应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » gromacs结果分析怎样分析氢键能和结合能
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
131/2返回列表12下一页
查看: 3336  |  回复: 12
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

邓芳

木虫 (小有名气)

木虫

[求助] gromacs结果分析怎样分析氢键能和结合能

请教大侠们，gromacs结果分析怎样分析氢键能和结合能？
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

Gromacs gromacs

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
坚持就是胜利
1楼 2013-01-04 22:48:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

jessesunlu

新虫 (正式写手)
★ ★ ★
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2013-01-08 13:24:42
引用回帖:
3楼: Originally posted by 邓芳 at 2013-01-06 09:28:59
g_hbond只能计算出氢键的个数，但计算不出氢键的形成位置和氢键的能量，结合能就是小分子和蛋白质之间的相互作用能...

哦   g_hbond 应该时能指定原子看氢键情况的  一看看结构应该能知道哪个位置氢键可能性比较大    至于小分子和蛋白的结合能你得算PMF  不是跑完动力学就直接出来的
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2013-01-07 18:41:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

jessesunlu

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-01-06 08:23:54
有个g_hbond功能  不懂你说的什么结合能
赞一下 回复此楼
2楼2013-01-06 05:15:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

邓芳

木虫 (小有名气)

木虫
引用回帖:
2楼: Originally posted by jessesunlu at 2013-01-06 05:15:22
有个g_hbond功能  不懂你说的什么结合能

g_hbond只能计算出氢键的个数，但计算不出氢键的形成位置和氢键的能量，结合能就是小分子和蛋白质之间的相互作用能
赞一下 回复此楼
坚持就是胜利
3楼2013-01-06 09:28:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

piaoluodeyu

金虫 (小有名气)
亲 gromacs很难计算结合自由能 超麻烦的 你放弃吧!
赞一下 回复此楼
4楼2013-01-07 09:07:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

weiwei_l

木虫 (职业作家)

有理想的人
加油 楼主
回复此楼
有志青年
6楼2013-01-07 18:54:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

邓芳

木虫 (小有名气)

木虫
谢谢大家
回复此楼
坚持就是胜利
7楼2013-01-07 22:45:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

邓芳

木虫 (小有名气)

木虫
引用回帖:
5楼: Originally posted by jessesunlu at 2013-01-07 18:41:47
哦   g_hbond 应该时能指定原子看氢键情况的  一看看结构应该能知道哪个位置氢键可能性比较大    至于小分子和蛋白的结合能你得算PMF  不是跑完动力学就直接出来的...

嗯，理解了，谢谢
回复此楼
坚持就是胜利
8楼2013-01-08 11:58:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

candery

金虫 (小有名气)
确实gromacs很难计算结合自由能，
不过可以用两基团的范德华作用能和静电作用能之和减去结合后的范德华作用能和静电作用能来近似。
能定性给出结果，但不太可靠
赞一下 回复此楼
9楼2013-01-08 19:28:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

邓芳

木虫 (小有名气)

木虫
引用回帖:
9楼: Originally posted by candery at 2013-01-08 19:28:49
确实gromacs很难计算结合自由能，
不过可以用两基团的范德华作用能和静电作用能之和减去结合后的范德华作用能和静电作用能来近似。
能定性给出结果，但不太可靠

谢谢，
回复此楼
坚持就是胜利
10楼2013-01-08 20:40:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 邓芳 的主题更新
131/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 349求调剂 +7 zwjjjjjj 2026-03-31 7/350 2026-04-02 16:49 by zzsw+
[考研] 材料340分调剂 +6 夏夜晚风_long 2026-04-02 8/400 2026-04-02 16:48 by yunlongyang
[考研] 085600，320分求调剂 +5 大馋小子 2026-04-02 5/250 2026-04-02 14:32 by 二三365
[考研] 265求调剂 +6 梁梁校校 2026-04-01 6/300 2026-04-02 14:29 by 客尔美德
[考研] 理学07化学 303求调剂 +16 睿08 2026-03-27 17/850 2026-04-02 13:29 by 七度不信任
[考研] 327求调剂 +9 汲亦昊 2026-03-29 9/450 2026-04-02 11:44 by 运气yunqi
[考研] 【求调剂】新能源材料本科，一志愿211，初试321 +6 求调剂学校， 2026-04-02 6/300 2026-04-02 09:41 by 晴空210210
[考研] 301求调剂 +13 A_JiXing 2026-04-01 13/650 2026-04-02 09:01 by sanrepian
[考研] 求调剂推荐 材料 304 +21 荷包蛋hyj 2026-03-26 21/1050 2026-04-01 21:09 by lijunpoly
[考研] 303分 0807学硕求调剂 +3 TYC3632 2026-04-01 3/150 2026-04-01 19:24 by lwk2004
[考研] 求调剂 +4 图鉴212 2026-03-30 5/250 2026-04-01 15:32 by 图鉴212
[考研] 0710生物学求调剂！ +6 叙述文 2026-03-31 6/300 2026-04-01 09:39 by JourneyLucky
[考研] 土木304求调剂 +5 顶级擦擦 2026-03-31 5/250 2026-04-01 08:15 by fdcxdystjk￥
[考研] 335求调剂 +3 321* 2026-03-31 4/200 2026-04-01 00:00 by 321*
[考研] 375求调剂 +7 雨夏整夜 2026-03-29 7/350 2026-03-31 18:52 by xhai2011
[考研] 254材料与化工求调剂 +3 翰冬林楠 2026-03-30 4/200 2026-03-31 17:53 by yishunmin
[考研] 085601 329分调剂 +6 yzsa12 2026-03-31 6/300 2026-03-31 15:23 by yanflower7133
[考研] 一志愿哈尔滨工业大学材料与化工方向336分 +13 辰沐5211314 2026-03-26 13/650 2026-03-31 14:37 by 记事本2026
[考研] 本科双非材料，跨考一志愿华电085801电气，283求调剂，任何专业都可以 +6 芝士雪baoo 2026-03-28 8/400 2026-03-29 08:16 by 松花缸1201
[考研] 304求调剂 +6 曼殊2266 2026-03-27 6/300 2026-03-28 14:10 by 唐沐儿
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭