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rainbow001

木虫 (小有名气)

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[交流] 【求助】关于Autodock中Grid中的问题已有4人参与

请问各位大侠Autodock的Grid中怎样才能得到gpf格式的文件？操作这步之前必须要打开这个文件吗？另外Docking操作之前一定要打开dpf文件吗？怎么才能得到呢？先谢谢各位大侠了

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加油加油

1楼 2010-03-15 16:27:50

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arthurii

木虫 (正式写手)

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★ ★ ★
rainbow001(金币+1):谢谢参与
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-03-25 08:35
rainbow001(金币+1): 2010-03-31 09:49

其实不是很明白LZ想问的是什么，gpf和dpf是存grid与dock的参数的，照着常规流程做（我是用ADT搞的），就有了。
你找不到文件位置？方法一，记住你存档的位置；方法二，搜索你的硬盘，然后记住你默认存的地方。

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5楼2010-03-25 01:52:05

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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

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★ ★ ★
rainbow001(金币+1):谢谢参与
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-03-15 16:46
rainbow001(金币+1): 2010-03-15 21:12

引用回帖:

Originally posted by rainbow001 at 2010-03-15 16:27:50:
请问各位大侠Autodock的Grid中怎样才能得到gpf格式的文件？操作这步之前必须要打开这个文件吗？另外Docking操作之前一定要打开dpf文件吗？怎么才能得到呢？先谢谢各位大侠了

gpf文件是通过GRID操作就可以获得的，先要编辑蛋白质的PDBQT文件，选择配体，设定Gridbox的大小，设定原子类型等等，最后保存就可以了。
dock之前一定要写DPF文件，这个利用MGLtools很容易就能完成，主要包括大分子的选择，算法的选择等等，如果是柔性对接还需要选择柔性的残基等等，最后保存成Dpf文件就可以了。

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2楼2010-03-15 16:38:47

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