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邓芳

木虫 (小有名气)

木虫

[求助] gromacs结果分析怎样分析氢键能和结合能

请教大侠们，gromacs结果分析怎样分析氢键能和结合能？
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坚持就是胜利
1楼 2013-01-04 22:48:01
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jessesunlu

新虫 (正式写手)
★ ★ ★
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2013-01-08 13:24:42
引用回帖:
3楼: Originally posted by 邓芳 at 2013-01-06 09:28:59
g_hbond只能计算出氢键的个数，但计算不出氢键的形成位置和氢键的能量，结合能就是小分子和蛋白质之间的相互作用能...

哦   g_hbond 应该时能指定原子看氢键情况的  一看看结构应该能知道哪个位置氢键可能性比较大    至于小分子和蛋白的结合能你得算PMF  不是跑完动力学就直接出来的
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5楼2013-01-07 18:41:47
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jessesunlu

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-01-06 08:23:54
有个g_hbond功能  不懂你说的什么结合能
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2楼2013-01-06 05:15:22
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邓芳

木虫 (小有名气)

木虫
引用回帖:
2楼: Originally posted by jessesunlu at 2013-01-06 05:15:22
有个g_hbond功能  不懂你说的什么结合能

g_hbond只能计算出氢键的个数，但计算不出氢键的形成位置和氢键的能量，结合能就是小分子和蛋白质之间的相互作用能
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坚持就是胜利
3楼2013-01-06 09:28:59
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piaoluodeyu

金虫 (小有名气)
亲 gromacs很难计算结合自由能 超麻烦的 你放弃吧!
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4楼2013-01-07 09:07:18
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