
[考研] 317求调剂 +10 蛋黄咸肉粽 2026-03-26 10/500 2026-03-30 09:45 by longlotian
[考研] 289求调剂 +5 BrightLL 2026-03-29 5/250 2026-03-29 17:24 by zhyzzh
[考研] 291求调剂 +5 Y-cap 2026-03-29 6/300 2026-03-29 13:18 by mumin1990
[考研] 356求调剂 +4 gysy?s?a 2026-03-28 4/200 2026-03-29 10:32 by 唐沐儿
[考研] 085602 化工专硕 338分 求调剂 +12 路痴小琪 2026-03-27 12/600 2026-03-28 15:41 by L135790
[考研] 070300求调剂306分 +4 26要上岸 2026-03-27 4/200 2026-03-28 13:06 by 唐沐儿
[考研] 286求调剂 +4 lim0922 2026-03-26 4/200 2026-03-27 10:28 by guoweigw
[考研] 求调剂 一志愿 本科 北科大 化学 343 +6 13831862839 2026-03-24 7/350 2026-03-26 22:57 by 不吃魚的貓
[考研] 085601求调剂总分293英一数二 +4 钢铁大炮 2026-03-24 4/200 2026-03-26 16:28 by dick_runner
[考研] 309求调剂 +4 gajsj 2026-03-25 5/250 2026-03-26 00:27 by Dyhoer
[考研] 网络空间安全0839招调剂 +4 w320357296 2026-03-25 6/300 2026-03-25 17:59 by 255671
[考研] 302求调剂 +4 锦衣卫藤椒 2026-03-25 4/200 2026-03-25 16:29 by 功夫疯狂
[考研] 材料考研调剂生 +3 黄粱一梦千年 2026-03-24 3/150 2026-03-24 17:00 by barlinike
信息提示
请填处理意见