应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】关于Autodock中Grid中的问题
51/1返回列表
查看: 3189  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

rainbow001

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】关于Autodock中Grid中的问题 已有4人参与

请问各位大侠Autodock的Grid中怎样才能得到gpf格式的文件？操作这步之前必须要打开这个文件吗？另外Docking操作之前一定要打开dpf文件吗？怎么才能得到呢？先谢谢各位大侠了
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

AutoDock问题汇总

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
加油加油
1楼 2010-03-15 16:27:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

arthurii

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
rainbow001(金币+1):谢谢参与
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-03-25 08:35
rainbow001(金币+1): 2010-03-31 09:49
其实不是很明白LZ想问的是什么，gpf和dpf是存grid与dock的参数的，照着常规流程做（我是用ADT搞的），就有了。
你找不到文件位置？方法一，记住你存档的位置；方法二，搜索你的硬盘，然后记住你默认存的地方。
赞一下(2人) 回复此楼
5楼2010-03-25 01:52:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 10 个回答

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★ ★ ★
rainbow001(金币+1):谢谢参与
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-03-15 16:46
rainbow001(金币+1): 2010-03-15 21:12
引用回帖:
Originally posted by rainbow001 at 2010-03-15 16:27:50:
请问各位大侠Autodock的Grid中怎样才能得到gpf格式的文件？操作这步之前必须要打开这个文件吗？另外Docking操作之前一定要打开dpf文件吗？怎么才能得到呢？先谢谢各位大侠了

gpf文件是通过GRID操作就可以获得的，先要编辑蛋白质的PDBQT文件，选择配体，设定Gridbox的大小，设定原子类型等等，最后保存就可以了。
dock之前一定要写DPF文件，这个利用MGLtools很容易就能完成，主要包括大分子的选择，算法的选择等等，如果是柔性对接还需要选择柔性的残基等等，最后保存成Dpf文件就可以了。
赞一下(3人) 回复此楼
2楼2010-03-15 16:38:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

rainbow001

木虫 (小有名气)
可是这个dpf文件具体在哪做出来的？是Docking还是其他的地方？他应该放在哪个文件夹下？
赞一下 回复此楼
加油加油
3楼2010-03-16 15:53:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★ ★
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-03-24 19:01
引用回帖:
Originally posted by rainbow001 at 2010-03-16 15:53:47:
可是这个dpf文件具体在哪做出来的？是Docking还是其他的地方？他应该放在哪个文件夹下？

就是在DOCKING指令下做出来的，你所有的文件都应该在一个文件夹啊~包括PDB,PDBQT,GPF,DPF等等
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2010-03-24 17:11:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 10 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 投票:  有多少人是今天查系统知道结果的？ +12 爱看书的可乐 2026-08-26 14/700 2026-08-26 13:23 by coolysnow
[基金申请] 为什么国自然不能直接公布 +4 bjdxyxy 2026-08-26 4/200 2026-08-26 13:12 by qingmu1201
[基金申请] 怎么查啊 +4 huang1991js 2026-08-26 4/200 2026-08-26 11:26 by panjy.cn
[基金申请] 国合里面能看到了 +7 一怀馨秋 2026-08-26 7/350 2026-08-26 11:23 by zhaosm1982
[基金申请] 系统进不去 +4 yanglien 2026-08-26 5/250 2026-08-26 11:10 by wenfengw83
[基金申请] 项目信息和经费信息在系统里都可以看到了 +6 wittyboy 2026-08-26 14/700 2026-08-26 10:55 by wittyboy
[基金申请] 国合可查了 +3 paperzjh 2026-08-26 3/150 2026-08-26 10:41 by LemmonTr
[职场人生] 学生撞见辅导员送外卖，第二天全班都沉默了 +3 鲸鱼融金_浙江_� 2026-08-22 3/150 2026-08-26 09:01 by zzuzxg
[基金申请] 出来了 +8 trojank 2026-08-26 8/400 2026-08-26 09:00 by gxc
[基金申请] 2026年8月25日国自然放榜前突然收到列入评审专家邮件，有关系吗？ +24 木水思豆 2026-08-25 27/1350 2026-08-26 08:26 by yanchen918
[基金申请] 范进中举一文的中心思想 +8 炎黄贵胄 2026-08-22 9/450 2026-08-26 07:47 by WASM
[基金申请] 2026国自然函评费到账 +21 羊腰板 2026-08-21 24/1200 2026-08-26 07:20 by finnigan
[基金申请] 在坚冰还盖着北海的时候，我看到了怒放的梅花。 (金币+10) +6 ziyangfang 2026-08-25 9/450 2026-08-25 20:26 by huagongfeihu
[基金申请] 明天应该可查了！？ +6 chengyan1220 2026-08-23 6/300 2026-08-25 19:45 by zfd97
[基金申请] 放榜前的不淡定 20+4 snowwithsea 2026-08-19 19/950 2026-08-25 17:57 by chick875
[基金申请] 某些机构，以效率低为荣，以效率低作为存在感 +9 yuleib84 2026-08-25 10/500 2026-08-25 17:14 by alexon
[基金申请] 今日不放榜？网传国自然预计 8 月 27 日可查结果 +17 医学老男孩 2026-08-20 22/1100 2026-08-25 15:36 by 医学老男孩
[基金申请] 人气不行了 +11 fansofjerry 2026-08-21 11/550 2026-08-25 11:04 by 孤独的英雄6
[基金申请] 只有每年这种时候来逛逛小木虫 +25 yaoyewhu2008 2026-08-20 27/1350 2026-08-25 08:01 by Equinoxhua
[基金申请] 时间戳又变了 +13 wuchongjun 2026-08-20 19/950 2026-08-21 17:21 by 紫杉醇
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭