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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » gromacs结果分析怎样分析氢键能和结合能
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邓芳

木虫 (小有名气)

木虫
引用回帖:
5楼: Originally posted by jessesunlu at 2013-01-07 18:41:47
哦   g_hbond 应该时能指定原子看氢键情况的  一看看结构应该能知道哪个位置氢键可能性比较大    至于小分子和蛋白的结合能你得算PMF  不是跑完动力学就直接出来的...

g_hbond 怎样实现指定原子的氢键情况？我知道哪个位置的形成了氢键，能得到氢键能吗？
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坚持就是胜利
11楼2013-01-09 15:46:35
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邓芳

木虫 (小有名气)

木虫
引用回帖:
5楼: Originally posted by jessesunlu at 2013-01-07 18:41:47
哦   g_hbond 应该时能指定原子看氢键情况的  一看看结构应该能知道哪个位置氢键可能性比较大    至于小分子和蛋白的结合能你得算PMF  不是跑完动力学就直接出来的...

我知道哪个位置形成了氢键，用g_hbond 怎样能指定原子看氢键情况？
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坚持就是胜利
12楼2013-01-10 09:24:04
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混世小子

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by jessesunlu at 2013-01-07 18:41:47
哦   g_hbond 应该时能指定原子看氢键情况的  一看看结构应该能知道哪个位置氢键可能性比较大    至于小分子和蛋白的结合能你得算PMF  不是跑完动力学就直接出来的...

怎么看氢键情况呢？比如说我想看哪些氨基酸之间形成了氢键
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13楼2014-09-22 10:56:32
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