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坚持就是胜利

1楼2013-01-04 22:48:01

混世小子

新虫 (初入文坛)

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5楼: Originally posted by jessesunlu at 2013-01-07 18:41:47
哦 g_hbond 应该时能指定原子看氢键情况的一看看结构应该能知道哪个位置氢键可能性比较大至于小分子和蛋白的结合能你得算PMF 不是跑完动力学就直接出来的...

怎么看氢键情况呢？比如说我想看哪些氨基酸之间形成了氢键

13楼2014-09-22 10:56:32

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jessesunlu

新虫 (正式写手)

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【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-01-06 08:23:54

有个g_hbond功能不懂你说的什么结合能

2楼2013-01-06 05:15:22

邓芳

木虫 (小有名气)

木虫

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2楼: Originally posted by jessesunlu at 2013-01-06 05:15:22
有个g_hbond功能不懂你说的什么结合能

g_hbond只能计算出氢键的个数，但计算不出氢键的形成位置和氢键的能量，结合能就是小分子和蛋白质之间的相互作用能

坚持就是胜利

3楼2013-01-06 09:28:59

piaoluodeyu

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亲 gromacs很难计算结合自由能超麻烦的你放弃吧!

4楼2013-01-07 09:07:18