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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » Autodock时 gridbox的参数怎么设置??
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yuezhiqiang

银虫 (初入文坛)

[求助] Autodock时 gridbox的参数怎么设置??

请问各位大侠，做Autodock时 gridbox的参数怎么设置啊  还有怎么样才能知道蛋白活性口袋的坐标啊？
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1楼2011-09-27 16:40:01
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
引用回帖:
5楼: Originally posted by yuezhiqiang at 2011-10-04 07:52:04:
好的 谢谢  那请问用什么软件去掉共结晶体里的配体结构呢，如何标记活性位点坐标啊？是不是这个坐标就相当于gridbox中X,Y,Z三个参数值？谢谢啊

用TXT把PDB文件打开，找到HETATM开始的行，全删掉，找到你的活性位点氨基酸，会有对应的坐标值，记下来，设置成对应的X,Y,Z就可以了
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6楼2011-10-04 09:00:50
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yuezhiqiang

银虫 (初入文坛)
各位高手回个帖啊
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2楼2011-09-29 09:30:21
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PSA

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2011-10-01 22:50:31
yuezhiqiang(金币+30): 好 2011-10-04 07:52:51
可以用共晶结构中的LIGAND来确定坐标O(∩_∩)O~
记录此坐标，以后对接其他分子就可以了
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3楼2011-09-30 16:49:11
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

yuezhiqiang(金币+20): 好 2011-10-04 07:52:32
楼上的说的有道理，补充一点：如果木有共晶结构，你可以看看别人有没有报道这个酶的活性位点，可以把这个位点设成活性中心，把尺寸再设大一些
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4楼2011-10-01 22:50:23
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