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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】关于Autodock中Grid中的问题
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rainbow001

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】关于Autodock中Grid中的问题 已有4人参与

请问各位大侠Autodock的Grid中怎样才能得到gpf格式的文件？操作这步之前必须要打开这个文件吗？另外Docking操作之前一定要打开dpf文件吗？怎么才能得到呢？先谢谢各位大侠了
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加油加油
1楼 2010-03-15 16:27:50
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★ ★ ★
rainbow001(金币+1):谢谢参与
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-03-15 16:46
rainbow001(金币+1): 2010-03-15 21:12
引用回帖:
Originally posted by rainbow001 at 2010-03-15 16:27:50:
请问各位大侠Autodock的Grid中怎样才能得到gpf格式的文件？操作这步之前必须要打开这个文件吗？另外Docking操作之前一定要打开dpf文件吗？怎么才能得到呢？先谢谢各位大侠了

gpf文件是通过GRID操作就可以获得的，先要编辑蛋白质的PDBQT文件，选择配体，设定Gridbox的大小，设定原子类型等等，最后保存就可以了。
dock之前一定要写DPF文件，这个利用MGLtools很容易就能完成，主要包括大分子的选择，算法的选择等等，如果是柔性对接还需要选择柔性的残基等等，最后保存成Dpf文件就可以了。
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2楼2010-03-15 16:38:47
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rainbow001

木虫 (小有名气)
可是这个dpf文件具体在哪做出来的？是Docking还是其他的地方？他应该放在哪个文件夹下？
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加油加油
3楼2010-03-16 15:53:47
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★ ★
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-03-24 19:01
引用回帖:
Originally posted by rainbow001 at 2010-03-16 15:53:47:
可是这个dpf文件具体在哪做出来的？是Docking还是其他的地方？他应该放在哪个文件夹下？

就是在DOCKING指令下做出来的，你所有的文件都应该在一个文件夹啊~包括PDB,PDBQT,GPF,DPF等等
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4楼2010-03-24 17:11:31
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arthurii

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
rainbow001(金币+1):谢谢参与
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-03-25 08:35
rainbow001(金币+1): 2010-03-31 09:49
其实不是很明白LZ想问的是什么，gpf和dpf是存grid与dock的参数的，照着常规流程做（我是用ADT搞的），就有了。
你找不到文件位置？方法一，记住你存档的位置；方法二，搜索你的硬盘，然后记住你默认存的地方。
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5楼2010-03-25 01:52:05
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gaoqunqunl

金虫 (小有名气)
★
rainbow001(金币+1):谢谢参与
群主解决问题了吗？
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6楼2010-05-11 20:03:13
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rainbow001

木虫 (小有名气)
谢谢问题，解决了，就按照上面各位大侠所说的

[ Last edited by rainbow001 on 2010-5-12 at 10:49 ]
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加油加油
7楼2010-05-12 08:26:40
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gaoqunqunl

金虫 (小有名气)
以后又问题多多提出来
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8楼2010-05-14 16:26:44
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longdlut

捐助贵宾 (著名写手)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
zh1987hs: 金币+1, 鼓励交流 2012-04-03 20:19:05
GPF的目的是得到glg文件-
dpf的目的是得到dlg文件
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9楼2012-04-03 20:01:17
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tanwanbaobao

木虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
注意在保存命名时候一定要保存为数字英文下划线为组合的（点）.gpf文件，而后选择Grid下的Edit GPF选项，点击OK即可。
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10楼2012-08-07 16:44:19
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